วัตถุประสงค์เพื่อเพิ่มพื้นที่และปริมาณการผลิตเกษตรอินทรีย์ เพิ่มมูลค่าของผลิตผล ผลิตภัณฑ์ สินค้าและบริการด้านเกษตรอินทรีย์ เพิ่มการค้าและการบริโภคสินค้าเกษตรอินทรีย์ในประเทศ รวมทั้งให้มาตรฐานและระบบการรับรองสินค้าเกษตรอินทรีย์ของไทยเป็นที่ยอมรับของผู้บริโภคทั้งในและต่างประเทศไปสู่การเป็นศูนย์กลาง (Hub) ของสินค้าและบริการด้านเกษตรอินทรีย์ในระดับสากล โดยได้เผยแพร่รายละเอียดทั้ง 4 ยุทธศาสตร์และกลยุทธ์แต่ละด้านไปแล้วนั้น
สำหรับแต่ละยุทธศาสตร์ จะมีแผนงานโครงการของหน่วยงานต่างๆ มาบูรณาการเป็นแผนปฏิบัติการพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติ เพื่อขับเคลื่อนสู่การปฏิบัติต่อไป โดยมีโครงการต่างๆ ที่น่าสนใจ ดังนี้
ยุทธศาสตร์ที่ 1 ส่งเสริม สนับสนุนการวิจัย พัฒนาและเผยแพร่องค์ความรู้ และนวัตกรรมเกษตรอินทรีย์ ประกอบด้วย โครงการวิจัยเชิงปฏิบัติการเพื่อเสริมสร้างประสิทธิภาพการผลิตผักอินทรีย์โครงการหลวง เน้นการเพิ่มประสิทธิภาพการปลูกผักอินทรีย์ในพื้นที่โครงการหลวงโดยปรับปรุง/คัดเลือกพันธุ์เพื่อผลิตเมล็ดพันธุ์ผักอินทรีย์ 3 ชนิด (ผักกาดหวาน ถั่วแขก และมะเขือเทศ) ของสถาบันวิจัยและพัฒนาพื้นที่สูง ซึ่งเน้นธุรกิจนวัตกรรมเกษตรอินทรีย์ และโครงการพัฒนาป่าชุมชนให้เป็นแหล่งผลิต Organic products แบบธรรมชาติ โดยผลิตเห็ดพื้นบ้าน/ผักพื้นบ้านเพื่อสร้างฐานอาหารและเศรษฐกิจในชุมชนอย่างยั่งยืน รวมทั้งโครงการเสริมสร้างองค์ความรู้เกษตรอินทรีย์ของศูนย์เครือข่ายปราชญ์ชาวบ้าน
ยุทธศาสตร์ที่ 2 การพัฒนาการผลิตเกษตรอินทรีย์ โดยการถ่ายทอดความรู้ในการผลิตเกษตรอินทรีย์ การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐาน ได้แก่ โครงการพัฒนาประมงอินทรีย์ โดยอบรมการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำอินทรีย์แก่เกษตรกร สนับสนุนฟาร์มสาธิตสัตว์น้ำอินทรีย์ และเตรียมฟาร์มเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเข้าสู่มาตรฐานเกษตรอินทรีย์โดยกรมประมง โครงการพัฒนาการเกษตรตามแนวทฤษฎีใหม่โดยยึดหลักปรัชญาเศรษฐกิจพอเพียง ฝึกอบรมด้านเกษตรอินทรีย์แก่เกษตรกรโดยปราชญ์ชาวบ้าน โครงการสนับสนุนการถ่ายทอดเทคโนโลยีและการเรียนรู้การปลูกผักอินทรีย์ และโครงการพัฒนาและสร้างมูลค่าเพิ่มเกษตรอินทรีย์แปรรูป โดยการพัฒนาสถานที่ผลิตให้ได้มาตรฐาน เชื่อมโยงงานวิจัยสู่การผลิตเชิงพาณิชย์ และทดสอบผลิตภัณฑ์ให้สอดคล้องกับตลาดสากล รวมทั้งโครงการถ่ายทอดปุ๋ยอินทรีย์สู่ชุมชน เป็นต้น
ยุทธศาสตร์ที่ 3 การพัฒนาและส่งเสริมการตลาด สินค้าและบริการเกษตรอินทรีย์ โดยผลักดันมาตรฐานและระบบการตรวจสอบรับรอง การสร้างมูลค่าเพิ่ม ได้แก่ โครงการตลาดสินค้าเกษตรกร ซึ่งมีการจำหน่ายสินค้าคุณภาพ เช่น ผลไม้ตามฤดูกาล สินค้าเกษตรแปรรูป โครงการสนับสนุนการปลูกผักอินทรีย์ เน้นการปรับปรุงคุณภาพผักอินทรีย์ในมูลนิธิโครงการหลวง
ยุทธศาสตร์ที่ 4 การบริหารจัดการและการขับเคลื่อนเกษตรอินทรีย์ จะเป็นการสนับสนุนการดำเนินงานของคณะกรรมการ/คณะอนุกรรมการ /คณะทำงานการพัฒนาเกษตรอินทรีย์ในระดับต่างๆ โดยเฉพาะในระดับจังหวัด เพื่อให้มีการจัดการแบบบูรณาการด้านข้อมูล องค์ความรู้ การผลิตและการตลาดเกษตรอินทรีย์ในระดับจังหวัด โดยมีโครงการบูรณาการขับเคลื่อน วิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและนวัตกรรม สาขาเกษตรและอาหารอินทรีย์ ร่วมกับมหาวิทยาลัยแม่โจ้และเครือข่าย
ทั้งนี้ ในระยะต่อไปจะยังมีโครงการอื่นๆ เพิ่มเติม ซึ่งอยู่ระหว่างศึกษารายละเอียดโดยหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เพื่อเป็นการรองรับยุทธศาสตร์การพัฒนาเกษตรอินทรีย์แห่งชาติ พ.ศ.2559-2564 ต่อไป