สาระสำคัญของร่างพระราชบัญญัติ จะรวบรวมบทบัญญัติแห่งกฎหมายว่าด้วยภาษีสรรพสามิต กฎหมายว่าด้วยไพ่ กฎหมายว่าด้วยสุรา กฎหมายว่าด้วยยาสูบ กฎหมายว่าด้วยพิกัดอัตราภาษีสรรพสามิต กฎหมายว่าด้วยการจัดสรรเงินภาษีสรรพสามิต และกฎหมายว่าด้วยการจัดสรรเงินภาษีสุรา ไว้ในประมวลกฎหมายฉบับเดียวกัน และได้ปรับปรุงกฎหมายดังกล่าว ดังนี้
1. เพิ่มบทนิยามคำว่า “ราคาขายปลีก" “ราคาขายปลีกแนะนำ" และ “ผลิตภัณฑ์ยาสูบ" รวมทั้งปรับแก้ไขบทนิยามคำว่า “ผลิต" “สุรา" และ “ไพ่" เพื่อสร้างความชัดเจนในการจัดเก็บภาษียิ่งขึ้น 2. เพิ่มบทบัญญัติให้มีคณะกรรมการวินิจฉัยภาษีสรรพสามิตซึ่งเป็นไปตามแนวทางเดียวกับกฎหมายของกรมสรรพากรและกรมศุลกากร 3. ปรับปรุงวิธีการจัดเก็บภาษี จากเดิมที่จัดเก็บในอัตราตามมูลค่าหรือตามปริมาณแล้วแต่อัตราใดจะคิดเป็นเงินสูงกว่า เป็น จัดเก็บทั้งตามมูลค่าและตามปริมาณเพื่อให้เกิดประสิทธิภาพในการจัดเก็บภาษี
4. เปลี่ยนฐานในการคำนวณภาษีตามมูลค่า จากเดิมที่กำหนดให้ใช้ราคาขาย ณ โรงงานอุตสาหกรรม ในกรณีสินค้าที่ผลิตในราชอาณาจักร และราคา ซี.ไอ.เอฟ. ในกรณีสินค้านำเข้า รวมทั้งราคาขายส่งช่วงสุดท้ายกรณีสินค้าสุรา เป็นราคาขายปลีกแนะนำ ทั้งนี้ เพื่อให้เกิดความเป็นธรรมในระหว่างผู้เสียภาษีและแก้ไขปัญหาการถ่ายโอนราคา 5. เพิ่มบทบัญญัติในการกำหนดราคาขายและราคาสินค้านำเข้ากรณีไม่มีราคาขายปลีกแนะนำ หรือราคาขายปลีกแนะนำมีหลายราคา หรือราคาดังกล่าวไม่เป็นไปตามกลไกตลาด หรือไม่สอดคล้องกับความเป็นจริง เพื่อประโยชน์ในการบริหารการจัดเก็บภาษี 6. เพิ่มบทบัญญัติให้ผู้ประกอบอุตสาหกรรม ผู้นำเข้า แจ้งโครงสร้างต้นทุน เพื่อประโยชน์ในการตรวจสอบภาษี
7. เพิ่มบทบัญญัติกรณีการจ้างผลิต โดยกำหนดให้ผู้ว่าจ้างมีหน้าที่และความรับผิดในการเสียภาษีร่วมกับผู้มีหน้าที่เสียภาษี เพื่อป้องกันการหลีกเลี่ยงภาษี 8. เพิ่มบทบัญญัติให้ผู้นำเข้าจดทะเบียนสรรพสามิตและจัดทำบัญชีเช่นเดียวกับผู้ประกอบอุตสาหกรรม เพื่อความเป็นธรรมและประโยชน์ในการตรวจสอบภาษี 9. เพิ่มบทบัญญัติเกี่ยวกับวิธีการแสดงการเสียภาษีนอกจากการใช้แสตมป์สรรพสามิต และเครื่องหมายแสดงการเสียภาษี เพื่อรองรับการเสียภาษีสินค้าสุราและสินค้าไพ่ 10. ปรับปรุงอายุความในการประเมินภาษีจาก 2 ปี เป็น 3 ปี เพื่อประโยชน์ในการตรวจสอบภาษี
11. ปรับปรุงระบบการโต้แย้งการประเมินภาษี โดยการยกเลิกขั้นตอนการคัดค้านการประเมิน รวมทั้งกำหนดกรอบระยะเวลาในการพิจารณาอุทธรณ์ เพื่อให้เกิดความรวดเร็วในการหาข้อยุติทางภาษี ซึ่งเป็นไปในแนวทางเดียวกับวิธีการยุติข้อพิพาททางภาษีของกรมสรรพากรและกรมศุลกากร 12. เพิ่มบทบัญญัติเกี่ยวกับการยกเว้นหรือคืนภาษีสำหรับสินค้าที่นำไปใช้เป็นวัตถุดิบหรือส่วนประกอบในการผลิตสินค้าอื่นเพื่อส่งออกนอกราชอาณาจักร เพื่อเป็นการส่งเสริมการแข่งขันของผู้ประกอบอุตสาหกรรม 13. เพิ่มบทบัญญัติให้ไม่ต้องนำตัวผู้ต้องหาไปยังที่ทำการของพนักงานสอบสวน เพื่อเป็นการลดขั้นตอนและระยะเวลาในการควบคุมตัวผู้ต้องหา
14. เพิ่มบทบัญญัติในการกำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการนำเข้าสินค้า สุรา ยาสูบ และไพ่ เพื่อการควบคุมการบริหารการจัดเก็บภาษีให้มีประสิทธิภาพเพิ่มมากขึ้น 15. ยกเลิกบทบัญญัติเกี่ยวกับสิทธิประโยชน์ของยาสูบพันธุ์พื้นเมืองเพื่อสร้างความเป็นธรรมในการจัดเก็บภาษี 16. กำหนดลักษณะและจัดหมวดหมู่สินค้าและบริการที่ต้องเสียภาษีให้สอดคล้องกับวัตถุประสงค์ของการจัดเก็บภาษี 17. แก้ไขเพิ่มเติมความหมายของลักษณะสินค้าและบริการ ให้ครบถ้วนและชัดเจนขึ้น
18. ปรับอัตราค่าธรรมเนียมและอัตราภาษี ให้สอดคล้องกับสภาวการณ์ในปัจจุบันและการเปลี่ยนแปลงวิธีการเสียภาษี รวมทั้งการเปลี่ยนฐานในการคำนวณภาษี 19. แก้ไขเพิ่มเติมบทบัญญัติเกี่ยวกับบทกำหนดลงโทษ ให้สอดคล้องกับรูปแบบของการจัดทำร่างประมวลกฎหมาย โดยเฉพาะการเพิ่มอัตราโทษปรับ ให้สอดคล้องกับค่าเงินในปัจจุบัน 20. เพิ่มอำนาจรัฐมนตรีในการกำหนดให้มีการเชื่อมโยงประเภทสินค้าตามประมวลกฎหมายภาษีสรรพสามิตกับพิกัดอัตราศุลกากร เพื่อรองรับการเข้าสู่ประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน