ปัจจัยเสี่ยงที่ควรจับตามอง คือ ถ้าหากฝนไม่ตกตามที่คาดการณ์ไว้ในช่วงสิงหาคมถึงกันยายน จะส่งผลให้ภาคการเกษตรได้รับผลกระทบอย่างหนัก มีความเสี่ยงที่การขยายตัวของเศรษฐกิจจะปรับลดลงราว 0.4% ทั้งนี้ทั่วโลกก็ได้รับผลกระทบจาก El Nino เช่นกัน ซึ่งจะส่งผลดีต่อราคาข้าวที่จะมีโอกาสปรับตัวสูงขึ้นเล็กน้อย
จากข้อมูลกรมอุตุนิยมวิทยา เมื่อวันที่ 15 มิ.ย.58 มีความน่าจะเป็นมากกว่า 90% ที่จะเกิดปรากฏการณ์ El Nino ตลอดทั้งปี 58 และมากกว่า 85% ที่จะเกิดต่อเนื่องถึงฤดูหนาวปี 59 ซึ่งสถานการณ์ที่ปริมาณฝนจะไม่เพิ่มขึ้นตามช่วงเวลาที่คาดการณ์ไว้นั้น มีความเป็นไปได้ค่อนข้างสูงที่จะเกิดขึ้นได้ ส่งผลให้ผลผลิตพืชชนิดอื่นๆ นอกเหนือจากข้าวนาปี มีความเสี่ยงที่จะปรับตัวลดลงตามไปด้วย เนื่องจากพื้นที่เพาะปลูกพืชต่างๆ จะได้รับผลกระทบเพิ่มขึ้น เช่น ข้าวนาปรัง อ้อยและมันสำปะหลัง เป็นต้น เนื่องจากในช่วงสิ้นปีข้าวนาปรังจะถึงฤดูกาลเพาะปลูก มีความเสี่ยงที่พื้นที่เพาะปลูกจะเสียหาย
ส่วนอ้อยและมันสำปะหลังที่มีการเพาะปลูกไปแล้ว มีความเสี่ยงที่ผลผลิตต่อไร่(Yield) จะปรับลดลง เนื่องจากปริมาณฝนไม่เพียงพอ โดยสถานการณ์นี้จะคล้ายคลึงกับวิกฤตภัยแล้งที่เคยเกิดขึ้นในช่วงปี 48 ที่ปริมาณฝนตกน้อยกว่าค่าปกตินานจนถึงสิ้นปี ซึ่งเป็นปีที่ปัญหาภัยแล้งมีความรุนแรงที่สุดในรอบ 10 ปี จากการประเมินผลผลิตสินค้าเกษตรที่เสียหายของสำนักงานเศรษฐกิจการเกษตรในช่วงเวลาดังกล่าว คิดมูลค่าความเสียหายผลผลิตสินค้าเกษตรที่ได้รับผลกระทบอยู่ที่ราว 16,000 ล้านบาท อีไอซีมองว่าหากสถานการณ์ดังกล่าวเกิดขึ้นจริงในปี 58 ผลกระทบที่ตามมาจะรุนแรงยิ่งกว่าสถานการณ์ที่เกิดในช่วงปี 48
หากเกิดฝนตกทิ้งช่วงต่อเนื่อง พื้นที่ที่ชะลอการปลูกข้าวนาปีในแถบลุ่มน้ำเจ้าพระยา-ท่าจีน และพื้นที่เพาะปลูกข้าวนาปีในภาคตะวันออกเฉียงเหนือเป็นอีกหนึ่งพื้นที่ที่ควรจับตามองเป็นพิเศษ เนื่องจากพื้นที่ที่ชะลอการปลูกข้าวนาปีมีความเสี่ยงจะเสียหายอีกราว 3.45 ล้านไร่ หากฝนไม่ตกตามช่วงที่คาดการณ์ไว้ ซึ่งจะส่งผลให้เกิดการสูญเสียรายได้ของเกษตรกรที่ชะลอการปลูกข้าวนาปีคิดมูลค่าความเสี่ยงที่จะเสียหายราว 16,500 ล้านบาท อีกทั้งพื้นเพาะปลูกข้าวนาปีในภาคตะวันออกเฉียงเหนืออยู่นอกเขตชลประทานมากถึงราว 75% ของพื้นที่เพาะปลูกข้าวนาปีและส่วนใหญ่ทำการเพาะปลูกไปแล้ว ประเมินผลผลิตข้าวของภาคตะวันออกเฉียงเหนือที่ทำการเพาะปลูกนอกเขตชลประทานอยู่ที่ราว 90,000 ล้านบาท หรือคิดเป็นผลผลิตข้าวราว 8.6 ล้านตัน (ราว 1 ใน 3 ของผลผลิตข้าวทั้งประเทศ) ซึ่งหากพื้นที่ประสบภัยขยายวงกว้างกระทบพื้นที่เพาะปลูกภาคตะวันออกเฉียงเหนือทั้งหมด จะส่งผลกระทบต่อการขยายตัวของเศรษฐกิจไทยให้มีการปรับตัวลดลงด้วย
