โดยเฉพาะ รฟม.น่าเป็นห่วงมาก เนื่องจากปัจจุบัน รฟม.ทำหน้าที่ก่อสร้างและกำกับดูแล แต่ยังไม่มีการเดินรถเอง ซึ่งที่ประชุมได้ให้หน่วยงานที่ข้องทั้ง ร.ฟ.ท., รฟม. และสำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ(ก.พ.ร.) กลับไปจัดทำความเห็นข้อเสนอแนะและนำมาหารือร่วมกันอีกครั้งในอีก 3 สัปดาห์ หากได้ข้อยุติจะเสนอคณะรัฐมนตรี (ครม.)พิจารณาและเสนอคณะกรรมการกฤษฎีการ่างกฎหมายรองรับคาดว่าใช้เวลากว่า 1 ปี
ทั้งนี้ หลักการเมื่อตั้งกรมรางขึ้นมาทำหน้าที่ก่อสร้างซ่อมบำรุงและกำกับดูแลระบบรางแล้ว จะต้องโอนทรัพย์สินที่เป็นโครงสร้างพื้นฐานให้กรมรางฯ ส่วนทรัพย์สินที่เกี่ยวข้องกับการเดินรถจะเป็นของร.ฟ.ท.และรฟม.เช่น ศูนย์ซ่อม หรือที่ดินรถไฟในแปลงที่เป็นเชิงพาณิชย์ เป็นต้น ดังนั้นประเด็นการโอนทรัพย์สินจะต้องตีความให้ชัดเจนด้วย ซึ่งทาง ก.พ.ร.เสนอแนะให้สนข.วิเคราะห์ภารกิจของกรมรางให้ชัดเจนมากขึ้น
ส่วน ร.ฟ.ท.และรฟม.จะต้องไปดูบทบาทของตัวเองว่าจะเป็นอย่างไรและเสนอความเห็นเข้ามาพิจารณาร่วมกัน โดยการตั้งกรมรางจะพิจารณาคู่ขนานไปกับแผนฟื้นฟูรถไฟเพื่อแก้ปัญหาหนี้สินกว่าแสนล้านบาท ซึ่งเป้าหมายจะทำให้ร.ฟ.ท.ไม่ขาดทุน
สำหรับโครงสร้างของกรมการขนส่งทางราง เบื้องต้นจะมี 4 ส่วนงาน มีบุคลากรรวม 275 คน ประกอบด้วย อธิบดี 1 คน ,รองอธิบดี 2 คน,วิศวกรใหญ่ 1 คน ,ผู้ทรงคุณวุฒิ 1 คน และเจ้าหน้าที่ 270 คน โดยจะเกลี่ยจากทั้งกรมทางหลวง กรมทางหลวงชนบท สนข. ร.ฟ.ท.และรฟม. ในส่วนงานที่เกี่ยวข้องถ่ายโอนมา และบรรจุข้าราชการใหม่
ด้านนายชัยวัฒน์ ทองคำคูณ รองผู้อำนวยการ สนข.กล่าวว่า กรมรางจะทำหน้าที่คล้ายกับกรมทางหลวงรวมกับกรมการขนส่งทางบก ทำหน้าที่ก่อสร้างทางรถไฟและซ่อมบำรุงโดยจะดำเนินการเองหรือใช้วิธีการว่าจ้างเอกชนเข้ามาก่อสร้างและซ่อมบำรุงก็ได้ ส่วนร.ฟ.ท.และรฟม.จะเหลือหน้าที่เดินรถและอาจจะรับจ้างเรื่องซ่อมบำรุงทางให้กรมรางด้วยก็ได้ นอกจากนี้จะมีเอกชนรายอื่นเข้ามาเดินรถแข่งขันได้อีก