อย่างไรก็ตาม จากการติดตามผลการปฏิบัติการบินระหว่างประเทศทั้งสอง ตั้งแต่ช่วงที่ MOU มีผลบังคับใช้ พบว่า มีเหตุขัดข้องทำให้มีการยกเลิกเที่ยวบินไปญี่ปุ่น 2 เที่ยวบิน คือ เที่ยวบินของเอเชี่ยนแอร์ เมื่อวันที่ 11 เมษายน 2558 เวลา 01.30 น และของนกสกูต เมื่อคืนวันที่ 11 เมษายน 2558 เวลา 23.15 น ซึ่งเกิดจากปัญหาทางเทคนิคของสายการบินเอง
โดยปัญหาของสายการบินเอเชี่ยนแอร์ เกิดจากการตรวจทบทวนใบรับรองผู้ดำเนินการเดินอากาศ ของกรมการบินพลเรือนพบว่ามีปัญหาในระบบการปฏิบัติการบิน ระบบควบคุมเวลาบินและเวลาพักผ่อนของนักบิน และการบำรุงรักษา ซึ่งกรมการบินพลเรือนได้ให้บริษัทแก้ไขข้อบกพร่องและบริษัทได้ดำเนินการแล้วเสร็จเมื่อวันศุกร์ เวลาประมาณ 17.00 น ซึ่งกรมการบินพลเรือนได้ส่งจดหมายอิเลคทรอนิกส์ให้ทางJCAB ทันที แต่พ้นเวลาทำการของ JCAB แล้วจึงไม่มีเจ้าหน้าที่พิจารณา ต้องรอวันเปิดทำการถัดไปในวันจันทร์ที่ 13 เมษายน
ส่วนสายการบินนกสกูต เกิดจากการที่นกสกูต ยื่นคำขอให้สกูต ของสิงคโปร์มาบินรับขนแทน ซึ่งได้รับอนุญาตแล้วแต่ทางสกูตไม่สามารถหาเครื่องบินและลูกเรือมาบินได้ทัน จึงจำเป็นต้องยกเลิกเที่ยวบิน ดังนั้น ปัญหาการยกเลิกเที่ยวบินทั้งสองไม่ได้เกิดจาก JCAB แต่อย่างได้ เป็นปัญหาเชิงเทคนิคเฉพาะกรณี ส่วนเที่ยวบินอื่นยังทำการบินตามปกติ