เพื่อป้องกันผลกระทบที่จะเกิดขึ้นกับเกษตรกรผู้เลี้ยงโคนมนั้น ชุมนุมสหกรณ์โคนมแห่งประเทศไทย สมาคมผู้เลี้ยงโคนมไทยโฮลสไตน์ฟรีเชี่ยน และกรมส่งเสริมสหกรณ์ จึงได้จัดทำโครงการลดต้นทุนและปรับปรุงประสิทธิภาพการเลี้ยงโคนมด้วยวิธีที่ปฏิบัติได้และเห็นผลจริง โดยใช้เงินกองทุนปรับโครงสร้างการผลิตภาคเกษตรเพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันของประเทศ ซึ่งมีสหกรณ์โคนมเข้าร่วม 20 สหกรณ์ จาก 10 จังหวัดที่เป็นแหล่งผลิตนมที่สำคัญของประเทศในการเพิ่มประสิทธิภาพในระบบการเลี้ยงโคนมและการผลิตน้ำนมคุณภาพดีลดต้นทุนการผลิตและสร้างระบบการเก็บข้อมูลที่เป็นมาตรฐานพร้อมนำไปใช้ในการนี้
ทั้งนี้ จากการติดตามประเมินผลของ สศก. ในกลุ่มพื้นที่ภาคเหนือ (จังหวัดเชียงใหม่ และลำพูน) และกลุ่มพื้นที่ภาคตะวันตก (จังหวัดราชบุรี เพชรบุรี กาญจนบุรีและประจวบคีรีขันธ์) พบว่า ผลการดำเนินโครงการฯ ปี 2556 โดยการจ้างทีมที่ปรึกษา สามารถช่วยส่งเสริม สนับสนุน และแนะนำการเลี้ยงโคนมของเกษตรให้ถูกต้องตามหลักวิชาการได้มากขึ้น ทำให้เกษตรกรมีการพัฒนาประสิทธิภาพการผลิตเพิ่มโดยปริมาณน้ำนมดิบของแม่โครีดนมในฟาร์มเกษตรกรที่เข้าร่วมโครงการของสหกรณ์โคนมหนองโพ ราชบุรี (ในพระบรมราชูปถัมภ์) จำกัด มีปริมาณเพิ่มขึ้นจากเดิม 10.15 กก./ตัว/วัน เป็น 11.08 กก./ตัว/วัน คิดเป็นร้อยละ 9
นอกจากนี้ มีการพัฒนาด้านคุณภาพน้ำนมดิบอย่างต่อเนื่อง โดยสหกรณ์ที่ได้รับรางวัลคุณภาพน้ำนมดิบระดับประเทศ ได้แก่ สหกรณ์โคนมการเกษตรไชยปราการ จำกัด สหกรณ์โคนมแม่โจ้ จำกัด และสหกรณ์โคนมท่าม่วง จำกัด อีกทั้งโครงการฯ ยังเป็นการสนับสนุนการกำหนดเขตเกษตรเศรษฐกิจโคนม (Zoning) และ ยุทธศาสตร์การพัฒนาโคนมของประเทศ รวมทั้งสนับสนุนการส่งออกการส่งออกนมและผลิตภัณฑ์นมสู่ตลาดประชาคมอาเซียน เนื่องในโอกาสที่มีการเปิด AEC ในปี 2558 อีกด้วย
อย่างไรก็ตาม จากการติดตาม ยังพบปัญหาการดำเนินงาน คือ เกษตรกรยังมีความเชื่อเดิมๆ ไม่ยอมเปลี่ยนแปลงระบบการเลี้ยงโคนม เช่น ไม่ยอมคัดแม่โคที่ให้นมน้อยทิ้ง หรือการปรับสัดส่วนฝูงโคให้มีแม่โคที่ให้นมมากขึ้น และบางส่วนยังไม่บันทึกข้อมูลฟาร์ม รวมทั้งปัญหาด้านอาหารหยาบที่มีคุณภาพสำหรับเลี้ยงโคนมนั้นหายากและมีราคาแพง ส่วนอาหารข้นสำเร็จรูปก็มีการปรับราคาเพิ่มสูงขึ้นอย่างต่อเนื่อง