ด้านต้นทุนการผลิตข้าวนาปรังของเกษตรลดลงจาก 7,308.87 บาทต่อตัน เป็น 6,902.01 บาทต่อตัน หรือลดลง 406.86 บาทต่อตัน คิดเป็นร้อยละ 6 เนื่องจากปริมาณการใช้ปุ๋ยเคมีเฉลี่ยของเกษตรกรลดลง 0.92 กิโลกรัมต่อไร่ มูลค่าการใช้สารเคมีเฉลี่ยของเกษตรกรลดลง 52.64 บาทต่อไร่ และปริมาณการใช้เมล็ดพันธุ์ข้าวเฉลี่ยของเกษตรกรลดลง 1.82 กิโลกรัมต่อไร่ นอกจากนี้ พบว่า ผลผลิตข้าวนาปรังเฉลี่ยของเกษตรกรเพิ่มขึ้นจาก 711.18 กิโลกรัมต่อไร่ เป็น 756.51 กิโลกรัมต่อไร่ หรือเพิ่มขึ้น 45.33 กิโลกรัมต่อไร่ คิดเป็นร้อยละ 6 โดยจากการติดตาม พบว่า เกษตรกร ร้อยละ 96 มีความประสงค์จะเข้าร่วมโครงการฯ ในปีต่อไป เนื่องจากเห็นว่าการจัดระบบปลูกข้าวช่วยแก้ปัญหาดินเสื่อมโทรม ลดการระบาดของเพลี้ยกระโดดสีน้ำตาล ผลผลิตข้าวเพิ่มขึ้น และแก้ปัญหาการขาดแคลนน้ำ
สำหรับการดำเนินงานในปี 2556 สศก. ได้วางแผนติดตามความก้าวหน้าการดำเนินโครงการฯ เชิงลึกไว้ 2 ส่วน คือ 1.ติดตามความก้าวหน้าแบบรายไตรมาส โดยประสานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อรับทราบความก้าวหน้าทุกวันที่ 10 ของเดือนถัดไปในแต่ละไตรมาส โดยได้มีการติดตามความก้าวหน้าของไตรมาสที่ 1 (ต.ค. — ธ.ค. 2555) แล้ว ซึ่งพบว่า มีการจัดเวทีชุมชนแล้ว 65 ครั้ง คิดเป็นร้อยละ 38 ของเป้าหมายที่กำหนดไว้ 170 ครั้ง โดยมีการเบิกจ่ายงบประมาณแล้ว 7,858,439 บาท คิดเป็นร้อยละ 3 ของงบประมาณที่ได้รับจัดสรร 296,362,500 บาท และ 2.ติดตามความก้าวหน้าเชิงลึกในพื้นที่ รวม 3 ครั้ง โดยครั้งที่ 1 ช่วงเดือนธันวาคม 2555 ซึ่งติดตามในประเด็นความคิดเห็นของเกษตรกรเกี่ยวกับการเข้าร่วมโครงการฯ ส่วนครั้งที่ 2 และ 3 จะติดตามช่วงเดือนมิถุนายน ถึง กรกฎาคม 2556 ในประเด็นผลการดำเนินงาน ผลกระทบ และความยั่งยืนของโครงการฯ ในการนี้ สศก. ได้ติดตามความก้าวหน้าฯ ครั้งที่ 1 แล้ว ในพื้นที่โครงการส่งน้ำและบำรุงรักษาบรมธาตุ จ.สุพรรณบุรี และโครงการส่งน้ำและบำรุงรักษาท่อทองแดง รวมทั้งโครงการชลประทานกำแพงเพชร จ.กำแพงเพชร ซึ่งพบว่า เกษตรกรร้อยละ 97 จะเข้าร่วมโครงการฯ เนื่องจากเห็นว่าการทำนาปีละ 2 ครั้ง ให้ผลผลิตต่อไร่สูงกว่าและมีต้นทุนต่ำกว่าการทำนาปีละ 3 ครั้ง โดยมีโครงการรับจำนำข้าวเปลือกรองรับ ได้พักดินเพื่อฟื้นฟูคุณภาพให้ดีขึ้น ปัญหาศัตรูข้าวรบกวนลดลง และกรมชลประทานหยุดส่งน้ำ ขณะที่ร้อยละ 3 จะไม่เข้าร่วมโครงการฯ เนื่องจากพื้นที่ทำนาเป็นนาเช่า จึงต้องเร่งทำนาและเก็บเกี่ยวผลผลิตเพื่อจ่ายเป็นค่าเช่า
ทั้งนี้ โครงการจัดระบบการปลูกข้าว (ปี 2554 — 2557) นับเป็นโครงการสำคัญตามนโยบายของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ที่บูรณาการการดำเนินงานของหน่วยงานในสังกัด 7 หน่วยงาน ซึ่งได้แก่ กรมการข้าว กรมชลประทาน กรมส่งเสริมการเกษตร กรมพัฒนาที่ดิน กรมส่งเสริมสหกรณ์ กรมวิชาการเกษตร และ สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อให้การบริหารจัดการน้ำมีประสิทธิภาพ มีการปลูกข้าวพร้อมกันในพื้นที่เดียวกัน มีการใช้น้ำไม่เกินปริมาณน้ำต้นทุนที่มีอยู่ และเป็นการแก้ปัญหาทรัพยากรดินเสื่อมโทรม ลดต้นทุนการผลิตข้าว ตัดวงจรการระบาดของศัตรูข้าวและข้าววัชพืช รวมทั้งช่วยรักษาระบบนิเวศในนาข้าวให้มีความสมดุล