ผลการตรวจสอบปรากฏว่า อคส.ได้ทำสัญญาแต่งตั้งตัวแทนจำหน่าย จำนวน 6 บริษัท โดยสัญญาไม่ได้ระบุให้บริษัทตัวแทนจำหน่ายต้องจำหน่ายข้าวสารให้แก่ประชาชนในราคาตามโครงการ 70 บาท อีกทั้งไม่มีข้อกำหนดในการตรวจสอบติดตามการดำเนินการจำหน่ายข้าวสารบรรจุถุงว่าเป็นไปตามวัตถุประสงค์ของโครงการ รวมทั้งไม่มีสภาพบังคับแก่บุคคลที่สามที่ซื้อข้าวไปจากบริษัทตัวแทนจำหน่าย
เมื่อสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน เข้าตรวจสอบเชิงลึกก็พบพฤติการณ์ของบริษัทตัวแทนจำหน่ายเข้าข่ายกระทำความผิดดังนี้ 1.บริษัทตัวแทนจำหน่ายเพียงบริษัทเดียวเท่านั้นที่ดำเนินธุรกิจค้าขายข้าว ส่วนอีก 5 บริษัท ไม่เคยดำเนินธุรกิจเป็นตัวแทนค้าขายข้าวมาก่อน ดำเนินธุรกิจอื่น และบางบริษัทเป็นเครือญาติกัน 2.มีพยานบุคคลระบุว่าหลายบริษัทไม่มีประสบการณ์ในการจำหน่ายข้าว แต่เข้ามาทำสัญญาตัวแทนเนื่องจากรู้จักกันโยงใยเป็นเครือข่าย
3.ข้อมูลเส้นทางการเงิน การสั่งซื้อแคชเชียร์เช็คเพื่อชำระค่าข้าวสารบรรจุถุงให้กับ อคส.พบว่าผู้ซื้อแคชเชียร์เช็คของบริษัทตัวแทนจำหน่ายทั้ง 6 ราย เป็นบุคคลเดียวกัน 4.พบพฤติกรรมของบริษัทตัวแทนจำหน่ายนำข้าวไปจำหน่ายต่อให้กับบริษัทผู้ค้าข้าวรายอื่นในราคาถุงละ 72-75 บาท มิได้จำหน่ายให้ประชาชนตามโครงการฯ ในราคา 70 บาท
ในที่ประชุมคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน (คตง.) มีความเห็นว่าการดำเนินการดังกล่าวถือว่าไม่เป็นไปตามเจตนารมณ์ของคณะกรรมการนโยบายข้าวแห่งชาติ(กขช.) เพราะไม่มีการกระจายข้าวสารบรรจุถุงไปสู่ประชาชนในราคาถูกอย่างแท้จริง และหากประมาณการมูลค่าความเสียหาย จากผลต่างส่วนลดราคาที่รัฐบาลจำหน่ายข้าวสารให้แก่ อคส. ในราคาร้อยละ 50 ของราคาตลาด ปริมาณข้าวสาร รวม 100.70 ล้านถุง หรือ 503,518 ตัน เป็นมูลค่าความเสียหายจำนวนเงิน 3,830,324,750 บาท เป็นกรณีความผิดเกี่ยวกับการอนุมัติและลงนามในสัญญาที่ไม่มีข้อกำหนดในเรื่องการบังคับ ควบคุม ตรวจสอบ และติดตามให้ตัวแทนจำหน่ายดำเนินการให้เป็นไปตามนโยบาย และวัตถุประสงค์ที่แท้จริงของโครงการทำให้เกิดความเสียหายต่อรัฐต้องดำเนินการทางละเมิดกับเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้อง
สำหรับบริษัทตัวแทนจำหน่ายทั้ง 6 บริษัท มีพฤติการณ์ร่วมกันกระทำการเพื่อให้ได้ผลประโยชน์จากรัฐโดยหลีกเลี่ยงการแข่งขันราคาอย่างเป็นธรรม ตามมาตรา 4 แห่งพระราชบัญญัติว่าด้วยความผิดเกี่ยวกับการเสนอราคาต่อหน่วยงานของรัฐ พ.ศ.2542
ทั้งนี้ สตง.ได้ส่งเรื่องดังกล่าวให้ ปปช.และหน่วยงานราชการที่เกี่ยวข้องดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ต่อไปแล้ว