สำหรับเส้นทางที่ญี่ปุ่นจะเข้ามาร่วมลงทุนพัฒนา คือ เส้นทางกรุงเทพฯ-เชียงใหม่ เป็นระบบรถไฟความเร็วสูง และเส้นทางกาญจนบุรี-แหลมฉบัง เป็นการปรับปรุงทางเดิม เพื่อเชื่อมระเบียงเศรษฐกิจด้านใต้ไปถึงท่าเรือน้ำลึกทวาย
ส่วนเส้นทาง อ.แม่สอด จ.ตาก-จ.มุกดาหาร ญี่ปุ่นจะช่วยศึกษาในระยะต่อไป
พล.อ.อ.ประจิน กล่าวว่า ที่ปรึกษาพิเศษนายกฯญี่ปุ่นได้มาพบพูดคุยกันมีความชัดเจนมากขึ้น และภายใน 1-2 วันนี้ จะมีการหารือเพื่อปรับปรุงร่าง MOU และเป็นไปได้ที่จะยกเป็น MOC เนื่องจากญี่ปุ่นเห็นว่า ความร่วมมือของไทย-ญี่ปุ่นได้ก้าวข้าม MOU มาแล้ว สามารถนำไปปฏิบัติได้เลย และจะทำให้ระบบการบริหารคณะกรรมการของ 2 ฝ่ายสามารถต่อเชื่อมกันได้อย่างราบรื่น โดยจะสรุปเสนอรองนายกฯในวันที่ 14 พ.ค.นี้ เพื่อนำเข้าสู่ที่ประชุมครม.ได้ในสัปดาห์หน้า ส่วนเส้นทางที่ทับซ้อนในพื้นที่ภาคตะวันออกนั้น กระทรวงคมนาคมและสำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร (สนข.) จะประชุมหารือกับจีนและญี่ปุ่น เพื่อเลือกแนวทางที่ดีที่สุด
"ขณะนี้อยู่ระหว่างหารือร่วมกันอีกครั้งว่าจะเป็นการยกร่างบันทึกความเข้าใจ (MOU) หรือจะเป็น บันทึกความร่วมมือ (MOC: Memorandum of Cooperation) เนื่องจากไทย-ญี่ปุ่นมีความร่วมมือในการศึกษาเส้นทางรถไฟมานานแล้ว สามารถลงนามในขั้นตอนปฏิบัติได้เลย โดยญี่ปุ่นพร้อมที่จะส่งเจ้าหน้าที่มาสำรวจเส้นทาง ศึกษาออกแบบในกลางเดือนมิ.ย.นี้ โดยจะเริ่มที่เส้นทางกรุงเทพ-เชียงใหม่จะกำหนดแผนงานภายใน 6 เดือน และ เนื่องจากมีการศึกษาเดิมเมื่อปี 2555 ทางญี่ปุ่นเข้ามาทบทวนปรับปรุงการศึกษา ซึ่งจะใช้เวลาไม่มากนัก โดยจะเริ่มก่อสร้างให้ได้ในต้นปี 2559" รมว.คมนาคม กล่าว
โดยความร่วมมือจะเป็น 2 กลุ่มโดยกลุ่มแรกเป็นความร่วมมือเร่งด่วนคือการพัฒนาเส้นทางกรุงเทพ-เชียงใหม่ เป็นรถไฟความเร็วสูง และเส้นทางเส้นทางกาญจนบุรี-กรุงเทพฯ-อรัญประเทศและท่าเรือแหลมฉบัง ส่วนอีกกลุ่มจะเป็นการทำคู่ขนาน เช่น ศึกษาเส้นทาง อ.แม่สอด จ.ตาก-จ.มุกดาหาร , การศึกษาความเหมาะสมของเส้นทางในพื้นที่ภาคตะวันออกที่มีการทับซ้อนกันหลายโครงการและการพัฒนาด้านบุคลากร
