หลังจากนั้นกพท.จะนำรายได้จากค่าธรรมเนียมการเข้าหรือออกนอกประเทศที่เรียกเก็บจากสายการบิน ในอัตรา 15 บาท/คน/เที่ยว ซึ่งคาดว่าจะเริ่มจัดเก็บได้ในเดือนต.ค. 59 และมีรายได้ประมาณ 1,100 ล้านบาทต่อปี อย่างไรก็ตาม กพท.ได้เสนอของบประมาณประจำปี 60 ประมาณ 700-800 ล้านบาท สำรองเผื่อไว้กรณีที่ไม่สามารจัดเก็บค่าธรรมเนียมได้ตามแผน เพื่อไม่ให้กระทบต่องบทำการประจำปี โดยประมาณการณ์ค่าใช้จ่ายปีละ 800 ล้านบาท
นอกจากนี้ กพท.จะมีการพิจารณาในการปรับอัตราค่าธรรมเนียมในการขอใบอนุญาตต่างๆ ของสายการบิน เพื่อให้เป็นธรรมและสอดคล้องกับต้นทุนค่าใช้จ่ายในการตรวจสายการบินมากขึ้น เนื่องจากค่าจ้างผู้ตรวจสอบค่อนข้างสูง ปัจจุบัน ค่าใบอนุญาตที่จัดเก็บอยู่ในหลักพันบาทเท่านั้น และยังมีการไปตรวจที่ต่างประเทศ ซึ่งมีค่าใช้จ่ายเพิ่มเติม ดังนั้น หากกำหนดให้ชัดเจน ทั้งค่าที่พัก ค่าเบี้ยเลี้ยง จะเป็นผลดีต่อระบบโดยรวม ซึ่งจะพิจารณารายละเอียดทั้งหมดก่อน เพราะต้องปรับแก้กฎหมาย เนื่องจากค่าธรรมเนียมและค่าใบอนุญาตกำหนดในพ.ร.บ.การเดินอากาศ