ปัจจัยประการที่สอง คือ จุดมุ่งหมายในการสนับสนุนอุตสาหกรรมกลางน้ำและปลายน้ำปาล์มน้ำมันของไทยอาจต้องเผชิญอุปสรรคด้านต้นทุนวัตถุดิบน้ำมันปาล์มที่สูง เนื่องจากต้นทุนการผลิตน้ำมันปาล์มของไทยนั้นสูงกว่าอินโดนีเซียและมาเลเซีย (ต้นทุนการผลิตในไทยสูงกว่ามาเลเซีย 4 เท่า) ซึ่งเป็นผลให้ผลิตภัณฑ์จากน้ำมันปาล์มของไทยเสียเปรียบทางการแข่งขันในตลาดโลกได้
"แม้ว่าอาเซียนจะเป็นผู้ผลิตน้ำมันปาล์มที่สำคัญของโลกด้วยสัดส่วนรวมกันราวร้อยละ 90ของปริมาณการผลิตน้ำมันปาล์มของโลกโดยอินโดนีเซียและมาเลเซียครองแชมป์การผลิตและส่งออก อย่างไรก็ตามทิศทางราคายังคงมีความผันผวนจากปัจจัยภายนอกภูมิภาคเป็นส่วนใหญ่ โดยช่วงเวลาที่เหลือของปี 2556นี้ ราคาน้ำมันปาล์มอาจยังเผชิญแรงกดดันจากอุปสงค์ในอินเดียและจีนที่ชะลอตัวลง ประกอบกับผลผลิตพืชน้ำมันทดแทนเช่นถั่วเหลืองอาจมีออกมามากขึ้น รวมทั้งความต้องการใช้ไบโอดีเซลที่ลดลง"
ศูนย์วิจัยกสิกรไทย ระบุว่า ในช่วงสองปีที่ผ่านมาถือว่าเป็นปีที่ตลาดน้ำมันปาล์มโลกมีความผันผวนทั้งด้านราคาและปริมาณ อันเป็นผลสืบเนื่องมาจากหลายปัจจัยทั้งด้านภัยธรรมชาติและภาวะเศรษฐกิจโลก โดยในช่วงปลายปี 2555 ราคาน้ำมันปาล์มดิ่งลงสู่ระดับต่ำสุดในรอบ 2 ปี สืบเนื่องจากสต็อกน้ำมันปาล์มที่มีระดับสูงเป็นประวัติการณ์ ในขณะที่ความต้องการน้ำมันปาล์มในประเทศผู้บริโภคหลักมีแนวโน้มชะลอตัว เป็นผลให้ราคาน้ำมันปาล์มเฉลี่ยในช่วงเดือนมกราคม-มีนาคม ลดลงจาก 3,389 ริงกิตต่อตันในปี 2555 มาที่ 2,314 ริงกิตต่อตันในปี 2556 (ลดลงร้อยละ 31.72)
ทั้งนี้ จากทิศทางราคาน้ำมันปาล์มในตลาดโลกที่ลดต่ำลง ส่งผลให้ราคาผลผลิตปาล์มน้ำมันในประเทศไทยปรับตัวลดลง โดยในช่วงเดือนม.ค-เม.ย. 56 ราคาปาล์มน้ำมัน (ผลผาล์มทั้งทะลาย น้ำหนักมากกว่า 15 ก.ก.ขึ้นไป) มีระดับเฉลี่ย 3.3 บาท/ก.ก. ลดลงร้อยละ 40 จากระดับ 5.5 บาท/ก.ก.ในช่วงเดียวกันของปีก่อน
โดยในระยะสั้นภาครัฐได้ยื่นมือเข้ามาช่วยลดความผันผวนของราคาน้ำมันปาล์มและควบคุมปริมาณน้ำมันปาล์มภายในประเทศ โดยประเทศผู้ผลิตหลักอันได้แก่ อินโดนีเซีย มาเลเซียและไทยนั้นใช้มาตรการรับมือที่แตกต่างกันไป ขึ้นอยู่กับลักษณะโครงสร้างของปาล์มน้ำมันในแต่ละประเทศ
