ทั้งนี้ ตามแผนล่าสุดคาดว่าจะศึกษาผลกระทบทุกด้านแล้วเสร็จในปี 60 และเริ่มก่อสร้างได้ในปี 61 ใช้เวลาก่อสร้าง 4 ปี เปิดให้บริการในปี 65 โดยหากล่าช้ากว่านี้ อาจจะต้องพิจารณายกเลิกโครงการ เนื่องจากตามยุทธศาสตร์แล้วจะไม่มีเอกชนสนใจเข้ามารับบริหารท่าเรือปากบารา และหากก่อสร้างล่าช้ากว่านั้น จะเป็นการลงทุนที่สูญเปล่าได้ เพราะหันไปลงทุนบริหารท่าเรือมาเลเซีย ที่มีความชัดเจนมากกว่าพร้อมทั้งดึงลูกค้าและสายเดินเรือไปหมดแล้ว โดยปัจจุบันปริมาณสินค้าในพื้นที่ภาคใต้มีกว่า 8 แสนตู้ต่อปี ต้องขนส่งโดยรถยนต์และรถไฟไปใช้ท่าเรือปีนังของมาเลเซีย หากไทยมีท่าเรือปากบาราจะช่วงชิงด้านการตลาดได้เพราะจะลดต้นทุนด้านการขนส่งให้ผู้ส่งออก เนื่องจากระยะทางสั้นกว่าประมาณ 100-200 กม.
"ประชาชนในพื้นที่ไม่ได้กังวลที่ตัวท่าเรือปากบาราโดยตรงแต่กังวลเรื่องนิคมอุตสาหกรรมที่ตามมาว่าจะอยู่ตรงไหน ซึ่งการศึกษาภาพรวมผลกระทบเชิงพื้นที่รวมของทั้งภาคใต้จะช่วยให้รัฐบาลตอบคำถามและทำความเข้าใจกับประชาชนได้ส่วนการถมทะเลนั้นมีการศึกษาEIA ทั้งระหว่างก่อสร้างและเมื่อท่าเรือเปิดให้บริการไว้แล้ว"
อธิบดีกรมเจ้าท่า กล่าวถึงนโยบายการดำเนินงานประจำปี 58 ว่า จะดำเนินการปรับปรุงซ่อมแซมท่าเทียบเรือสาธารณะเพื่อรองรับเรือสำราญขนาดใหญ่ที่จังหวัดกระบี่เพื่อผลักดันให้ไทยเป็นศูนย์กลางการขนส่งทางน้ำ โดยภายในปี 2558 จะทำการศึกษาออกแบบ และการปรับปรุงโป๊ะในแม่น้ำเจ้าพระยา จำนวน 17 แห่ง วงเงิน 70 ล้านบาท โดยในปี 2558 จะดำเนินการจำนวน 8 แห่ง วงเงิน 14 ล้านบาท ประกอบด้วย ท่าเรือสมุทรปราการหน้าสำนักงานเจ้าท่าสมุทรปราการ และบริเวณหน้าตลาดสดวิบูลย์ศรี, ท่าเรือ สุขสวัสดิ์ 53, ท่าเรือวัดบางกระสอบ, ท่าเรือถนนตก, ท่าเรือสี่พระยา, ท่าเรือสะพานพระราม 8 ฝั่งพระนคร และท่าเรือพิบูลย์สงคราม 1