ปัจจุบันมีเกษตรกรที่เป็นลูกหนี้ NPLs ของ ธ.ก.ส.จำนวน 364,000 ราย คิดเป็นวงเงิน 32,700 ล้านบาท หรือ 3.95% ของสินเชื่อทั้งระบบ และเพื่อบรรเทาความเดือดร้อนของลูกหนี้ ธ.ก.ส.กำลังพิจารณาปรับปรุงโครงสร้างหนี้ ทั้งตัดบัญชีหนี้สูญสำหรับลูกค้าที่ประสบปัญหารุนแรงหรือเสียชีวิต ส่วนลูกหนี้ที่พอมีศักยภาพจะยืดระยะเวลาชำระหนี้ออกไปอีก 1 ปี ด้วยการชำระหนี้เฉพาะต้นเงินกู้ เพียง 50% ของวงเงินกู้ทั้งหมด ส่วนดอกเบี้ยให้ชะลอไว้ก่อน โดยยึดสถานะเกษตรกรที่มีหนี้ค้างชำระ ณ วันที่ 30 มิถุนายน 2556
สำหรับปีบัญชี 2555 ธ.ก.ส.ได้แก้ไขปัญหาหนี้เสียให้เกษตรกรไปแล้ว 10,270 ราย คิดเป็นเงิน 1,935 ล้านบาท ช่วยลดดอกเบี้ยเงินกู้ให้เกษตรกร 1,540 ราย เป็นเงินจำนวน 527 ล้านบาท และลดหนี้ในโครงการที่มีปัญหาจำนวน 1,940 ราย เป็นเงินจำนวน 369 ล้านบาท