อย่างไรก็ตาม ประเทศผู้ผลิตน้ำมันปาล์มหลักจากอาเซียนต้องเตรียมพร้อมปรับตัวในระยะยาวโดยยกระดับคุณภาพผลผลิตให้ตรงตามมาตรฐานโลก (Round Table for Sustainable Palm Oil :RSPO) เพื่อรักษาและเพิ่มระดับการค้าน้ำมันปาล์ม รวมทั้งหาโอกาสเพิ่มมูลค่าปาล์มน้ำมันผ่านการส่งเสริมการขยายอุตสาหกรรมปลายน้ำที่มีมูลค่าสูงในประเทศ สำหรับผู้ประกอบการปาล์มน้ำมันไทยเองก็ควรเร่งพัฒนาศักยภาพการผลิตโดยเฉพาะในด้านต้นทุน และการวิจัยและพัฒนา ให้แข่งขันได้ในภูมิภาค
จากความท้าทายทั้งในระยะสั้นและระยะยาว รวมถึงแนวโน้มการเปลี่ยนแปลงกรอบข้อตกลงทางการค้าในอนาคตนั้น ได้ส่งสัญญาณให้ผู้ที่มีส่วนเกี่ยวข้องกับอุตสาหกรรมปาล์มน้ำมัน ได้แก่ เกษตรกรผู้ปลูกปาล์ม โรงงานสกัดและกลั่นน้ำมันปาล์ม ผู้ประกอบการซึ่งผลิตผลิตภัณฑ์ที่ใช้น้ำมันปาล์มเป็นวัตถุดิบ รวมไปถึงภาครัฐ ให้หันมาตระหนักถึงผลกระทบที่จะเกิดขึ้นและดำเนินการอย่างทันท่วงที
ในส่วนของภาครัฐได้เริ่มดำเนินแผนพัฒนาอุตสาหกรรมปาล์มน้ำมันและน้ำมันปาล์มไปแล้วในระดับหนึ่ง ซึ่งครอบคลุม 5 ยุทธศาสตร์หลักอันได้แก่ การเพิ่มผลิตภาพและคุณค่าผลปาล์มน้ำมันและผลิตภัณฑ์ (เช่นสนับสนุนอุตสาหกรรมโอลีโอเคมีคัลซึ่งเป็นอุตสาหกรรมที่เพิ่มมูลค่าสูง) การเพิ่มประสิทธิภาพการตลาด การใช้พลังงานทดแทน (ไบโอดีเซล) การวิจัยและพัฒนาบุคลากร และการบริหารและจัดการ
สำหรับภาคธุรกิจนั้น ศูนย์วิจัยกสิกรไทย มองว่า การพัฒนาปรับปรุงพันธุ์รวมทั้งการลงทุนเพื่อพัฒนาเทคโนโลยีน่าจะให้ผลเชิงบวกในระยะยาว อันมาจากต้นทุนการผลิตที่ต่ำลงประกอบกับมีปริมาณผลผลิตที่มีคุณภาพในสัดส่วนที่เพิ่มมากขึ้น ทั้งนี้ภาครัฐและภาคเอกชนอาจจะยื่นมือมาช่วยเหลือ ส่งเสริมเกษตรกรผู้ปลูกปาล์มและผู้ประกอบการน้ำมันปาล์มให้พัฒนาศักยภาพในการผลิต เช่น การใช้ปาล์มน้ำมันสายพันธุ์ดี รวมทั้งเร่งปรับปรุงกระบวนการผลิตปาล์มเพื่อให้ได้รับรองมาตรฐานสากล เพื่อให้อุตสาหกรรมปาล์มน้ำมันเป็นอุตสาหกรรมที่ยั่งยืนและมีศักยภาพแข่งขันในระดับภูมิภาคได้ต่อไป