โดยเป็นคดีพิพาทเกี่ยวกับการกระทำการโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย ระหว่างนายกิตติภพ สุทธิสว่าง กับพวกรวม 17 คน เป็นผู้ฟ้องคดี และกรมการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวี กับพวกรวม 3 คน เป็นผู้ถูกฟ้องคดี ซึ่งฟ้องว่า ได้รับความเดือดร้อนหรือเสียหายหรืออาจจะเดือดร้อนหรือเสียหายจากการที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 ออกใบอนุญาตเลขที่ 09/2546 ลงวันที่ 13 มี.ค.46 อนุญาตให้บริษัท ทรานส์ไทย - มาเลเซีย(ประเทศไทย) จำกัด ปลูกสร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำประเภทวางท่อส่งก๊าซธรรมชาติ ซึ่งเป็นโครงการร่วมลงทุนระหว่างไทยกับมาเลเซีย
ทั้งนี้ ผู้ฟ้องคดีทั้งหมดเห็นว่า การออกใบอนุญาตดังกล่าวของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 ไม่ชอบด้วยกฎหมาย เนื่องจากกระทำโดยไม่ถูกต้องตามรูปแบบขั้นตอนหรือวิธีการอันเป็นสาระสำคัญที่กำหนดไว้ตามกฎหมาย ทำให้ผู้ฟ้องคดีและชุมชนของผู้ฟ้องคดีไม่ได้รับการคุ้มครองอย่างเหมาะสมและเป็นธรรมตามกฎหมาย อาจส่งผลกระทบต่อสัตว์น้ำบริเวณชายฝั่งและส่งผลกระทบต่อผู้ฟ้องคดีโดยตรง และเมื่อวันที่ 7 ต.ค.45 ผู้ฟ้องคดีได้ยื่นอุทธรณ์ต่อผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 เพื่อขอให้เพิกถอนใบอนุญาตดังกล่าว แต่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 กลับเพิกเฉยไม่ได้มีคำสั่งแต่อย่างใด จึงนำเรื่องมาฟ้องศาลปกครองขอให้ศาลมีคำพิพากษาเพิกถอนใบอนุญาตดังกล่าว
ต่อมาเมื่อวันที่ 3 เม.ย.51 ศาลปกครองสงขลาได้มีคำวินิจฉัยว่า บริษัท ทรานส์ไทย-มาเลเซีย (ประเทศไทย) จำกัด ยื่นคำขออนุญาตวางท่อส่งก๊าซธรรมชาติจากพื้นที่พัฒนาร่วมไทย-มาเลเซีย บริเวณอ่าวไทยมายังจุดขึ้นฝั่งบริเวณบ้านขังงู ตำบลตลิ่งชัน อำเภอจะนะ จังหวัดสงขลา โดยได้ยื่นเอกสารผลการพิจารณารายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมโครงการท่อส่งก๊าซธรรมชาติไทย-มาเลเซีย ที่ได้รับความเห็นชอบจากผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 ตามกฎหมายว่าด้วยการส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมไปด้วย และเมื่อผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 พิจารณาคำขออนุญาตดังกล่าวแล้วเห็นว่า เอกสารประกอบการขออนุญาตถูกต้องครบถ้วน และรูปแบบการวางท่อส่งก๊าซธรรมชาติเป็นไปตามข้อกำหนดในกฎกระทรวงไม่กีดขวางการสัญจรทางน้ำ ไม่เปลี่ยนแปลงการไหลของกระแสน้ำ และอยู่ในหลักเกณฑ์ที่สามารถอนุญาตได้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 จึงออกใบอนุญาตดังกล่าวให้แก่บริษัท ทรานส์ไทย-มาเลเซีย(ประเทศไทย) จำกัด
การออกใบอนุญาตดังกล่าวจึงเป็นไปตามที่กำหนดในมาตรา 117 แห่ง พ.ร.บ.การเดินเรือในน่านน้ำไทย พ.ศ.2546 และมาตรา 49 แห่ง พ.ร.บ.ส่งเสริมและรักษาคุณภาพสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ พ.ศ.2535 และมิได้ออกใบอนุญาตโดยสำคัญผิดในข้อเท็จจริงเกี่ยวกับการพิจารณารายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 2 ตามที่ผู้ฟ้องคดีอ้างแต่อย่างใด
"การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 ออกใบอนุญาตเลขที่ 09/2546 ลว. 13 มี.ค.2546 ให้บริษัท ทรานส์ไทย-มาเลเซีย (ประเทศไทย) จำกัด ปลูกสร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำ ประเภทวางท่อส่งก๊าซธรรมชาติ โครงการท่อส่งก๊าซธรรมชาติไทย-มาเลเซีย จึงเป็นการกระทำชอบด้วยกฎหมาย พิพากษายกฟ้อง" คำพิพากษาศาลปกครองสงขลา ระบุ
ดังนั้น ผู้ฟ้องคดีทั้งหมดจึงได้ยื่นอุทธรณ์คัดค้านคำพิพากษาศาลปกครองสงขลา สรุปความได้ว่า บริษัท ทรานส์ไทย-มาเลเซีย(ประเทศไทย) จำกัด ปลูกสร้างสิ่งล่วงล้ำลำน้ำประเภทวางท่อก๊าซธรรมชาติ ซึ่งดำเนินการโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย เนื่องจากไม่ได้ปฏิบัติตามกฎหมายที่เกี่ยวข้องหลายประการ การที่ศาลปกครองชั้นต้นพิพากษาให้ยกฟ้องคดีนี้ผู้ฟ้องคดีจึงไม่เห็นพ้องด้วย