สำหรับปัญหาและอุปสรรคของโครงการนี้คือ กระทรวงคมนาคมได้รับงบประมาณมา 304 ล้านบาทตั้งแต่ปี 2549 ซึ่งอยู่นอกเหนืองบ 1,900 ล้านบาท โดยได้นำเงินจำนวน 304 ล้านบาทไปดำเนินการทางด้านวิศวกรรม เศรษฐศาสตร์ สิ่งแวดล้อม การศึกษาผลกระทบ สำรวจออกแบบวิศวกรรม สถาปัตย์ รวมทั้งจัดหาที่ดิน 920 ไร่ ซึ่งตอนนี้อุปสรรคคือยังจัดหาที่ดินได้ไม่ครบ 920 ไร่ ยังขาดอยู่ประมาณ 14 ไร่กว่าๆ ซึ่งเป็นของประชาชนจำนวน 19 ราย ยังอยู่ระหว่างเจรจาและคาดว่าจะสามารถเจรจาได้
อย่างไรก็ตาม ด้านผลตอบแทนทางการเงินมูลค่าปัจจุบันสุทธิ (NPV) อาจจะน้อย แต่ถ้าดูความเหมาะสมในมิติของการขยายตัวทางเศรษฐกิจหรือมิติของความมั่นคงถือว่าทาอากศยานเบตงมีความจำเป็นอย่างมาก
"วันนี้คณะรัฐมนตรี มีมติเห็นชอบให้ดำเนินโครงการนี้ แต่ขอให้รับความคิดของหน่วยที่เกี่ยวข้องไปพิจารณาประกอบด้วย คือ 1.ให้คำนึงถึงความเหมาะสมของขนาดพื้นที่และการสร้างอาคารที่พักผู้โดยสารให้สอดคล้องปริมาณการจราจรที่จะมาใช้บริการจริงๆ 2.ดูรายละเอียดการย้ายถิ่นฐานของนกในพื้นที่ แม้ว่าจะผ่านด้าน EIA มาแล้ว แต่ก็เป็นความห่วงใยของที่ประชุม ครม." พล.ต.สรรเสริญ กล่าว