สำหรับปัจจัยลบที่ส่งผลต่อทิศทางการส่งออกสินค้าประมงไทยในปี 58 นี้ มาจากการตัดสิทธิพิเศษทางภาษีศุลกากร(GSP) จากสหภาพยุโรปในสินค้าประมงสดเมื่อต้นปี 58 ส่งผลให้ช่วง 5 เดือนแรกของปีนี้การส่งออกสินค้าประมงสดไปยังตลาดสหภาพยุโรปหดตัวร้อยละ 50 (YoY) โดยเป็นการหดตัวในทุกตลาดหลักทั้งตลาดสหรัฐฯ สหภาพยุโรป ญี่ปุ่น และอาเซียน และโดยเฉพาะตลาดสหภาพยุโรปหดตัวมากที่สุดถึงร้อยละ 32 (YoY)
นอกจากนี้ การส่งออกสินค้าประมงยังคงต้องเผชิญปัญหาเรื่องแรงงานจากกรณี Tier 3 และ IUU ที่แม้ว่าจะยังไม่มีมาตรการตอบโต้ แต่ก็ส่งผลต่อภาพลักษณ์สินค้าประมงไทย อีกทั้งเรื่องของการขาดแคลนวัตถุดิบโดยเฉพาะจากกรณีที่ทางการอินโดนีเซียปิดน่านน้ำ รวมถึงการสูญเสียตลาดส่งออกสินค้าประมงไปให้คู่แข่ง เช่น อินเดีย อินโดนีเซีย เวียดนาม และเอกวาดอร์ ในช่วง 2 ปีที่ผ่านมาที่ไทยเผชิญปัญหาโรคกุ้งตายด่วน(EMS)
จากปัจจัยที่ส่งผลกระทบต่อการส่งออกของสินค้าประมงไทยทั้งในเรื่องสิทธิพิเศษทางภาษี ท่ามกลางคู่แข่งที่ยังมีข้อได้เปรียบจากสิทธิ์พิเศษทางภาษี การขาดแคลนวัตถุดิบ การสูญเสียตลาด และประเด็นเรื่องภาพลักษณ์ของสินค้าประมงไทย ล้วนแล้วแต่เป็นปัจจัยลบที่จะส่งผลกระทบต่อการส่งออกสินค้าประมงของไทยในปี 58 ทั้งนี้ ภายใต้เงื่อนไขที่สถานการณ์ Tier-3 ไม่เลวร้ายลงกว่าในปัจจุบัน และสหภาพยุโรปไม่ปรับสถานะประมง (IUU Fishing) ของไทยให้ต่ำกว่าใบเหลืองในการทบทวนสถานะของประมงไทยในเดือนตุลาคมนี้
ทั้งนี้ หากมองไปในระยะข้างหน้า ปัจจัยการขาดแคลนวัตถุดิบกุ้งจะเป็นปัจจัยภายในที่คาดว่าจะมีแนวโน้มปรับตัวดีขึ้น เนื่องจากเกษตรกรผู้ผลิตกุ้งสามารถควบคุมโรค EMS ได้แล้วและทยอยกลับมาผลิตกุ้งออกสู่ตลาด อย่างไรก็ตาม เมื่อผลผลิตกุ้งสามารถฟื้นตัวได้แล้วก็ยังมีความท้าทายจากการแข่งขันเพื่อช่วงชิงตลาดส่งออกกุ้งที่สูญเสียไป โดยการส่งออกอาจจะต้องเน้นไปที่การแข่งขันด้านคุณภาพของสินค้ามากกว่าด้านราคา
ส่วนปัจจัยภายนอกทั้งจากเรื่อง Tier 3 และ IUU ยังคงเป็นประเด็นสำคัญที่ต้องติดตาม เนื่องจากจะมีผลกระทบต่อภาพลักษณ์สินค้าประมงไทยซึ่งหากปล่อยไว้ในระยะยาวคงไม่เป็นผลดี นอกจากนี้ปัจจัยเรื่องการตัดสิทธิ GSP และการปิดน่านน้ำของอินโดนีเซียเป็นปัจจัยที่อยู่นอกเหนือการควบคุม ซึ่งการแก้ปัญหาเฉพาะหน้าอาจทำได้โดยการหาตลาดส่งออกใหม่ที่มีศักยภาพ เช่น ตลาดแอฟริกา หรือการนำเข้าวัตถุดิบเพื่อป้อนให้โรงงานแปรรูปอาหารทะเล เป็นต้น