สาเหตุสำคัญที่ระบบเกษตรอินทรีย์มีปริมาณการปล่อยฯ สูงที่สุดเนื่องจากระบบนี้จะใช้อินทรีย์วัตถุ (เช่น ปุ๋ยอินทรีย์ และ ปุ๋ยพืชสด) เป็นจำนวนมากเพื่อทดแทนการใส่ปุ๋ยเคมีซึ่งเป็นแหล่งปล่อยก๊าซไนตรัสออกไซด์ (N2O) ที่สำคัญ ทำให้ก๊าซมีเทน (CH4) ที่ถูกปล่อยมากขึ้นจากอินทรีย์วัตถุและการขังน้ำมีปริมาณสูงขึ้นมากโดยเปรียบเทียบกับการลดการปล่อยก๊าซไนตรัสออกไซด์
ดังนั้น แนวทางเกษตรอินทรีย์และเกษตรที่ดีเหมาะสม ต้องพิจารณาถึงประโยชน์ในด้านสุขภาพและความปลอดภัยทางอาหาร พร้อมทั้งประเด็นสิ่งแวดล้อมอื่น โดยแนวทางเสริมที่สามารถดำเนินการได้คือ การส่งเสริมการปลูกข้าวแบบนาเปียกสลับแห้ง (Alternate Wet and Dry practice : AWD) ซึ่งเป็นแนวทางเสริมที่เกี่ยวกับการจัดการน้ำในนาข้าวโดยจะส่งผลให้ระยะเวลาการขังน้ำในนาข้าวน้อยลง ทั้งนี้ จะช่วยลดการปล่อยก๊าซมีเทน (CH4) ลงไปได้มากกว่าครึ่ง
อย่างไรก็ตาม AWD สามารถใช้ได้ผลกับนาข้าวที่อยู่ในเขตชลประทาน เนื่องจากเกษตรกรไม่ต้องเสี่ยงต่อการขาดน้ำหากปล่อยน้ำออกจากนาในช่วงที่ไม่จำเป็นต้องขังน้ำ ดังนั้น การบริหารจัดการน้ำในพื้นที่นอกเขตชลประทานจึงจำเป็นปัจจัยเสริมที่สำคัญยิ่งต่อแนวทางการลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจก สำหรับนาน้ำฝนและการเพิ่มภูมิคุ้มกันสำหรับเกษตรกรในพื้นที่ดังกล่าวต่อการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