ทั้งนี้ มาตรการต่างๆ ที่ พพ.จะใช้ส่งเสริมเชื้อเพลิงชีวภาพ ได้แก่ ศึกษาและเตรียมความพร้อมในการส่งเสริมให้มีการเพิ่มสัดส่วนไบโอดีเซลมากกว่า B7 ในภาคบังคับ หรือส่งเสริมให้มีการจำหน่ายไบโอดีเซลสัดส่วนสูงขึ้น เช่น B20 เป็นทางเลือก เป็นต้น ด้านเอทานอล จะยังส่งเสริมให้เป็นเชื้อเพลิงที่มีหลายส่วนผสมให้เลือกในกลุ่มที่เป็นแก๊สโซฮอล์ ตั้งแต่ E10 ไปจนถึง E85 โดยปัจจุบันแก๊สโซฮอล์ E10 มีการใช้งานรวมกันประมาณร้อยละ 75 ของน้ำมันเชื้อเพลิงในกลุ่มเบนซินทั้งหมด ในขณะที่แก๊สโซฮอล์ E20 และ E85 มีสัดส่วนการใช้รวมกันประมาณ 20%
พพ.ได้วางเป้าหมายการส่งเสริมเชื้อเพลิงชีวภาพ ไว้ในแผนการพัฒนาพลังงานทดแทนและพลังงานทางเลือก (AEDP) โดยเป้าหมายการใช้ไบโอดีเซล 7.2 ล้านลิตรต่อวัน ซึ่งถ้าคิดเป็นสัดส่วนของการใช้น้ำมันดีเซลจะประมาณร้อยละ 10 ของปริมาณการใช้งานภายในปี 2564 และเอทานอลเท่ากับ 9 ล้านลิตรต่อวัน ภายในปี 2564 เช่นกัน ซึ่งจะต้องมีแก๊สโซฮอล์ E20 เป็นผลิตภัณฑ์หลักที่ใช้งานมากที่สุด และมี E85 เป็นผลิตภัณฑ์ที่ใช้งานมากลำดับรองลงไป โดย พพ. จะดำเนินการสร้างการยอมรับทั้งผู้ผลิตรถยนต์และผู้บริโภค การจูงใจให้เกิดการผลิตการใช้งานมากขึ้น และการพัฒนาเทคโนโลยีให้เชื้อเพลิงชีวภาพมีคุณภาพสูง และลดต้นทุนการผลิตเพื่อให้แข่งขันได้มากยิ่งขึ้นควบคู่ไป
นอกจากนี้ ในอนาคตคาดว่าประเทศไทยจะมีเชื้อเพลิงชีวภาพรุ่นใหม่เพื่อทดแทนน้ำมันจากฟอสซิล ซึ่งปัจจุบันอยู่ในขั้นวิจัยและพัฒนา เช่น เอทานอลจากวัสดุเซลลูโลส เช่น ข้าวฟางหวานฟางข้าว หญ้า และวัสดุเหลือทิ้งทางการเกษตรอื่นๆ ไบโอดีเซลจากสาหร่าย เชื้อเพลิงจากขยะพลาสติกหรือน้ำมันเก่าด้วยกระบวนการไพโรไลซิส เชื้อเพลิง ดีเซลจากกระบวนการแตกตัวโดยใช้ไฮโดรเจน เป็นต้น ซึ่งคาดจะได้รับการพัฒนาไปตลอดช่วงเวลาของแผน AEDP เพื่อนำมาสู่การผลิตจริงเชิงพาณิชย์ให้ได้ในอนาคตและเพื่อส่งเสริมและผลักดันให้ประเทศไทยเป็นศูนย์กลางของการพัฒนาเชื้อเพลิงชีวภาพของภูมิภาคอาเซียนต่อไป