สำหรับสิทธิประโยชน์ที่ให้กับผู้ประกอบการที่อยู่ในนิคมอุตสาหกรรมที่ได้รับการรับรองอุตสาหกรรมสีเขียว ตามเกณฑ์การชี้วัดของโครงการอุตสาหกรรมสีเขียว ที่กำหนดโดยกระทรวงอุตสาหกรรม จะได้รับการลดหย่อนค่าบริการ ผู้ประกอบการที่พัฒนาได้ ตั้งแต่ระดับที่ 3-5 จากทั้งหมดที่มี 5 ระดับตามเกณฑ์ที่กำหนดไว้ ดังนี้ ระดับที่ 1 ความมุ่งมั่นสีเขียว ระดับที่ 2 ปฏิบัติการสีเขียว ระดับที่ 3 ระบบสีเขียว จะได้รับการลดหย่อนค่าบริการ 5,000 บาท ระดับที่ 4 วัฒนธรรมสีเขียว และระดับที่ 5 เครือข่ายสีเขียว จะได้รับการยกเว้นค่าบริการ 10,000 บาท พร้อมมอบรางวัล โล่ประกาศเกียรติคุณ เพื่อให้ผู้ประกอบการเห็นความสำคัญ คุณค่าและประโยชน์ที่ได้รับจากรางวัลอย่างเป็นรูปธรรม
ทั้งนี้ กนอ.ได้จัดทำมาตรการส่งเสริมในการจัดทำแผนยุทธศาสตร์ประจำปี 2557-2559 เพื่อเป็นการส่งเสริมและสนับสนุนให้กับผู้ประกอบการในนิคมฯ ทั่วประเทศ โดยในปี 2558 กนอ.ได้กำหนดเป้าหมายให้โรงงานในนิคมฯ ได้รับการรับรองอุตสาหกรรมสีเขียวที่ร้อยละ 15 คือ 465 จากโรงงานที่แจ้งเริ่มประกอบกิจการแล้ว 3,100 โรงงาน และสำหรับโรงงานที่ยังไม่ได้ยื่นใบสมัครการรับรองอุตสาหกรรมสีเขียว จะต้องยื่นใบสมัครและได้รับการรับรองอุตสาหกรรมสีเขียว ภายในวันที่ 15 สิงหาคม 2558 จึงจะได้รับสิทธิประโยชน์ดังกล่าว ซึ่งการกำหนดสิทธิประโยชน์สำหรับผู้ประกอบการที่ได้รับการรับรองอุตสาหกรรมสีเขียว จะเป็นการส่งเสริมและผลักดันให้ผู้ประกอบการเข้าสู่เมืองอุตสาหกรรมเชิงนิเวศมากยิ่งขึ้น