ปากีสถานและไทยอยู่ระหว่างการจัดทำการศึกษาความเป็นไปได้ในการจัดทำความตกลงการค้าเสรีไทย-ปากีสถาน (Thailand-Pakistan FTA) ซึ่งจะดำเนินการเสร็จสมบูรณ์ในเดือนมีนาคม 2558 โดยการประชุมคณะกรรมการร่วมด้านการค้าไทย-ปากีสถาน ครั้งที่ 3 จะมีขึ้น ณ กรุงอิสลามาบัด ประเทศปากีสถาน ประมาณเดือนเมษายน 2558
ปัจจุบัน ปากีสถานเป็นคู่ค้าอันดับที่ 46 ของไทย (2557) และเป็นคู่ค้าอันดับที่ 2 ของไทยในภูมิภาคเอเชียใต้ รองจากอินเดีย ในระยะ 5 ปีที่ผ่านมา (2552-2556) การค้าระหว่างไทยกับปากีสถานมีมูลค่าเฉลี่ย 949.88 ล้านเหรียญสหรัฐ ขยายตัวเฉลี่ยปีละร้อยละ 7.32 ในปี 2556 การค้ารวมไทย-ปากีสถานมีมูลค่า 1039.94 ล้านเหรียญสหรัฐ เพิ่มขึ้นจากปีก่อนหน้าร้อยละ 5.83 ไทยเป็นฝ่ายได้ดุลการค้า 841.12 ล้านเหรียญสหรัฐ โดยปี 2557 (ม.ค.-ต.ค.) การค้ารวมมีมูลค่า 871.90 ล้านเหรียญสหรัฐ ลดลงจากปี 2556 (ม.ค.-ต.ค.) ร้อยละ 1.94 โดยไทยได้เปรียบดุลการค้า 622.06 ล้านเหรียญสหรัฐ
ในปี 2556 ไทยส่งออกไปปากีสถานมูลค่า 940.53 ล้านเหรียญสหรัฐ เพิ่มขึ้นจากปีก่อนหน้า ร้อยละ 7.13 สินค้าส่งออกสำคัญ ได้แก่ รถยนต์อุปกรณ์และส่วนประกอบ เคมีภัณฑ์ เม็ดพลาสติก เส้นใยประดิษฐ์ ผลิตภัณฑ์ยาง รองเท้าและชิ้นส่วน ผ้าผืน เครื่องปรับอากาศและส่วนประกอบ เครื่องจักรกลและส่วนประกอบเหล็ก เหล็กกล้าและผลิตภัณฑ์ เป็นต้น และไทยนำเข้าจากปากีสถาน มูลค่า 99.41 ล้านเหรียญสหรัฐ ลดลงจากปีก่อนหน้า ร้อยละ 5.02 สินค้านำเข้าที่สำคัญ ได้แก่ สัตว์น้ำสด/แช่เย็น/แช่แข็ง/แปรรูปและกึ่งสำเร็จรูป ด้ายและเส้นใย สินแร่โลหะอื่นๆ เศษโลหะและผลิตภัณฑ์ พืชและผลิตภัณฑ์จากพืช ผ้าผืน สัตว์และผลิตภัณฑ์จากสัตว์ เครื่องดนตรี/ของเล่น/เครื่องกีฬาและเครื่องเล่นเกมส์ เสื้อผ้าสำเร็จรูป เครื่องมือเครื่องใช้เกี่ยวกับวิทยาศาสตร์ เครื่องดื่มประเภทน้ำแร่ น้ำอัดลม เป็นต้น