อนึ่ง ประเทศไทยมีข้อผูกพันภายใต้เขตการค้าเสรีอาเซียน(AFTA)ซึ่งจะต้องลดภาษีนำเข้าระหว่างกันจนเหลืออัตรา 0% ในปี 53 รวมทั้งต้องยกเลิกโควตานำเข้าสินค้านั้น ๆ ด้วย ซึ่งในวันที่ 1 ม.ค.53 ไทยต้องยกเลิกโควตานำเข้าสินค้า 10 รายการ ได้แก่ เมล็ดถั่วเหลือง ข้าว เมล็ดกาแฟ ชา กาแฟสำเร็จรูป น้ำนมดิบและนมปรุงแต่ง นมผงขาดมันเนย มะพร้าว เนื้อมะพร้าวแห้งและน้ำมันมะพร้าว โดยไทยต้องลดภาษีนำเข้าเหลือ 0% สำหรับสินค้า 8 รายการ และเหลือ 5% สำหรับสินค้าเมล็ดกาแฟและเนื้อมะพร้าวแห้ง
จากสาเหตุดังกล่าวทำให้เกษตรกร ผู้ประกอบการผลิตและส่งออกสินค้ามีความกังวลว่า การลดภาษีและการยกเลิกโควตานำเข้าดังกล่าวอาจทำให้มีการนำเข้าเพิ่มมากขึ้นจนส่งผลกระทบต่อการผลิตและการค้า ดังนั้น หน่วยงานภาครัฐที่เกี่ยวข้องตั้งแต่กระทรวงพาณิชย์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และกระทรวงสาธารณสุข จึงได้ร่วมกันกำหนดแนวทางรองรับการเปิดตลาดเพื่อให้สามารถกำกับดูแลการนำเข้าอย่างใกล้ชิด และมีการนำเข้าเฉพาะสินค้าที่มีคุณภาพดีเท่านั้น
โดยแบ่งเป็น 3 ขั้นตอน ได้แก่ การจัดระบบบริหารการนำเข้า อาทิ กำหนดให้เป็นสินค้าที่ต้องขออนุญาตนำเข้า กำหนดมาตรการด้านสุขอนามัยเพื่อความปลอดภัยของผู้บริโภค เช่น ข้อกำหนดปริมาณสารพิษตกค้าง ใบรับรองสุขอนามัยพืช ปลอด GMOs และมีแหล่งกำเนิดสินค้าเป็นต้น การจัดทำระบบติดตามการนำเข้าและการติดตามตรวจสอบและประเมินผล
การยกเลิกโควตาและภาษีนำเข้าสินค้าเกษตรเป็นสิ่งที่ไทยจะต้องปฏิบัติตามพันธกรณีอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ ผลกระทบจากการเปิดตลาดดังกล่าวอาจทำให้สินค้าจากอาเซียนอื่นมีต้นทุนลดลง ทั้งนี้ สินค้า 10 รายการที่ไทยจะลดภาษีลงในปี 53 เป็นสินค้าที่ไทยเป็นผู้ส่งออกเช่นกัน โดยเฉพาะข้าว ซึ่งไทยเป็นผู้ส่งออกรายใหญ่ของโลก จึงไม่น่าจะกังวลนัก
อย่างไรก็ตาม รัฐบาลได้วางมาตรการรองรับไว้อย่างรอบคอบ ดังนั้นเมื่อเปรียบเทียบกับผลประโยชน์ที่จะได้รับจะมีค่อนข้างมาก เพราะมีโอกาสขยายตลาดไปสู่ประเทศในอาเซียนอื่นได้มากยิ่งขึ้น เนื่องจากไทยมีศักยภาพในการผลิตมากกว่า สามารถนำเข้าวัตถุดิบให้โรงงานแปรรูปในราคาต่ำเป็นการลดต้นทุนการผลิต นอกจากนี้ไทยอาจใช้ความได้เปรียบด้านเทคโนโลยีการผลิตในการเป็นศูนย์กลางการผลิตของอาเซียนด้วย
นายอลงกรณ์ พลบุตร รมช.พาณิชย์ เปิดเผยภายหลังประชุมผ่านระบบวิดีโอ คอนเฟอเรนซ์กับพาณิชย์จังหวัด หอการค้าจังหวัด และอุตสาหกรรมจังหวัด ใน 76 จังหวัดทั่วประเทศว่า ได้ชี้แจงว่าตั้งแต่วันที่ 1 ม.ค.53 การเปิดเสรีการค้าภายใต้เขตการค้าเสรีอาเซียน (AFTA)จะเริ่มมีผลบังคับใช้ ดังนั้นจึงต้องการให้ประชาชนในต่างจังหวัดเตรียมความพร้อมในการใช้ประโยชน์ที่จะเกิดขึ้น
ทั้งนี้หากมีผลกระทบก็ขอให้รวบรวมประเด็นปัญหาและข้อเสนอแนะและส่งมายังกระทรวงพาณิชย์ เพื่อหาทางเยียวยาแก้ไขต่อไป โดยกองทุนเพื่อการปรับตัวรองรับผลกระทบจากการเปิดเสรีทางการค้า (กองทุน FTA) พร้อมให้การช่วยเหลือเต็มที่
รมช.พาณิชย์ ยังขอให้ภาครัฐและภาคธุรกิจในต่างจังหวัดเตรียมความพร้อมจากการที่อาเซียนจะก้าวเป็นประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน (AEC) ในปี 2558 ที่จะมีการเปิดเสรีด้านการค้า การลงทุน การเงิน และการเคลื่อนย้ายแรงงานฝีมืออย่างเสรี เพราะอาเซียนจะกลายเป็นตลาดที่สำคัญของไทย