อย่างไรก็ตาม ยังมีปัจจัยลบที่จะกระทบการเติบโตของอุตสาหกรรมอาหารไทยในปี 2557 อาทิ การฟื้นตัวของอุตสาหกรรมกุ้งไทยจากโรคระบาดน่าจะเป็นไปอย่างช้าๆ สินค้าอาหารแปรรูปของไทยจะถูกสหภาพยุโรป(อียู) ตัดสิทธิพิเศษทางภาษีศุลกากร (GSP) ตั้งแต่ต้นปีเป็นต้นไป โดยเฉพาะกลุ่มสินค้ากุ้งแปรรูปที่พึ่งพิงตลาดอียูถึง 16% และราคาพลังงานมีแนวโน้มเพิ่มสูงขึ้นตามทิศทางการฟื้นตัวของเศรษฐกิจสหรัฐฯ และเศรษฐกิจโลก
สำหรับในช่วง 10 เดือนแรกของปี 56 พบว่า มีมูลค่าการส่งออกอาหาร 765,566 ล้านบาท ลดลง 6.6% เมื่อเทียบกับช่วงเดียวกันของปี 55 ที่มีมูลค่าการส่งออก 820,000 ล้านบาท ส่วนทั้งปีคาดว่าจะยังส่งออกมีมูลค่า 913,000 ล้านบาท หดตัวจากปี 55 ประมาณ 6% เนื่องปัจจัยจากเศรษฐกิจโลกฟื้นตัวค่อนข้างช้ากว่าที่คาดการณ์ ประกอบกับเงินบาทไทยแข็งค่าและแข็งค่ามากกว่าเงินสกุลประเทศคู่แข่งในภูมิภาค
นอกจากนี้ ยังมีปัจจัยเฉพาะด้านที่พบในแต่ละสินค้า อาทิ ความต้องการและราคาน้ำตาลทรายในตลาดโลกชะลอตัวหลังจากสต็อกน้ำตาลอยู่ในระดับสูงในช่วงก่อนหน้า คาดว่าจะทำให้ไทยสูญเสียรายได้ประมาณ 35,000 ล้านบาท ส่วนกุ้ง ประสบปัญหาการขาดแคลนอย่างหนักจากโรคระบาด(EMS) คาดว่าจะสูญเสียรายได้ประมาณ 30,000 ล้านบาท สำหรับการส่งออกไก่แปรรูปกลับไม่ขยายตัวตามคาด เนื่องจากตลาดหลักในสหภาพยุโรปลดการนำเข้าลง ประกอบกับไก่แปรรูปของไทยมีราคาเพิ่มขึ้น ส่งผลให้เสียตลาดบางส่วนให้กับประเทศคู่แข่งอย่างบราซิล และจีน ที่เริ่มเข้ามาทำตลาดไก่แปรรูปมากขึ้น
"สินค้าอาหารที่มีมูลค่าส่งออกสูงสุด 5 อันดับแรกในช่วง 10 เดือนแรกของปี 2556 ได้แก่ ข้าว น้ำตาลทราย ปลาทูน่ากระป๋อง ไก่ และกุ้ง โดยไทยส่งออกสินค้าอาหารไปยัง 6 ทวีป รวม 222 ประเทศทั่วโลก โดย 60% เป็นตลาดที่อยู่ในเอเชีย อเมริกาเหนือ 13% ยุโรป 13% แอฟริกา 10% ออสเตรเลีย 4% และละติน อเมริกา 1%"นายเพ็ชร กล่าว
นายเพ็ชร กล่าวต่อว่า ภาคอุตสาหกรรมอาหารของไทยควรเร่งเตรียมความพร้อมเพื่อช่วงชิงโอกาสจากการเข้าสู่ AEC ในปี 2558 เพราะจะเกิดการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างอุตสาหกรรมอาหารของไทยใน 2 ประเด็นใหญ่ๆ คือ1) อุตสาหกรรมอาหารภายในประเทศไทยมีแนวโน้มขยายตัวเพิ่มสูงขึ้นและมีการแข่งขันที่รุนแรงขึ้น จากการเข้ามาลงทุนของต่างชาติ ทั้งนักลงทุนในและนอกภูมิภาคอาเซียน 2) อุตสาหกรรมอาหารไทยที่มีศักยภาพ จะขยายการค้าการลงทุนไปสู่ประเทศอาเซียนเพิ่มขึ้น เพื่อเข้าถึงตลาด แหล่งวัตถุดิบ แรงงานต้นทุนต่ำ รวมทั้งสิทธิพิเศษทางภาษี (GSP)ในกรณีที่ไทยไปลงทุนในกลุ่มประเทศ CLMV ที่กลุ่มประเทศเหล่านี้ได้รับจากประเทศพัฒนาอย่างสหรัฐฯ รวมถึงยุโรปอีกด้วย
ดังนั้น อุตสาหกรรมอาหารไทยจึงควรมีความพร้อมในด้านข้อมูล โดยการพัฒนาองค์ความรู้ในกลุ่มประเทศอาเซียน การเพิ่มผลิตภาพและลดต้นทุนการผลิต สร้างมูลค่าเพิ่มให้กับสินค้า หลีกเลี่ยงการแข่งขันด้านราคากับประเทศที่มีต้นทุนการผลิตต่ำกว่าการพัฒนาการตลาด เพื่อแสวงหาลู่ทางขยายตลาด เช่น การจับคู่ธุรกิจ สร้างเครือข่าย/พันธมิตรทางธุรกิจ สร้างตราสินค้าและขยายตราสินค้าไทยออกสู่อาเซียนโดยเฉพาะกลุ่มประเทศ CLMV
"ส่วนสถานการณ์การเมืองในขณะนี้ เชื่อว่าจะไม่มีผลกระทบต่อการส่งออกอาหารของปีนี้ เนื่องจากคำสั่งซื้อล่วงหน้าเข้ามาอย่างน้อย 3 เดือน แต่สำหรับปีหน้าไม่แน่ หากสถานการณ์ยังยืดเยื้อ ผู้ซื้ออาจจะเกิดความไม่มั่นใจและชะลอการซื้อ"นายเพ็ชร กล่าว