ในส่วนของร่างยุทธศาสตร์การพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติ พ.ศ. 2556 — 2559 ประกอบด้วย 4 ประเด็นยุทธศาสตร์ คือ 1) การบริหารจัดการองค์ความรู้และนวัตกรรม 2) การพัฒนาการผลิตเกษตรอินทรีย์ตลอดทั้งห่วงโซ่อุปทาน 3) การสร้างความเข้มแข็งด้านการตลาดและมาตรฐานเกษตรอินทรีย์ไทย และ 4) การบูรณาการเพื่อขับเคลื่อนเกษตรอินทรีย์ไทย ซึ่งได้ผ่านความเห็นชอบ จากคณะอนุกรรมการจัดทำยุทธศาสตร์การพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติ พ.ศ. 2556 — 2559 ที่แต่งตั้งโดยคณะกรรมการพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติแล้ว
การจัดสัมมนาเชิงปฏิบัติการ จึงได้มีการระดมความคิดเห็นจากทุกภาคส่วนที่มีส่วนเกี่ยวข้องในระดับภูมิภาคทั้ง 4 ภาค ภาคละ 150 คน รวมทั้งสิ้นประมาณ 600 คน เพื่อให้ยุทธศาสตร์ดังกล่าวมีความครอบคลุม และสมบูรณ์ในทุกประเด็น โดยครั้งแรกจัดในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ (วันที่ 15 ก.พ.56 ณ จังหวัดขอนแก่น) ครั้งที่ 2 ภาคเหนือ (วันที่ 18 ก.พ. 56 ณ จังหวัดเชียงใหม่) ครั้งที่ 3 ภาคใต้ (วันที่ 4 มี.ค. 56 ณ จังหวัดสงขลา) และครั้งที่ 4 ภาคกลาง (วันที่ 8 มี.ค. 56 ณ กรุงเทพฯ) ทั้งนี้ ผลจากการจัดระดมข้อคิดเห็นทั้ง 4 ภาค สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตรจะรวบรวมและสรุปเสนอคณะกรรมการพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติต่อไป
สำหรับการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ของประเทศไทยในช่วงแผนยุทธศาสตร์การพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติ ฉบับที่ 1 พ.ศ. 2551 — 2554 ที่ผ่านมา ทำให้พื้นที่เกษตรอินทรีย์ของไทยในปัจจุบันมีมากกว่า 212,000 ไร่ สามารถผลิตสินค้าเกษตรอินทรีย์ได้มากกว่า 5,900 ตัน มีมูลค่าภายในประเทศมากกว่า 1,752 ล้านบาท สามารถส่งออกได้ โดยเฉพาะข้าวอินทรีย์ที่มีมูลค่าการส่งออกถึง 249 ล้านบาท จึงเห็นได้ว่าเกษตรอินทรีย์ของไทยได้พัฒนาขึ้นมาจนมีความสำคัญต่อสังคม เศรษฐกิจ และมีโอกาสสูงในการแข่งขันกับต่างประเทศ จึงควรขยายการผลิต การบริโภคภายในประเทศมากขึ้น อันจะส่งผลดีต่อสุขภาพของผู้บริโภค อีกทั้งยังก่อให้เกิดความยั่งยืนและความมั่นคงทางอาหารของประเทศอีกทางหนึ่ง