ประเด็นที่ว่า พาณิชย์ยืนยันข้าว 3.9 แสนตันไม่หายจากสต็อกนั้น เป็นข้อมูลที่นำมาจากการให้สัมภาษณ์ของปลัดกระทรวงพาณิชย์ว่า การปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวในรอบปีบัญชี 2558 ที่กระทรวงการคลังระบุว่ามีข้าวหายไปจากสต็อกของรัฐ 3.9 แสนตันนั้น ข้าวไม่ได้หาย อาจยังไม่ได้ข้อสรุปทางบัญชี เนื่องจากต้องมีการตรวจสอบตัวเลขจากหน่วยงานต่างๆ ซึ่งทางกระทรวงพาณิชย์ได้เชิญหน่วยงานที่เกี่ยวข้องมาหารือ เพื่อให้ไปตรวจสอบข้อมูลโดยรายละเอียด และจะส่งกลับไปให้คณะอนุกรรมการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวต่อไป
ซึ่งปริมาณข้าว 3.9 แสนตันที่กล่าวถึงว่าไม่ได้หาย เป็นตัวเลขที่ปรากฏในการปิดบัญชีการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวในรอบปีบัญชี 2558 โดยเป็นข้อมูลคนละส่วนกับการที่ อคส. ดำเนินการแจ้งความเรื่องข้าวหายในปี 2557 ซึ่งข้าวที่หายดังกล่าวเป็นผลมาจากการตรวจสอบของคณะผู้ตรวจจากกระทรวงต่างๆ จำนวน 100 สาย ที่ได้รับมอบหมายตรวจสอบข้าวในสต็อกของรัฐภายใต้โครงการรับจำนำข้าวในสมัยรัฐบาลที่ผ่านมาเกี่ยวกับประเด็นที่ว่า โครงการรับจำนำข้าวไม่เสียหายนั้น ประธานคณะกรรมการตรวจสอบข้อเท็จจริงความผิดทางละเมิดโครงการรับจำนำข้าวได้ชี้แจงไปแล้วว่าวิธีการผิด
โฆษกกระทรวงพาณิชย์ กล่าวต่อว่า ขณะนี้ความพยายามในการนำข้อมูล บทสัมภาษณ์ หรือตัวเลขที่เกี่ยวข้องกับสต็อกของรัฐของกระทรวงพาณิชย์ไปขยายผล เพื่อกล่าวอ้างในสื่อต่างๆ ไม่เป็นไปตามข้อเท็จจริง และสร้างความเข้าใจผิดต่อสังคม จึงจำเป็นที่ต้องออกมาชี้แจงเพื่อให้เกิดความเข้าใจที่ถูกต้อง