สำหรับรายละเอียดของการปิดบัญชี โครงการรับจำนำข้าวเปลือกนาปีปี 54/55 ของคณะอนุกรรมการปิดบัญชีฯ พบว่า มีรายได้ 34,197.36 ล้านบาท มีค่าใช้จ่าย 77,160.49 ล้านบาท ขาดทุน 42,963.13 ล้านบาท โครงการรับจำนำข้าวเปลือกนาปรังปี 55 มีรายได้ 24,943.96 ล้านบาท มีค่าใช้จ่าย 118,877.62 ล้านบาท ขาดทุน 93,933.67 ซึ่งรวมเฉพาะปี 54/55 ทั้งนาปี และนาปรัง มีรายได้รวม 59,141.32 ล้านบาท มีค่าใช้จ่ายรวม 196,038.11 ล้านบาท และขาดทุนเพียง 136,896.80 ล้านบาท ไม่ได้ขาดทุนปีแรกสูงถึง 260,000 ล้านบาทตามทื่ถูกกล่าวหาจากพรรคฝ่ายค้าน ส่วนตัวเลขของปี 55/56 ยังไม่สามารถสรุปโครงการได้ เพราะอยู่ระหว่างการดำเนินโครงการ ซึ่งจะต้องรอรายละเอียดที่ชัดเจนอีกครั้ง
ขณะที่การคำนวณกำไรขาดทุนของกระทรวงพาณิชย์นั้น โครงการรับจำนำข้าวเปลือกนาปีปี 54/55 มีรายได้ 29,511 ล้านบาท ค่าใช้จ่าย 47,685.60 ล้านบาท ขาดทุน 18,174.60 ล้านบาท โครงการรับจำนำข้าวเปลือกนาปรังปี 55 มีรายได้ 20,401 ล้านบาท ค่าใช้จ่าย 37,071.44 ล้านบาท ขาดทุน 16,670.44 ล้านบาท หรือรวมทั้งปี มีรายได้ 49,912 ล้านบาท มีค่าใช้จ่าย 84,757.04 ล้านบาท หรือขาดทุนเพียง 34,845.04 ล้านบาท
"ท่านได้ชี้แจงในประเด็นต่างๆ ที่ปรากฏอยู่ในเอกสารปิดบัญชี โดยได้ชี้แจงวิธีการศึกษา การรวบรวมข้อมูล ตลอดจนที่มาที่ไป ซึ่ง กขช. ได้มีมติรับทราบรายงานฉบับนี้อย่างเป็นทางการ แต่ยังมีหลายส่วนที่ไม่สามารถสรุปได้ จึงขอให้คณะอนุกรรมการปิดบัญชีนำกลับไปศึกษา โดยเฉพาะการลงบัญชีสินค้าคงเหลือ ที่ตามหลักสากลสามารถลงได้ 2 ลักษณะ คือ ใช้ราคาตลาดต่ำสุด ณ วันปิดบัญชีมาคำนวณแบบที่คณะอนุกรรมการฯใช้อยู่ กับใช้ราคาต้นทุนที่รับจำนำมา แบบที่กระทรวงพาณิชย์ใช้อยู่" นายบุญทรง กล่าว
นายบุญทรง กล่าวว่า สำหรับการที่คณะอนุกรรมการปิดบัญชีฯ ได้ใช้ราคาตลาดต่ำสุดในการคำนวณการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าว เป็นเพราะต้องทำการปิดบัญชี เพื่อนำเสนอตัวเลขต่อสำนักงบประมาณ เพื่อตั้งงบประมาณชดเชย จึงต้องประเมินให้แย่สุดไว้ก่อน อย่างไรก็ตาม กขช. ได้มอบหมายให้กรรมการจากหน่วยงานต่างๆ นำข้อมูลของคณะอนุกรรมการปิดบัญชีไปศึกษาในรายละเอียด และให้พิจารณาตัวเลขของแต่ละหน่วยงานประกอบ เพื่อให้ได้ข้อยุติว่าจะใช้ตัวเลขใดในการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าว โดยให้ได้ข้อสรุปเพื่อนำเสนอให้ กขช. พิจารณาอีกครั้งในวันที่ 17 มิ.ย.56