สำหรับสิทธิประโยชน์ทั้งในเรื่องภาษีและอื่นๆ ที่ซุปเปอร์คลัสเตอร์จะได้รับ ได้แก่ ยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล 8 ปีและลดหย่อน 50% เพิ่มเติมอีก 5 ปี, สำหรับกิจการเพื่ออนาคตที่มีความสำคัญสูง กระทรวงการคลังจะพิจารณายกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคลสูงสุด 10-15 ปี, ยกเว้นอากรขาเข้าเครื่องจักร, ยกเว้นภาษีเงินได้บุคคลธรรมดาสำหรับผู้เชี่ยวชาญชั้นนำระดับนานาชาติที่งานในพื้นที่ที่กำหนด ทั้งคนไทยและต่างชาติ, พิจารณาให้ถิ่นที่อยู่ถาวร(Permanent Residence) สำหรับผู้เชี่ยวชาญชั้นนำระดับนานาชาติ, อนุญาตให้ต่างชาติถือกรรมิสทธิ์ที่ดินเพื่อประกอบกิจการที่ได้รับการส่งเสริม
ขณะที่คลัสเตอร์อื่นๆ จะได้รับสิทธิประโยชน์ในเรื่องการยกเว้นภาษีเงินได้นิติบุคคล 3-8 ปี และลดหย่อน 50% เพิ่มเติมอีก 5 ปี, ยกเว้นอาการขาเข้าเครื่องจักร, พิจารณาให้ถิ่นที่อยู่ถาวร(Permanent Residence) สำหรับผู้เชี่ยวชาญชั้นนำระดับนานาชาติ, อนุญาตให้ต่างชาติถือกรรมิสทธิ์ที่ดินเพื่อประกอบกิจการที่ได้รับการส่งเสริม
ทั้งนี้ กำหนดเงื่อนไขให้ผู้ประกอบการที่จะขอรับสิทธิประโยชน์คลัสเตอร์ต้องมีความร่วมมือกับสถาบันการศึกษา/สถาบันวิจัย/Center of Excellence ที่อยู่ในคลัสเตอร์ เพื่อพัฒนาบุคลากรและยกระดับเทคโนโลยี เช่น ความร่วมมือในโครงการ Talent Mobility/Work-integrade Learning/สหกิจศึกษา/ทวิภาคี และต้องยื่นขอรับการส่งเสริมภายในสิ้นปี 2559 และต้องเริ่มดำเนินการภายในสิ้นปี 2560 เพื่อเร่งรัดให้เกิดการลงทุนโดยเร็ว แต่ในกรณีที่มีความจำเป็น เช่น เป็นโครงการลงทุนขนาดใหญ่ให้สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน(บีโอไอ)พิจารณาผ่อนปรนตามความเหมาะสมได้
สำหรับซุปเปอร์คลัสเตอร์ 6 กลุ่ม ประกอบด้วย ยานยนต์และชิ้นส่วน, เครื่องใมช้ไฟฟ้า อิเล็กทรอนิกส์ และอุปกรณ์โทรคมนาคม, ปิโตรเคมีและเคมีภัณฑ์ที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม, ดิจิทัล และ Food Innopolis โดยกำหนดพื้นที่ลงทุนเป้าหมาย 9 จังหวัด คือ พระนครศรีอยุธยา, ปทุมธานี, ชลบุรี, ระยอง, ฉะเชิงเทรา, ปราจีนบุรี, นครราชสีมา, เชียงใหม่ และภูเก็ต