อย่างไรก็ตาม ได้พบปัญหาและอุปสรรคในการผลิตปลานิล คือ ขาดลูกพันธุ์บางช่วงฤดูกาล มีการซื้อขายผ่านพ่อค้าคนกลางหลายระดับ บางช่วงขาดวัตถุดิบ และปริมาณการส่งออกมีน้อยเมื่อเทียบกับการผลิต ดังนั้น จึงต้องเร่งปรับปรุงพันธุ์ปลานิลที่มีคุณภาพ เพื่อเพิ่มอัตรารอดและอัตราการเจริญเติบโต ส่งเสริมการรวมกลุ่มและสร้างความเชื่อมโยงระหว่างกลุ่มผู้เลี้ยงปลานิล ประสานข้อมูลเรื่องผลผลิตที่จะออกสู่ท้องตลาดในแต่ละช่วงเวลา รวมทั้งส่งเสริมการทำฟาร์ม GAP ให้ได้มาตรฐานเป็นที่ยอมรับของตลาดโลก ส่วนสถานการณ์การผลิตการค้าปลานิลในปี 2559 นั้นคาดว่าจะไม่แตกต่างจากปี 2558 มากนัก เนื่องจากมีข้อจำกัดจากผลกระทบภัยแล้งต่อเนื่อง
สำหรับการดำเนินกิจกรรมภายใต้การบริหารจัดการสินค้าปลานิล ได้มีการผลิตลูกพันธุ์ปลาคุณภาพ 1.2 ล้านตัว การแนะนำเกษตรกรด้านการลดต้นทุนการผลิต 738 ราย และจัดทำคู่มือการเพิ่มผลผลิต ทั้งนี้ ได้มอบหมายให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องรวบรวมรายชื่อโรงงานผลิตปลาร้าที่ขาดแคลนวัตถุดิบ เพื่อเป็นข้อมูลเชื่อมโยงไปยังกลุ่มผู้เลี้ยง นำไปสู่การกำหนดแผนการผลิตให้สอดคล้องกับความต้องการของตลาด พร้อมทั้งมอบหมายให้สำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ (มกอช.) พิจารณาความเป็นไปได้ในการกำหนดมาตรฐานสินค้าเกษตรปลาร้า
ขณะที่ผลผลิตกุ้งทะเลในปี 2558 มีประมาณ 2.3 แสนตัน คิดเป็นร้อยละ 12.7 ของผลผลิตโลก ซึ่งผลผลิตส่วนใหญ่ส่งออกไปยังตลาดต่างประเทศ คิดเป็นร้อยละ 80 ส่วนสถานการณ์ในปี 2559 คาดว่าจะมีผลผลิตประมาณ 300,000 ตัน หรือเพิ่มขึ้นประมาณร้อยละ 14 เนื่องจากสถานการณ์ด้านโรค EMS ดีขึ้น อย่างไรก็ตาม ได้มีการเสนอแนวทางการส่งเสริมการนำเข้าพ่อแม่พันธุ์กุ้งที่มีคุณภาพ เพื่อผลิตลูกกุ้งทนโรค การเร่งดำเนินการบริหารจัดการอุปสงค์และอุปทาน พร้อมทั้งการประชาสัมพันธ์ภาพลักษณ์ที่ดีในการผลิตกุ้งทะเลของไทย เพื่อสร้างความเชื่อมั่นให้กับประเทศคู่ค้า
ส่วนการดำเนินงานภายใต้การบริหารจัดการสินค้ากุ้งทะเลนั้น กรมประมงได้มีการผลิตหัวเชื้อจุลินทรีย์ ป.ม.1 แจกจ่ายให้กับเกษตรกรแล้ว และบริการตรวจคัดกรองโรคกุ้งทะเลที่เกิดจากเชื้อไวรัส ซึ่งพบเชื้อลดลงเหลือเพียงร้อยละ 16 จากเดิมร้อยละ 34
ทั้งนี้ กระทรวงเกษตรฯ ได้ให้ความสำคัญในการปรับปรุงพันธุ์กุ้งทะเลเพื่อเพิ่มศักยภาพการผลิตให้สูงขึ้น การสร้าง cluster ผู้เลี้ยงกุ้งทะเล เพื่อสร้างความเข้มแข็งให้กลุ่มผู้เลี้ยงกุ้งของไทย ตลอดทั้งสร้างโอกาสในการเพิ่มส่วนแบ่งทางการตลาดของกุ้งไทยในตลาดโลกด้วย