ประกอบกับพื้นที่โดยรอบนิคมฯอมตะนครมีน้ำท่วมขังอีกหลายแห่ง อาทิ อ.เมือง อ.พานทอง อ.พนัสนิคม รวมถึงบริเวณพื้นผิวจราจรเส้นทางบายพาสชลบุรี-บ้านบึง เส้นทางเข้าสู่ตัวเมืองชลบุรีส่งผลให้การจราจรทั้งภายในและภายนอกนิคมอุตสาหกรรมติดขัดเนื่องจากรถเคลื่อนตัวได้ช้า
อย่างไรก็ตาม AMATA ได้เร่งดำเนินการบริหารจัดการน้ำและการจราจรอย่างเป็นระบบโดยแบ่งแผนการดำเนินการออกเป็น 3 ส่วนหลัก ได้แก่ การบริหารจัดการน้ำที่ท่วมขังอยู่ในพื้นผิวการจราจรบริเวณเฟส 1-3 และ เฟส 7-9 โดยการเร่งระบายน้ำลงสู่แม่น้ำบางปะกงที่เชื่อมต่อกับสู่ทะเลต่อไป ด้วยเครื่องสูบน้ำจำนวน 70 เครื่อง พร้อมติดตั้งเครื่องผลักดันกระจายอยู่ตามจุดต่างๆ จำนวน 28 เครื่อง ซึ่งปัจจุบันยังคงเร่งระบายน้ำออกอย่างต่อเนื่องเพื่อเตรียมรับมือกับมวลน้ำที่กำลังไหลลงมาจาก อำเภอพนัสนิคม
สำหรับเฟส 9 ซึ่งเป็นพื้นที่ที่ยังไม่มีโรงงานตั้งอยู่จึงเปิดให้เป็นพื้นที่แก้มลิงชั่วคราวและค่อยๆระบายออกตามลำดับ ส่วนด้านการจราจรอมตะได้เร่งประชาสัมพันธ์การใช้เส้นทางลัดเพื่อเข้า-ออกนิคมฯ ซึ่งสามารถเข้าออกได้อีกว่า 20 เส้นทาง
ในส่วนของการดูแลผู้ประกอบการภายในนิคมอมตะได้มีการแจ้งข้อมูลข่าวสารเพื่อการเตรียมรับมือสถานการณ์น้ำทุก 1 ชั่วโมง และบริการกระสอบทรายสำหรับโรงงานที่ตั้งอยู่พื้นที่ต่ำ และเครื่องสูบน้ำกรณีมีน้ำขังภายในโรงงานเนื่องจากฝนตกหนัก และการดูแลชุมชนโดยรอบนิคมฯ ได้มีการจัดถุงยังชีพประกอบด้วยข้าวสารอาหารแห้ง น้ำดื่ม ยารักษาโรคเพื่อบรรเทาความเดือดร้อนเบื้องต้น
ทั้งนี้ หากเกิดกรณีปริมาณฝนยังคงตกหนักอย่างต่อเนื่องน้ำในพื้นที่นิคมอุตสาหกรรมสูงขึ้นและอาจส่งผลกระทบต่อโรงงานอมตะได้มีแผนรับมือฉุกเฉินไว้โดยการจัดเตรียมบิ๊กแบ๊คไว้จำนวน 500 ใบสำหรับป้องกันน้ำเข้าพื้นที่โรงงาน และหากมีน้ำมากในช่วงน้ำทะเลหนุนจะดำเนินการสูบน้ำเร่งระบายออกโดยการสูบข้ามประตูระบายน้ำออกสู่ทะเลโดยตรง เชื่อว่าจะสามารถระบายน้ำลงสู่ทะเลได้ทัน