"อิทธิพลของ El Nino ก็ส่งผลกระทบต่อสภาพภูมิอากาศของประเทศคู่แข่งหลักด้านธุรกิจเกษตร ซึ่งส่งผลบวกต่อราคาสินค้าเกษตรไทย ผลมาจากอิทธิพล El Nino ที่กำลังเกิดขึ้นไม่ได้ส่งผลกระทบเพียงแค่ประเทศไทยเท่านั้น แต่ยังส่งผลกระทบกระจายตัวไปทั่วโลก ซึ่งครอบคลุมประเทศผู้ผลิตสินค้าเกษตรหลักอื่นๆ ด้วย เช่น อินเดีย (ข้าว) ฟิลิปปินส์ (ข้าว) ออสเตรเลีย (น้ำตาล) และบราซิล (น้ำตาล) เป็นต้น ดังนั้น ทำให้ปริมาณผลผลิตข้าวของประเทศผู้ผลิตหลักอื่นๆ คาดว่าจะปรับตัวลดลง ส่งผลให้เกิดแรงกดดันต่อปริมาณอุปทานข้าวให้ออกสู่ตลาดโลกน้อยลง และเป็นปัจจัยหนุนให้ราคาของข้าวในตลาดโลกมีโอกาสที่จะปรับตัวดีขึ้นจากช่วงที่ผ่านมา แต่เนื่องจากปริมาณสต็อกข้าวในตลาดโลกยังอยู่ในระดับสูง อาจจะส่งผลให้ราคาข้าวปรับตัวขึ้นเพียงเล็กน้อย" เอกสารเผยแพร่ระบุ
ศูนย์วิจัยเศรษฐกิจและธุรกิจฯ มองว่า ผลผลิตข้าวนาปีที่ลดลงจะส่งผลให้เกษตรกรข้าวนาปีและผู้ประกอบสินค้าเกษตรที่เกี่ยวข้อง เช่น ปุ๋ย ยากำจัดศัตรูพืช และอุปกรณ์ทางการเกษตรต่างๆ มีรายได้ลดลงตาม อย่างไรก็ดี ผลกระทบดังกล่าวน่าจะมีไม่มากนัก หากฝนตกตามช่วงเวลาที่คาดการณ์ไว้ ผลผลิตข้าวนาปีอาจเสียหายเล็กน้อยเพียง 1-2% ของผลผลิตข้าวทั้งประเทศ แต่ถ้าฝนไม่ตกตามที่คาดการณ์ไว้ จะส่งผลกระทบค่อนข้างรุนแรงต่อภาคการเกษตร เนื่องจากผลผลิตทางการเกษตรจะลดน้อยลงมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งข้าวนาปีที่มีความเสี่ยงจะเสียหายมากกว่า 30% ของผลผลิตข้าวทั้งประเทศ ส่งแรงกดดันให้การขยายตัวทางเศรษฐกิจไทยมีความเสี่ยงที่จะปรับตัวลดลงราว 0.4%
ทั้งนี้ เห็นว่าผู้ประกอบการธุรกิจที่เกี่ยวข้องกับการเกษตร ควรเตรียมพร้อมและวางแผนรับมือกับสถานการณ์ที่มีโอกาสเกิดขึ้นได้ไว้ล่วงหน้าอยู่เสมอ พืชบางชนิด เช่น ข้าว ราคาอาจปรับตัวสูงขึ้นจากผลผลิตในประเทศที่ลดลง ซึ่งจะกระทบต่อธุรกิจที่ต้องใช้ข้าวเป็นวัตถุดิบ เนื่องจากต้นทุนจะเพิ่มขึ้นตาม หากผู้ประกอบการที่ไม่สามารถปรับราคาสินค้าให้สอดคล้องกับการเพิ่มขึ้นของต้นทุน จะส่งผลให้อัตราการทำกำไรของผู้ประกอบการลดลงได้
ดังนั้น แผนการลดต้นทุนการผลิต การเพิ่มประสิทธิภาพการผลิต การลดความสูญเสียวัตถุดิบในระหว่างการผลิต รวมถึงการมองหาแหล่งนำเข้าวัตถุดิบใหม่จากต่างประเทศเป็นแผนการที่ควรจัดเตรียมให้พร้อมอยู่เสมอ อย่างไรก็ดี ผู้ประกอบที่เกี่ยวข้องกับการส่งออกสินค้าเกษตรควรมีกลยุทธ์ที่ดีในการบริหารสินค้าคงเหลือ เนื่องจากอาจมีสัญญาณบวกเกิดขึ้นกับประเทศไทยได้เสมอ และเมื่อจังหวะที่เหมาะสมมาถึงจะช่วยสร้างโอกาสให้ผู้ประกอบการสามารถทำกำไรเพิ่มขึ้นได้จากช่วงที่ผ่านมา