อย่างไรก็ดี สภาวะน้ำมันตกต่ำในปัจจุบัน ถือว่าเป็นความท้าทายอย่างหนึ่งที่ส่งผลต่ออุตสาหกรรมเอทานอลของไทย เนื่องจากราคาอ้างอิงเอทานอลปัจจุบันยังมีส่วนต่างของราคาที่แพงกว่าราคาน้ำมันเบนซิน ออกเทน 95 ณ โรงกลั่น อยู่ที่ราวลิตรละ 12 บาท นอกจากนี้ ยังมีความท้าทายในเรื่องของการเพิ่มผลผลิตวัตถุดิบให้เพียงพอต่อความต้องการที่มีแนวโน้มจะปรับตัวเพิ่มขึ้นในอนาคต โดยอุตสาหกรรมนี้ยังต้องการความร่วมมือกันจากทุกฝ่ายในการที่จะพัฒนาศักยภาพ เพื่อให้สามารถตอบโจทย์การพัฒนาของประเทศได้ในอนาคต
แต่สำหรับไทยโดยรวมถือว่าได้ประโยชน์จากการสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับผลผลิตทางการเกษตรในประเทศทดแทนการนำเข้าน้ำมันดิบจากต่างประเทศ ในช่วงหนึ่งปีที่ผ่านมา ราคาน้ำมันดิบปรับตัวลดลงกว่าครึ่ง ทำให้ราคาน้ำมันเบนซินออกเทน 95 (ULG 95) ณ โรงกลั่น ปรับตัวไปอยู่ที่ราว 14 บาท/ลิตร (รูปที่ 4) ซึ่งต่ำกว่าราคาของต้นทุนการผลิตเอทานอลถึงราว 40% ส่งแรงกดดันต่อการที่จะนำเอทานอลมาผสมเป็นแก๊สโซฮอล์ในประเทศ ทางภาครัฐจึงต้องใช้เงินจากกองทุนน้ำมันมาอุดหนุนราคาให้กับแก๊สโซฮอล์ โดยเฉพาะแก๊สโซฮอล์ E20 และ E85 เพื่อจูงใจให้ผู้บริโภคหันมาใช้แก๊สโซฮอล์มากขึ้น
สำหรับไทยที่มีวัตถุดิบในการผลิตเอทานอลเป็นของตนเอง จะได้ประโยชน์จากการสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับวัตถุดิบในประเทศทดแทนการใช้น้ำมันดิบที่ต้องมีการนำเข้าเป็นส่วนใหญ่ โดยมูลค่าที่ไทยหันมาใช้เอทานอลแทนการใช้น้ำมันเบนซินจะอยู่ที่ราว 15,000 ล้านบาท/ปี จากส่วนต่างของราคาที่ประมาณ 12 บาท/ลิตร (รูปที่ 4) เมื่อเทียบราคาเอทานอลอ้างอิงกับราคาน้ำมันเบนซิน ULG 95 ณ โรงกลั่น ซึ่งทางภาครัฐต้องให้เงินอุดหนุนในบางส่วนด้วย ทั้งนี้ การหันมาเลือกใช้เอทานอลในประเทศให้มากขึ้นนั้น นอกจากจะช่วยลดการนำเข้าน้ำมันดิบจากต่างประเทศลงได้แล้ว ยังสามารถสร้างรายได้จากการส่งออกน้ำมันเบนซินได้เพิ่มขึ้น คิดเป็นมูลค่าราว 19,000 ล้านบาท/ปี (อ้างอิงจากราคาส่งออกน้ำมันเบนซินเฉลี่ยที่ราว 15 บาท/ลิตร) ซึ่งเป็นการช่วยในการเพิ่มดุลการค้าของประเทศ รวมทั้งยังเป็นการสร้างงานและสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับผลผลิตทางการเกษตรในประเทศอีกด้วย
ความท้าทายอีกประการหนึ่งคือการพัฒนาความสามารถในการผลิตวัตถุดิบให้เพียงพอต่อความต้องการที่มีแนวโน้มจะปรับตัวสูงขึ้นในอนาคต ตามแผนพัฒนาพลังงานฯ ของทางภาครัฐ ที่วางเป้าหมายให้กับทิศทางการเติบโตของอุตสาหกรรมเอทานอลในระยะยาวนั้น จะส่งผลต่อภาคการเกษตรและธุรกิจเกษตร (มันสำปะหลัง อ้อยและน้ำตาล) ซึ่งเป็นแหล่งต้นน้ำที่สำคัญของอุตสาหกรรม ให้ต้องปรับเพิ่มปริมาณผลผลิตของมันสำปะหลังและอ้อย (กากน้ำตาล) ของประเทศ เพื่อที่จะสามารถตอบโจทย์ของความต้องการใช้ที่จะมีการปรับตัวเพิ่มขึ้นตามแผนของทางภาครัฐในอนาคต โดยหากจะทำให้เป็นไปตามแผนที่ทางภาครัฐได้วางไว้ ภายใน 10 ปีข้างหน้านี้ ผู้ประกอบการและเกษตรกรชาวไร่อ้อย จะต้องมีการเพิ่มอุปทานของอ้อยจากการขยายพื้นที่เพาะปลูกอ้อยเพิ่มขึ้นอีกราว 6 ล้านไร่ จากพื้นที่เพาะปลูกปัจจุบันที่มีอยู่ราว 10 ล้านไร่ เพื่อที่จะได้มีกากน้ำตาลเหลือเพียงพอ สำหรับใช้ในการผลิตเอทานอลที่ราว 4.88 ล้านลิตร/วัน ขณะที่การเพิ่มอุปทานของมันสำปะหลังสำหรับใช้ในการผลิตเอทานอลที่ราว 2.50 ล้านลิตร/วัน ต้องมุ่งเน้นไปที่การเพิ่มประสิทธิภาพการผลิตเป็นหลัก เนื่องจากพื้นที่เพาะปลูกมันสำปะหลังของไทยในปัจจุบันถูกใช้จนเต็มศักยภาพแล้วราว 8.5 ล้านไร่ ซึ่งต้องมีการเพิ่มประสิทธิภาพการผลิตมันสำปะหลังขึ้นอีกเกือบ 2 เท่าตัว จากปัจจุบันที่ราว 3.5-3.6 ตัน/ไร่ พัฒนาเพิ่มให้ไปอยู่ที่ราว 7 ตัน/ไร่ โดย 2 ประเด็นดังกล่าว ถือว่าเป็นความท้าทายอีกหนึ่งประการที่ทุกภาคฝ่ายควรให้ความสำคัญเป็นพิเศษ อย่างไรก็ตาม การขยายตัวของอุตสาหกรรมเอทานอลจะเป็นไปตามแผนที่ทางภาครัฐได้วางเป้าหมายไว้หรือไม่นั้น อีไอซีมองว่ายังมีความเสี่ยงและยังมีประเด็นที่ผู้ประกอบการต้องเร่งพัฒนาศักยภาพให้พร้อมสำหรับการเติบโตอย่างยั่งยืนในอนาคต
อีไอซีมองว่า ปัจจุบันผู้ผลิตเอทานอลยังมีการเติบโตและสามารถทำกำไรได้ในระยะนี้ แต่เป็นการที่ขึ้นอยู่กับการสนับสนุนจากนโยบายของทางภาครัฐเป็นสำคัญ ในการที่จะผลักดันเพื่อให้มีการใช้เอทานอลในประเทศอย่างต่อเนื่อง ซึ่งมีความเสี่ยงในการปรับเปลี่ยนแผนนโยบาย เนื่องจากส่วนต่างของราคาเอทานอลที่สูงกว่าราคาน้ำมันเบนซินเกือบหนึ่งเท่าตัว ประกอบกับความผันผวนของราคาสินค้าเกษตรที่ใช้เป็นวัตถุดิบในการผลิตเอทานอล ทำให้ผู้ประกอบการต้องมีการเร่งพัฒนาศักยภาพในการลดต้นทุนอย่างต่อเนื่องในระยะต่อไป ไม่ว่าจะเป็นการพัฒนาประสิทธิภาพการผลิต หรือเป็นการพัฒนาร่วมกับผู้ผลิตวัตถุดิบในการลดต้นทุนของวัตถุดิบ เป็นต้น
ทั้งนี้ การที่จะขยายผลผลิตมันสำปะหลัง และอ้อยให้เติบโตแบบก้าวกระโดด ภายในระยะเวลา 10 ปี ถือเป็นเรื่องที่ ท้าทายมากสำหรับไทย เนื่องจากทุกภาคฝ่ายต้องมีการวางแผนและร่วมมือกันในการที่จะผลักดันให้ผลผลิตเป็นไปตามเป้าหมายที่วางไว้ ทั้งนี้ การวางแผนจัดสรรพื้นที่ทางการเกษตรที่เหมาะสม การให้ความรู้ที่ถูกต้องแก่เกษตรกรในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างการเพาะปลูก รวมไปถึงปัจจัยความเหมาะสมต่างๆ ในการเพิ่มประสิทธิภาพการผลิต ประกอบกับนโยบายสนับสนุนทางภาคการเกษตรในด้านต่างๆ ของภาครัฐ ก็จะเป็นปัจจัยหนึ่งที่สำคัญในการแก้โจทย์ปัญหาความท้าทายที่มีอยู่ในปัจจุบัน