ศาลปกครองสูงสุดมีคำสั่งให้แก้ไขคำสั่งคุ้มครองชั่วคราวให้ระงับโครงการลงทุน 76 โครงการในมาบตาพุดไว้ก่อน โดยให้ 11โครงการที่ไม่มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ทรัพยากรธรรมชาติ และคุณภาพชีวิตของประชาชนสามารถเดินหน้าได้ต่อไป ได้แก่ โครงการประเภท การคมนาคม, พลังงานสะอาด และโครงการที่ปรับปรุงคุณภาพสิ่งแวดล้อมหรือลดมลภาวะ เป็นต้น
"ศาลปกครองสูงสุดจึงมีคำสั่งแก้คำสั่งของศาลปกครองชั้นต้นเป็นให้ผู้ถูกฟ้องคดีทั้งแปดสั่งระงับโครงการหรือกิจกรรมตามเอกสารหมายเลข 7 ท้ายคำฟ้องไว้เป็นการชั่วคราวจนกว่าศาลจะมีคำพิพากษาหรือศาลมีคำสั่งเปลี่ยนแปลงเป็นอย่างอื่น ยกเว้นโครงการหรือกิจกรรมประเภทอุตสาหกรรมลำดับที่ 16, 22, 37, 41, 45, 50 และ 54 และประเภทคมนาคมลำดับที่ 2, 3, 4 และ 6 นอกจากที่แก้ให้เป็นไปตามคำสั่งศาลปกครองชั้นต้น" นายเกษม คมสัตย์ธรรม ตุลาการหัวหน้าคณะศาลปกครองสูงสุด ซึ่งเป็นตุลาการเจ้าของสำนวน กล่าว
ศาลปกครองสูงสุดเห็นว่า การอนุมัติโครงการหรือกิจกรรมทั้ง 76 โครงการของผู้ถูกฟ้องคดีทั้งแปดน่าจะไม่ชอบด้วยกฎหมาย เนื่องจากก่อนการดำเนินโครงการหรือกิจกรรมใดๆ ที่อาจก่อให้เกิดผลกระทบอย่างรุนแรงต่อคุณภาพสิ่งแวดล้อม ทรัพยากรธรรมชาติ หรือสุขภาพ จะต้องดำเนินการให้ครบถ้วนตามหลักเกณฑ์ของรัฐธรรมนูญ มาตรา 67 วรรคสอง ที่กำหนดไว้
"การที่ยังไม่มีบทบัญญัติแห่งกฎหมายกำหนดหลักเกณฑ์ เงื่อนไข และวิธีการใช้สิทธิดังกล่าวนั้น ไม่ใช่เหตุที่องค์กรของรัฐจะยกขึ้นมาเป็นข้ออ้างเพื่อปฏิเสธไม่ให้ความคุ้มครองสิทธิดังกล่าวได้" คำสั่งศาลปกครองสูงสุด ระบุ
ส่วนการวินิจฉัยของสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาที่ว่า บทบัญญัติของรัฐธรรมนูญ มาตรา 67 วรรคสอง ยังไม่มีผลบังคับใช้ทันที เพราะมีบทเฉพาะกาลตามมาตรา 303(1)กำหนดให้มีผลใช้บังคับภายใต้เงื่อนไขที่ต้องมีกฎหมายกำหนดรายละเอียดเสียก่อนนั้น ขัดต่อคำวินิจฉัยของศาลรัฐธรรมนูญที่มีมาก่อนหน้านี้
คำสั่งศาลปกครองสูงสุด ยังระบุว่า ที่ผ่านมาผู้ถูกฟ้องคดีขาดการติดตามและการบังคับใช้กฎหมายอย่างจริงจัง มิได้ดำเนินการให้เป็นไปตามเจตนารมย์และบทบัญญัติของรัฐธรรมนูญ ดังนั้นจะมาอ้างว่าคำสั่งคุ้มครองชั่วคราวก่อให้เกิดอุปสรรคแก่การบริหารงานของรัฐ ผลกระทบต่อเศรษฐกิจและธุรกิจของภาคเอกชนไม่ได้
"ความเสียหายที่เจ้าของโครงการหรือกิจกรรมจะได้รับอาจเป็นเพียงช่วงระยะเวลาหนึ่ง อันเป็นผลสืบเนื่องมาจากการไม่ปฏิบัติตามบทบัญญัติของกฎหมาย...แต่ก็มิได้เป็นการจำกัดสิทธิการดำเนินการโดยสิ้นเชิง เพียงแต่กรณีโครงการหรือกิจกรรมใดที่อยู่ในประเภทที่มีผลกระทบต่อชมุชนอย่างรุนแรงก็ต้องดำเนินการตามนัยมาตรา 67 วรรคสองของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 ให้ครบถ้วนก่อน" คำสั่งศาลปกครองสูงสุด ระบุ
