สำหรับคณะกรรมการฯ ชุดนี้มีรองหัวหน้า คสช.และหัวหน้าฝ่ายความมั่นคง คสช.เป็นประธานกรรมการ, รองประธานกรรมการ 3 คน คือ รองหัวหน้า คสช.และหัวหน้าฝ่ายสังคมจิตวิทยา/รองหัวหน้า คสช.และหัวหน้าฝ่ายเศรษฐกิจ คสช./ปลัดกระทรวงกลาโหม
ส่วนกรรมการ ประกอบด้วย ผู้แทนผู้บัญชาการทหารสูงสุด, ผู้แทนผู้บัญชาการทหารบก, ผู้แทนผู้บัญชาการทหารเรือ, ผู้แทนผู้บัญชาการทหารอากาศ, ปลัดกระทรวงการต่างประเทศ, ปลัดกระทรวงการคลัง, ปลัดกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา, ปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม, ปลัดกระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร, ปลัดกระทรวงพลังงาน, ปลัดกระทรวงพาณิชย์, ปลัดกระทรวงมหาดไทย, ปลัดกระทรวงยุติธรรม, ปลัดกระทรวงแรงงาน, ปลัดกระทรวงวัฒนธรรม, ปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี, ปลัดกระทรวงศึกษาธิการ, ปลัดกระทรวงสาธารณสุข, ปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม,
ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ, เลขาธิการสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ(สศช.), เลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ, เลขาธิการคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน, เลขาธิการคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ, เลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด, อธิบดีกรมประชาสัมพันธ์, ประธานสภาหอการค้าแห่งประเทศไทย หรือผู้แทน, ประธานสภาอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย หรือผู้แทน และประธานสมาคมธนาคารไทย หรือผู้แทน, เสนาธิการทหาร เป็นกรรมการและเลขานุการ, เจ้ากรมยุทธการทหาร และอธิบดีกรมอาเซียน เป็นผู้ช่วยเลขานุการ
คณะกรรมการฯ ชุดนี้มีหน้าที่บริหารงานและกำกับดูแลศูนย์ฯ, กำกับนโยบาย ยุทธศาสตร์ แนวทาง และท่าทีไทยในการเข้าร่วมกรอบความร่วมมืออาเซียน, พิจารณาแก้ไข ปรับปรุง พัฒนากฎหมาย กฎ ระเบียบต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการเตรียมความพร้อม, แต่งตั้งคณะอนุกรรมการและคณะทำงานได้ตามความเหมาะสม(โดยมีคณะอนุกรรมการหลัก ประกอบด้วย คณะอนุกรรมการศูนย์อำนวยการเตรียมความพร้อมประเทศไทยในการเข้าสู่ประชาคมการเมืองและความมั่นคงอาเซียนมีปลัดกระทรวงกลาโหมเป็นประธาน, คณะอนุกรรมการศูนย์อำนวยการเตรียมความพร้อมประเทศไทยในการเข้าสู่ประชาคมสังคมและวัฒนธรรมอาเซียนมีรองหัวหน้า คสช.และหัวหน้าฝ่ายสังคมจิตวิทยา คสช.เป็นประธาน, คณะอนุกรรมการศูนย์อำนวยการเตรียมความพร้อมประเทศไทยในการเข้าสู่ประชาคมเศรษบกิจอาเซียนมีรองหัวหน้า คสช.และหัวหน้าฝ่ายเศรษฐกิจ คสช.เป็นประธาน), สามารถเชิญผู้ทรงคุณวุฒิเข้าร่วมประชุมได้ตามความเหมาะสม, เมื่อเข้าสู่ประชาคมอาเซียนแล้ว ให้คณะกรรมการฯ ยังคงรับผิดชอบการดำเนินการไปจนกว่าจะมีคำสั่งเปลี่ยนแปลง และรายงานผลการปฏิบัติให้หัวหน้า คสช.ทราบอย่างต่อเนื่อง
นอกจากนี้ หัวหน้า คสช.ยังมีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการนโยบายเขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษ(กนพ.) โดยมีหัวหน้า คสช. หรือรองหัวหน้า คสช.ที่ได้รับมอบหมายเป็นประธานกรรมการ
ส่วนกรรมการ ประกอบด้วย ปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี, ปลัดกระทรวงการคลัง, ปลัดกระทรวงการต่างประเทศ, ปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์, ปลัดกระทรวงคมนาคม, ปลัดกระทรวงพาณิชย์, ปลัดกระทรวงมหาดไทย, ปลัดกระทรวงแรงงาน, ปลัดกระทรวงอุตสาหกรรม, เลขาธิการสภาความมั่นแห่งชาติ, เลขาธิการคณะกรรมการกฤษฎีกา, เลขาธิการคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน, ผู้อำนวยการสำนักงบประมาณ, ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ, ประธานกรรมการหอการค้าไทย, ประพธานสมาคมธนาคารไทย, เลขาธิการ สศช.เป็นกรรมการและเลขานุการ, รองเลขาธิการ สศช.ที่ได้รับมอบหมายเป็นกรรมการและผุ้ช่วยเลขานุการ
กนพ.มีอำนาจและหน้าที่ในการพิจารณาให้ความเห็นชอบและเสนอร่างหลักเกณฑ์และวิธีการสนับสนุนการจัดตั้งและดำเนินการเขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษ ตลอดจนร่างแผนแม่บท, กำหนดแนวทางให้หน่วยงานถือปฏิบัติเพื่อให้การพัฒนาเขตเศรษฐกิจพิเศษ รวมทั้งการส่งเสริมการค้าเสรีภายใต้กรอบอาเซียนหรือข้อตกลงภายใต้กรอบเศรษฐกิจอื่น หรือการค้าบริเวณพรมแดนระหว่างประเทศระหว่างไทยกับประเทศเพื่อนบ้านเป็นไปโดยคามเหมาะสมและมีประสิทธิภาพ, กำกับดูแล ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตามแผนแม่บท ตลอดจนให้คำแนะนำหรือข้อเสนอแนะเพื่อแก้ไขปัญหาอุปสรรคในการดำเนินการตามแผนแม่บท แผนงาน หรือโครงการ หรือแผนปฏิบัติการ และรายงานผลการดำเนินงานต่อ คสช.,
แต่งตั้งคณะอนุกรรมการหรือคณะทำงานได้ตามความเหมาะสม, เชิญเจ้าหน้าที่ บุคคล หรือหน่วยงานที่เกี่ยวข้องมาชี้แจง หรือเรียกเอกสารจากบุคคลหรือหน่วยงานที่เกี่ยวข้องมาเพื่อประกอบการพิจารณาได้ตามความจำเป็น, ออกระเบียบ ประกาศ และคำสั่งเพื่อปฏิบัติการตามคำสั่งนี้, เสนอแนะต่อ คสช.เพื่อให้มีกฎระเบียบ หรือปรับปรุงแก้ไขกฎระเบียบที่จำเป็นต่อการจัดตั้งและดำเนินการเขตพัฒนาเศรษบกิจพิเศษ และปฏิบัติการอื่นใดเพื่อให้เป็นไปตามคำสั่งนี้หรือตามที่ คสช.หรือหัวหน้า คสช.มอบหมาย
ทั้งนี้ ให้ สศช.อำนวยความสะดวกในการปฏิบัติงานและเบี้ยประชุมของคณะกรรมการฯ คณะอนุกรรมการ และคณะทำงานเฉพาะกิจ