กรมสรรพากร ชี้แจงว่า ตามที่มีการตั้งข้อสังเกตว่า กรมสรรพากรได้มีการออกประกาศอธิบดีกรมสรรพากร 2 ฉบับคือประกาศอธิบดีกรมสรรพากร (ฉบับที่ 4) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการยกเว้นภาษีเงินได้ ภาษีมูลค่าเพิ่ม ภาษีธุรกิจเฉพาะ และอากรแสตมป์ และ ประกาศอธิบดีกรมสรรพากร (ฉบับที่ 5) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการยกเว้นภาษีเงินได้ ภาษีมูลค่าเพิ่ม ภาษีธุรกิจเฉพาะ และอากรแสตมป์ ซึ่งออกตามพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากรว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 630) พ.ศ. 2560 ซึ่งการออกประกาศ 2 ฉบับมีระยะเวลาห่างกันเพียง 2 เดือน โดยทั้ง 2 ฉบับต่างกันตรงรายละเอียดในการกำหนดมูลค่าทรัพท์สินเป็นทุนในฉบับที่ 4 เป็นให้ประเมินตามราคาตลาด ส่วนฉบับที่ 5 ให้ประเมินด้วยราคาประเมินทุนทรัพย์หรือราคาต้นทุนการซื้อ แล้วแต่อย่างใดจะสูงกว่า โดยตั้งข้อสังเกตว่า การทอดเวลา (2 เดือน) ในออกประกาศระหว่างฉบับที่ 4 และฉบับที่ 5 เป็นเจตนาออกประกาศมาเพื่อลดค่าธรรมเนียมการโอนจากเดิมที่คิดค่าธรรมเนียมการโอนจากราคาตลาดมาเป็นการคิดค่าธรรมเนียมจากราคาประเมิน เพื่อเอื้อประโยชน์ให้กับกลุ่มทุนหรือไม่ นั้น
กรมสรรพากร ชี้แจงดังนี้ 1.รัฐบาลโดยกระทรวงการคลังมีนโยบายส่งเสริมให้บุคคลธรรมดาเปลี่ยนรูปแบบในการประกอบธุรกิจเป็นนิติบุคคลซึ่งการประกอบธุรกิจในรูปแบบของนิติบุคคลจะต้องมีการจัดทำบัญชี จัดให้มีผู้สอบบัญชี และต้องเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลตามรายได้และรายจ่ายที่เกิดขึ้นจริง อันเป็นการสร้างความโปร่งใสและเป็นธรรมในการเสียภาษี อย่างไรก็ดี ในการเปลี่ยนรูปแบบจากบุคคลธรรมดาเป็นนิติบุคคล ผู้ประกอบการบุคคลธรรมดาต้องโอนทรัพย์สินที่ตนใช้ในการประกอบการให้แก่นิติบุคคลที่ตนได้จัดตั้งขึ้น ซึ่งอาจมีภาระภาษีจากการโอนดังกล่าว อันเป็นอุปสรรคหนึ่งที่อาจทำให้นโยบายข้างต้นไม่บรรลุผล
2. เพื่อให้การดำเนินการบรรลุตามวัตถุประสงค์ จึงได้ตราพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากรว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 630) พ.ศ. 2560 กำหนดให้ยกเว้นภาษีให้แก่บุคคลธรรมดาสำหรับเงินได้ที่ได้รับจากการโอนทรัพย์สินให้แก่นิติบุคคลที่จัดตั้งขึ้นใหม่โดยได้รับค่าตอบแทนเป็นหุ้นสามัญของนิติบุคคลนั้น
3.กรมสรรพากรได้ออกประกาศอธิบดีกรมสรรพากร (ฉบับที่ 4) เรื่อง กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการยกเว้นภาษีเงินได้ ภาษีมูลค่าเพิ่ม ภาษีธุรกิจเฉพาะ และอากรแสตมป์ ตามพระราชกฤษฎีกาออกตามความในประมวลรัษฎากรว่าด้วยการยกเว้นรัษฎากร (ฉบับที่ 630) พ.ศ. 2560 ลงวันที่ 20 มีนาคม 2560 เพื่อกำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขในการยกเว้นภาษี ซึ่งได้กำหนดให้การโอนกรรมสิทธิ์ในทรัพย์สินให้แก่นิติบุคคลให้ใช้ตามราคาตลาด
4. อย่างไรก็ดี ประกาศอธิบดีกรมสรรพากร ฯ ฉบับดังกล่าว ยังขาดความชัดเจนในเรื่องการกำหนดราคาและลักษณะของทรัพย์สินที่โอนประเภทที่ดินและที่ดินพร้อมสิ่งปลูกสร้าง จึงได้ออกประกาศอธิบดีกรมสรรพากร (ฉบับที่ 5) ลงวันที่ 5 มิถุนายน 2560 กำหนดให้ราคาของทรัพย์สินที่โอนประเภทที่ดินและที่ดินพร้อมสิ่งปลูกสร้าง ต้องโอนด้วยราคาประเมินทุนทรัพย์หรือราคาต้นทุนการซื้อ แล้วแต่อย่างใดจะสูงกว่า รวมถึงกำหนดให้ทรัพย์สินนั้นต้องเป็นทรัพย์สินที่ใช้ในการประกอบกิจการด้วย
5. ในการโอนอสังหาริมทรัพย์ กระทรวงมหาดไทยได้ออกประกาศกระทรวงมหาดไทย ลดค่าธรรมเนียมในการโอนจากร้อยละ 2 ของราคาประเมิน ลงเหลือร้อยละ 0.01 ของราคาประเมิน การออกประกาศอธิบดีกรมสรรพากร (ฉบับที่ 5) ไม่ได้กำหนดให้มีการเปลี่ยนแปลงฐานในการคำนวณค่าธรรมเนียมการโอนของกระทรวงมหาดไทย จึงมิได้ส่งผลกระทบต่อผลการจัดเก็บค่าธรรมเนียมการโอนของกระทรวงมหาดไทยแต่อย่างใด
6. การดำเนินการแก้ไขประกาศอธิบดีกรมสรรพากรดังกล่าว มิได้เป็นการเอื้อประโยชน์ให้แก่กลุ่มทุนใด แต่เพื่อทำให้การปฏิบัติตามกฎหมายมีความชัดเจน ลดข้อโต้แย้ง เป็นการส่งเสริมให้บุคคลธรรมดาประกอบธุรกิจในรูปของนิติบุคคล อันเป็นการแสดงผลการประกอบการที่แท้จริงในการประกอบกิจการ รวมทั้งสร้างความโปร่งใสและเป็นธรรมในการเสียภาษีอีกด้วย