โดยโครงการที่สามารถเดินหน้าต่อไปได้ทั้ง 11 โครงการจากบัญชีรายชื่อ 76 โครงการ ได้แก่
โครงการอุตสาหกรรม หมายเลข 16 โครงการเชื้อเพลิงสะอาดและปรับปรุงคุณภาพผลิตภัณฑ์ ของ บมจ.โรงกลั่นน้ำมันระยอง
หมายเลข 22 คือ โครงการปรับปรุงระบบหมุนเวียนก๊าซกลับคืนโรงงานผลิตเม็ดพลาสติกชนิดโพลีโพรพิลีนของบริษัท เอ็ชเอ็มซี โปลีเมอร์ส จำกัด
หมายเลข 37 คือ โครงการผลิตเชื้อเพลิงสะอาดติดตั้งหน่วยควบคุมไอน้ำมันเชื้อเพลิงและเพิ่มประเภทผลิตภัณฑ์ไบโอดีเซล ของ บมจ.สตาร์ ปิโตรเลียม รีไฟน์นิ่ง
หมายเลข 41 คือ โครงการติดตั้งระบบควบคุมไอน้ำมันเชื้อเพลิงและเพิ่มประเภทผลิตภัณฑ์ไบโอดีเซล ของ บมจ.ปตท.อะโรเมติกส์และการกลั่น (PTTAR)
หมายเลข 45 คือ การเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโครงการปรับปรุงเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการผลิตและบำบัดมลพิษทางอากาศ โรงงานผลิต Purified Terephthalic Acid(PTA) ของบริษัท อินโดรามา ปิโตรเคม จำกัด
หมายเลข 50 คือ โครงการโรงแยกก๊าซธรรมชาติธรรมชาติหน่วยที่ 6(การเพิ่มประสิทธิภาพระบบปรับปรุงคุณภาพน้ำทิ้งเพื่อหมุนเวียนกลับมาใช้ใหม่) ของ บมจ.ปตท.(PTT)
หมายเลข 54 คือ การเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโรงงานผลิตคลอ-อัลคาลี และอีพิคลอโรไฮดรินภายใต้โครงการติดตั้ง Chlorine Vaporizer,Wet Scrubber ของ HCL Section และการปรับเปลี่ยนขนาดถังบรรจุคลอรีนเหลวของบริษัท อดิตยา เบอร์ล่า เคมีคัลส์(ประเทศไทย) จำกัด
ส่วนโครงการด้านคมนาคม หมายเลข 2 คือ โครงการเปลี่ยนแปลงตำแหน่งและขนาดถังเก็บวัตถุดิบและผลิตภัณฑ์ ของ บริษัท มาบตาพุด แท็งค์ เทอร์มินัล, หมายเลข 3 คือ โครงการเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโครงการท่าเทียบเรือและคลังผลิตภัณฑ์ (การเก็บเพิ่มถังและอุปกรณ์ขนถ่าย LPG/Brutene) ของ บมจ.ปตท.เคมิคอล(PTTCH) ,
หมายเลข 4 คือ รายงานการเปลี่ยนแปลงรายละเอียดโครงการขยายท่าเทียบเรือขนถ่ายสารปิโตรเคมีและคลังเก็บวัตถุดิบและผลิตภัณฑ์เพิ่มเติม (ถังโพรเพน/บิวเทน) ของ บริษัท มาบตาพุด แท็งก์ เทอร์มินัล และ หมายเลข 6 คือ โครงการติดตั้ง Loading Arm เพิ่มเติมที่ท่าเรือ ของ บมจ.สตาร์ ปิโตรเลียม รีไฟน์นิ่ง
ส่วนโครงการที่เหลือ โดยเฉพาะโครงการประเภทปิโตรเคมีและท่อส่ง, โครงการเหล็ก, นิคมอุตสาหกรรมและสวนอุตสาหกรรม, ท่าเทียบเรือ, โรงไฟฟ้า และโรงบำบัดกำจัดของเสียอันตรายจากอุตสาหกรรม ให้ระงับไว้ก่อนตามคำสั่งเดิม เพราะเชื่อว่าจะเป็นโครงการที่ส่งผลกระทบรุนแรงทั้งด้านคุณภาพสิ่งแวดล้อม ทรัพยากรธรรมชาติ และสุขภาพ อย่างไรก็ตาม หากในอนาคตโครงการดังกล่าวดำเนินการครบถ้วนตามหลักเกณฑ์ของรัฐธรรมนูญมาตรา 67 วรรคสองแล้วก็สามารถยื่นคำขอให้มีคำสั่งแก้ไขหรือยกเลิกวิธีการชั่วคราวได้ในภายหลัง