สำหรับขั้นตอนการนำเข้าพืชสวนจากไทย ผู้ประกอบการของอินโดนีเซียที่ประสงค์จะนำเข้าสินค้าพืชสวนจะต้องขอใบแนะนำเพื่อการนำเข้าสินค้าพืชสวนจากกระทรวงเกษตรอินโดนีเซียก่อน จึงจะขอใบอนุญาตนำเข้าจากกระทรวงการค้าต่างประเทศอินโดนีเซียได้ ตามประกาศกระทรวงเกษตรฉบับที่ 60/2012 ว่าด้วยการขอใบแนะนำเพื่อการนำเข้าสินค้าพืชสวน และกำหนดให้ผลิตภัณฑ์พืชสวนนำเข้าจะต้องปฏิบัติตามเงื่อนไขกฎระเบียบความปลอดภัยอาหาร ซึ่งจะทำให้ผลไม้ไทยสามารถส่งออกไปจำหน่ายยังประเทศอินโดนีเซียได้
ดังนั้น กระทรวงเกษตรฯจึงขอให้ผู้ประกอบการที่จะส่งออกพืชสวนไทยไปยังประเทศอินโดนีเซียติดต่อประสานข้อมูลในเรื่องกฎระเบียบทางการค้าให้เรียบร้อยก่อนที่จะมีการดำเนินธุรกิจดังกล่าว เพื่อให้สามารถส่งออกได้เป็นไปตามโควต้า ที่จะเป็นการระบายผลผลิตของไทยในช่วงที่มีผลผลิตมากออกสู่ตลาดต่างประเทศได้เพิ่มขึ้น เนื่องจากปัจจุบันประเทศอินโดนีเซียถือเป็นตลาดส่งออกที่สำคัญแห่งหนึ่งของไทยที่จะสนับสนุนให้ราคาผลไม้ไทยมีเสถียรภาพมากยิ่งขึ้น