ทั้งนี้ รัฐบาลมีนโยบายต่อการดำเนินโครงการพลังงานทดแทน คือ การส่งเสริมการผลิต, การใช้ และการวิจัย รวมถึงพัฒนาพลังงานทดแทน และพลังงานทางเลือก โดยตั้งเป้าหมายให้สามารถทดแทนเชื้อเพลิงฟอสซิลได้อย่างน้อย 25% ภายใน 10 ปี ซึ่งในส่วนของการพัฒนาอุตสาหกรรมพลังงานทดแทน รัฐบาลได้มีมาตรการทางภาษีและมาตรการอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาอุตสาหกรรมที่ก่อให้เกิดการใช้พลังงานทดแทน โดยเฉพาะการพัฒนาเชื้อเพลิงชีวภาพและชีวมวล เช่น แก๊สโซฮอล์ E10, E20, E85, ไบโอดีเซล, ขยะ, พืชพลังงาน และมูลสัตว์ โดยสนับสนุนให้มีการใช้เชื้อเพลิงชีวภาพกับรถยนต์โดยสารขนาดใหญ่(รถเมล์) ตามที่กลุ่มอุตสาหกรรมพลังงานทดแทนเสนอ
พร้อมกันนี้ รัฐบาลยังมีนโยบายส่งเสริมการวิจัยและพัฒนาพลังงานทดแทนทุกรูปแบบ โดยเป็นภาระกิจสำคัญในแผนพัฒนาพลังงานทดแทน 10 ปี ตั้งแต่ปี 55-65 ภายใต้แผนระยะสั้น คือ เน้นส่งเสริมเทคโนโลยีพลังงานทดแทนที่ได้รับการยอมรับและไทยมีแหล่งพลังงานทดแทนที่มีศักยภาพ เช่น เชื้อเพลิงชีวภาพสำหรับผชิตไฟฟ้า ความร้อนจากชีวมวล และก๊าซชีวภาพ
ส่วนแผนระยะปานกลาง คือ การพัฒนาต้นแบบเทคโนโลยีใหม่ๆ เช่น การผลิตเอทานอลและไบโอดีเซลจากสาหร่าย การผลิตน้ำมันจากชีวมวล และเชื้อเพลิงไฮโดรเจน รวมถึงการการใช้เทคโนโลยีใหม่ในการผลิตเชื้อเพลิงชีวภาพ และพัฒนาพลังงานทดแทน 10 ปี ขณะที่แผนในระยะยาวนั้น รัฐจะมุ่งเน้นส่งเสริมเทคโนโลยีพลังงานทดแทนใหม่ๆ ที่มีความคุ้มค่าทางเศรษฐศาสตร์ รวมถึงการขยายผล Green City และพลังงานชุมชน เพื่อเตรียมความพร้อมเข้าสู่ AEC โดยสนับสนุนให้ไทยเป็นศูนย์ส่งออกเชื้อเพลิงชีวภาพและการส่งออกเทคโนโลยีพลังงานทดแทนในภูมิภาคอาเซียนอีกด้วย
นายพิชัย ถิ่นสันติสุข ประธานกลุ่มอุตสาหกรรมพลังงานทดแทน ส.อ.ท. กล่าวว่า ขณะนี้ภาคเอกชนมีความพร้อมที่จะเสนอโครงการด้านพลังงานทดแทน 2 โครงการ ต่อนายกรัฐมนตรี คือ 1. โครงการรถยนต์โดยสารเชื้อเพลิงชีวภาพเอทานอล-ไบโอดีเซล และ 2. แนวทางการสร้างเมืองพลังงานทดแทน SymbioCity
โดยพลังงานทดแทนต้องมาจากน้ำมันเชื้อเพลิง ซึ่งเป็น 51% ของแผนพลังงานทดแทน (AEDP: Alternative Energy Development Plan) ที่ไทยมีความต้องการพลังงานเพิ่มขึ้น 25% โดยอีกครึ่งจะเป็นน้ำมัน ซึ่งถือว่าเป็นจุดแข็งพอสมควรในพลังงานที่เป็นพลังงานเชื้อเพลิงชีวภาพที่ประกอบไปด้วย เอทานอลและไบโอดีเซล ซึ่งเอทานอลถือได้ว่าไทยเป็นผู้ผลิตและผู้ส่งออก เป็นอันดับ 8 ของโลก ซึ่งมีความได้เปรียบในเชิงภูมิศาสตร์
ทั้งนี้มองว่าเอทานอลควรจะมีการส่งเสริมให้มากกว่านี้ หากมีการส่งเสริมให้ใช้พลังงานเชื้อเพลิงกับ รถบัส รถเมล์ ก็จะทำให้เอทานอลในไทยมีใช้มากขึ้น และช่วยให้ชาวไร่อ้อย และมันสำปะหลังมีรายได้เพิ่มขึ้นตามอีกด้วย
ส่วนไบโอดีเซล ที่ปัจจุบันมีกำลังผลิตอยู่ที่ 5 ล้านลิตร/วัน แต่กลับมีความต้องการในตลาดแค่ 2 ล้านลิตร โดยอีกล้านกว่าลิตร พยายามผลักดันให้รัฐบาลใช้ B7 หากมีการใช้ B7 ก็อาจจะขายได้ประมาณ 3 ล้านลิตร แต่ก็ยังมีกำลังการผลิตเหลืออยู่ จึงมีความคิดว่าหากมีการส่งเสริมใช้ไบโอดีเซลกับรถบัส เครื่องจักรกล หรือรถบรรทุกก็จะช่วยให้ไบโอดีเซลที่ล้นตลาดกลับเข้ามา และไม่ต้องกังวลอีกต่อไปว่าปาล์มจะขาดแคลน เนื่องจากมีการใช้ B5 และ B7 เป็นตัวรองรับ ประกอบกับรถหรือเครื่องจักรกลต้องมีการผลักดันให้ใช้ไบโอดีเซล 100 เพิ่มขึ้น
สำหรับเชื้อเพลิงชีวภาพนั้น มองว่าไทยมีความได้เปรียบเนื่องจากไม่ต้องนำเข้า ซึ่งความน่าสนใจจะอยู่ที่น้ำมันที่มาใช้กับเครื่องยนต์ดีเซลที่เรียกว่า ED95 ที่ใช้เอทานอล 95% มาผสมกับสารเติมแต่ง 5% ซึ่งมีการผ่านการวิจัยมาแล้ว ทั้งนี้ยืนยันว่าการนำ ED95 มาใช้ในประเทศมีความพร้อม 100% ขาดแต่การส่งเสริมจากภาครัฐเพียงอย่าเดียวที่จะเป็นผู้ขับเคลื่อนประเทศให้ก้าวสู่การพัฒนาด้านพลังงานทดแทนขึ้นไปอีกระดับ