โดยเบื้องต้นจะตั้งกรมการขนส่งทางราง โดยมีบทบาทหน้าที่ 3 ด้าน คือ 1.งานก่อสร้างโครงสร้างพื้นฐาน เชื่อว่ากรมฯจะสามารถก่อสร้างรางโดยใช้ที่ดินของ ร.ฟ.ท.ได้ ลักษณะเป็นการขอใช้สิทธิที่ดินในฐานะหน่วยงานราชการเหมือนกัน 2.กำกับดูแลงานด้านมาตรฐานความปลอดภัยทางราง และ 3.กำกับดูแลการประกอบกิจการทางราง เช่น ออกใบอนุญาตผู้ประกอบการเดินรถ คาดว่าจะสามารถจัดตั้งกรมฯได้ในปีงบประมาณ 2558
ด้านนายจุฬา สุขมานพ ผู้อำนวยการสำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร(สนข.) กล่าวว่า โครงการรถไฟความเร็วสูง และโครงสร้างรถไฟทางคู่ ที่จะดำเนินงานตาม พ.ร.บ.กู้เงิน 2 ล้านล้านบาท จะให้ ร.ฟ.ท.ดำเนินการไปก่อน หลังจากนั้นเมื่อตั้งกรมการขนส่งทางรางแล้ว กรมฯนี้จะทำหน้าที่ในการดูแลงานก่อสร้างราง หากไม่ตั้งกรมฯขึ้นมาดูแล ร.ฟ.ท.จะประสบปัญหาหนี้สินจากการกู้เงินมาดำเนินงานตาม พ.ร.บ.กู้เงิน 2 ล้านล้านบาท เป็นเงินกว่า 1 ล้านล้านบาท ซึ่งหน่วยงานรัฐวิสาหกิจไม่ควรมีหนี้มากขนาดนั้น