ส่วนระดับบริหารในปัจจุบันมีคณะกรรมการพัฒนาอุตสาหกรรมแห่งชาติ(กอช.) ที่มีนายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี เป็นประธาน มีหน้าที่พิจารณากลั่นกรอง ทบทวนแผนแม่บท และแผนยุทธศาสตร์ของนโยบายการพัฒนาอุตสาหกรรมของประเทศในภาพรวม และระดับขับเคลื่อน มี 2 คณะ คือ คณะกรรมการขับเคลื่อนโยบายเขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษที่มี พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี เป็นประธานคณะกรรมการขับเคลื่อนในส่วนของยุทธศาสตร์ และคณะกรรมการขับเคลื่อนปฏิรูปด้านเศรษฐกิจ การเงิน การคลัง การลงทุน ที่มีนายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี เป็นประธาน
"เดิมคณะกรรมการชุดของ พล.อ.ประวิตร จะทำหน้าที่ในการขับเคลื่อนเขตเศรษฐกิจพิเศษด้วย ดังนั้นเพื่อให้เกิดความชัดเจนในการเร่งรัดการพัฒนาเขตเศรษฐกิจพิเศษ จึงมีการออกร่างระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี เพื่อตั้งคณะกรรมการขึ้นอีกชุด คือ คณะกรรมการบริหารการพัฒนาพื้นที่เขตพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษ(กบพ.) เพื่อทำหน้าที่กำหนดแนวทางการบริหารในเขตเศรษฐกิจพิเศษแทนคณะกรรมการชุดของ พล.อ.ประวิตร ซึ่งจะไม่ได้มารับผิดชอบเขตเศรษฐกิจพิเศษแล้ว แต่ให้ กบพ.มาทำหน้าที่แทน" โฆษกรัฐบาล กล่าว
ทั้งนี้ ครม.ได้ตั้งขัอสังเกตว่า เมื่อคณะกรรมการระดับบริหารมี 2 คณะ คือ กบพ.ที่ตั้งขึ้นใหม่ตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี และ กอช. ดังนั้นจึงขอให้มีการแบ่งงานกันให้ชัดเจนว่าชุด กอช.จะดูแลอุตสาหกรรมภาพรวมทั้งประเทศ ส่วนชุดใหม่ คือ กบพ.จะดูเฉพาะอุตสาหกรรมในเขตเศรษฐกิจพิเศษเท่านั้น ซึ่งจะช่วยให้การบริหารและการขับเคลื่อนเขตเศรษฐกิจพิเศษมีความรวดเร็วและคล่องตัวมากขึ้น