ด้านนายอาคม เติมพิทยาไพสิฐ รมช.คมนาคม กล่าวว่า ญี่ปุ่นได้ยืนยันความประสงค์ในการพัฒนาระบบรถไฟไทยโดยให้ความสำคัญ 1. เส้นทางกรุงเทพฯ-เชียงใหม่ ระยะทาง 715 กม. โดยจะเริ่มสำรวจออกแบบช่วงครึ่งหลังปี 58 และก่อสร้างในปี 59 โดยเน้นในเรื่องมาตรฐานความปลอดภัย 2. กาญจนบุรี-กรุงเทพฯ-ฉะเชิงเทรา-แหลมฉบัง และกรุงเทพฯ-ฉะเชิงเทรา-อรัญประเทศ ระยะทาง 574 กม.ซึ่งเป็นเส้นทางระเบียงเศรษฐกิจด้านใต้ไปถึงท่าเรือน้ำลึกทวาย 3. เส้นทางอ.แม่สอด-พิษณุโลก-เพชรบูรณ์-ขอนแก่น-ร้อยเอ็ด-มุกดาหาร ระยะทาง 718 กม.หรือ East-West Corridor แต่เนื่องจากไม่มีการศึกษาเดิมทางญี่ปุ่นจะเข้ามาช่วยศึกษาความเหมาะสมในการพัฒนาซึ่งจะเป็นการพัฒนาในระยะยาว
นอกจากนี้จะมีความร่วมมือในการขนส่งสินค้าทางรถไฟ ซึ่งญี่ปุ่นสนใจเข้ามาช่วยศึกษาเส้นทางรถไฟในพื้นที่ภาคตะวันออก จ.ชลบุรี ระยอง จันทบุรี ตราด ที่มีรถไฟหลายระบบในแนวเดียวกันเช่น ความร่วมมือรถไฟไทย-จีน ช่วงแก่งคอย-มาบตาพุด ,รถไฟฟ้าแอร์พอร์ตลิ้งก์ ส่วนต่อขยาย,รถไฟความเร็วสูง กรุงเทพฯ-ระยอง และเส้นทางที่ญี่ปุ่นจะศึกษากรุงเทพฯ-แหลมฉบัง ทั้งนี้เพื่อออกแบบในการใช้เส้นทางร่วมกัน เนื่องจากเขตทางมีจำกัด
นายอาคม กล่าวว่า หลังลงนามใน MOC ญี่ปุ่นจะนำผลศึกษาเส้นทางกรุงเทพฯ– เชียงใหม่ เดิมที่ทำไว้ตั้งแต่ปี 55 มาทบทวนและสำรวจออกแบบ รวมถึงหากต้องมีการปรับแบบจะให้เสร็จภายในสิ้นปี 58 ส่วนรูปแบบการลงทุนและการเงิน นั้นจะทำการออกแบบคู่ขานไปกับการสำรวจด้านโครงสร้าง ซึ่งหลักการจะให้ญี่ปุ่นเข้ามามีส่วนร่วมตั้งแต่การก่อสร้างและเดินรถตั้งแต่ต้น ซึ่งจะเป็นรูปแบบการร่วมทุนระหว่างไทย-ญี่ปุ่น โดยญี่ปุ่นจะมีสถาบันด้านการเงินที่พร้อมให้เงินกู้ในแบบเข้ามาร่วมทุนด้วย ทั้งไจก้า เจบิค
นอกจากนี้ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีได้ขอให้ทางญี่ปุ่นเร่งรัดบริษัทผู้ผลิตรถไฟฟ้า สายสีม่วง เพื่อเร่งส่งมอบเป็นของขวัญปีใหม่ 2559 ซึ่งได้รับรายงานว่าทางญี่ปุ่นจะส่งมอบรถไฟฟ้า 3 ขบวนแรก (9 ตู้) ในเดือนต.ค. 58 เพื่อทดสอบและจะนำมาทดลองวิ่งได้ในเดือนธ.ค. 58