สำหรับสาระสำคัญของร่างแผนยุทธศาสตร์การพัฒนาระบบโลจิสติกส์ของประเทศไทย ฉบับที่ 2 (พ.ศ. 2556-2560) ประกอบด้วย 1.ภารกิจในการเสริมสร้างความเข้มแข็งให้กับผู้ประกอบการไทยในการเก็บเกี่ยวมูลค่าเพิ่มจากโซ่อุปทาน(Supply chain enhancement) 2.ภารกิจในการยกระดับประสิทธิภาพระบบอำนวยความสะดวกทางการค้า(Trade Facilitation Enhancement) และ 3.ภารกิจในการพัฒนาปัจจัยสนับสนุน(Capacity Building and Policy Driving Factors)
โดยทั้ง 3 ภารกิจดังกล่าว มีแผนการดำเนินงานตาม 7 ยุทธศาสตร์ดังนี้ ยุทธศาสตร์ที่ 1 เพิ่มขีดความสามารถในการบริหารจัดการโซ่อุปทาน, ยุทธศาสตร์ที่ 2 ส่งเสริมธุรกิจการค้าและบริการในพื้นที่เมืองชายแดน, ยุทธศาสตร์ที่ 3 พัฒนาบริการขนส่งและเครือข่ายโลจิสติกส์ตามเส้นทางยุทธศาสตร์, ยุทธศาสตร์ที่ 4 พัฒนาระบบอำนวยความสะดวกทางการค้า, ยุทธศาสตร์ที่ 5 ส่งเสริมการพัฒนาบริการและขยายเครือข่ายของผู้ให้บริการโลจิสติกส์, ยุทธศาสตร์ที่ 6 ปรับปรุงระบบการพัฒนา และจัดการกำลังคน (Human resource development system) และยุทธศาสตร์ที่ 7 พัฒนาระบบติดตามและประเมินผลเพื่อการปรับปรุงตนเอง (Monitoring system for self improvement) และสร้างความเข้มแข็งให้กับองค์กร/เครือข่ายขับเคลื่อนยุทธศาสตร์