ส่วนปัญหาเรื่องการตัดเงินค่าผ่านทางที่ค้างในระบบอีซี่พาส ทำให้มีผู้ใช้ทางจำนวน 30,000 ราย มีเงินในบัตรเป็นลบ เมื่อผู้ใช้ทางผ่านด่านเก็บเงิน ไม้กั้นจึงไม่ยกนั้น ปัจจุบันกทพ.ได้แก้ปัญหาในส่วนนี้ไปแล้ว 9,000 ราย คงเหลือผู้ใช้ทางที่มีปัญหาเงินในบัตรติดลบประมาณ 21,000 ราย มูลค่าเงินติดลบประมาณ 3 ล้านบาท โดยคาดว่าภายในสัปดาห์นี้จะเริ่มเข้าสู่ภาวะปกติ
ทั้งนี้ กทพ.ได้ปรับปรุงซอฟแวร์ในระบบอีซี่พาสมาเป็นเวลา 1 สัปดาห์ พบว่าการดำเนินงานเป็นที่น่าพอใจ ระบบสามารถจัดการข้อมูลที่ค้างได้เรียบร้อย ทำให้สามารถแก้ปัญหาการเติมเงินให้สามารถใช้เงินได้ภายในเวลา 5-15 นาที จากเดิมที่มีปัญหาเติมเงินไม่ได้ และทำให้ระบบสามารถตัดเงินค่าผ่านทางตามข้อมูลที่ค้างในระบบได้
อย่างไรก็ดี ระหว่างที่กทพ.ปรับปรุงระบบอีซี่พาสตั้งแต่วันนี้ถึงวันที่ 30 ก.ย.56 กทพ.จะส่ง SMS ข้อมูลเงินคงเหลือในบัตรไปยังผู้ใช้บัตรอีซี่พาสทั้งหมด 700,000 ราย เป็นประจำทุกวันในช่วงเย็น เพื่อให้ผู้ใช้ทางรับทราบสถานะบัตรและเงินคงเหลือในบัตร เพื่อให้ประกอบการพิจารณาเติมเงิน ซึ่งต้องขอความร่วมมือผู้ใช้ทางให้แจ้งปรับเปลี่ยนข้อมูลหมายเลขโทรศัพท์มือถือที่เป็นปัจจุบันให้กับเจ้าหน้าที่หน้าด่าน เพื่อที่จะได้ส่งข้อมูลให้ถึงผู้ใช้ทางโดยตรง