สำหรับแผนงานความร่วมมือด้านการเกษตร ทั้งสองฝ่ายมีเป้าหมายหลักเพื่อปรับปรุงและพัฒนาผลิตภาพทางการเกษตรให้มีประสิทธิภาพและยกระดับคุณภาพมาตรฐานของสินค้าเกษตร ซึ่งสอดคล้องกับผลการหารือร่วมกันระหว่างนายกรัฐมนตรีของทั้งสองประเทศ ในโอกาสการเดินทางเยือนประเทศไทยของนายกรัฐมนตรีกัมพูชาและการประชุมร่วมนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีอย่างไม่เป็นทางการ ไทย-กัมพูชา ครั้งที่ 2 เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม 2558 ซึ่งในเบื้องต้น ฝ่ายกัมพูชาได้เสนอจะขอรับการสนับสนุนความร่วมมือด้านเกษตรจากไทยในประเด็นสำคัญ ดังนี้ 1) การเสริมสร้างความสามารถในการผลิตด้านการเกษตร 2) การพัฒนาระบบสหกรณ์เพื่อส่งเสริมความเข้มแข็งของระบบสหกรณ์การเกษตรในประเทศกัมพูชา 3) การปรับปรุงและเสริมสร้างการผลิตและการจัดการด้านประมงและผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำ 4) ความร่วมมือด้านสุขอนามัยและสุขอนามัยพืช (SPS) เพื่ออำนวยความสะดวกให้เกิดการค้าสินค้าเกษตรที่ปลอดภัย และ 5) การพัฒนาเสริมสร้างศักยภาพของบุคลากรด้านการเกษตร
อย่างไรก็ตาม กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จะร่วมกับกระทรวงการต่างประเทศเพื่อพิจารณาปรับปรุงร่างแผนงานความร่วมมือด้านการเกษตรดังกล่าว รวมถึงกลั่นกรองและกำหนดโครงการ/กิจกรรมเป้าหมาย และกำหนดตัวชี้วัดความสำเร็จของโครงการ ให้สอดคล้องกับแผนงานและวัตถุประสงค์ที่เห็นว่าสามารถดำเนินการได้ในระยะเวลา 3 ปี และเห็นผลอย่างเป็นรูปธรรม จากนั้นจึงจะหารือกับฝ่ายกัมพูชาเพื่อออกแบบและจัดทำรายละเอียดโครงการ (Project Design) ต่อไป