ผลกระทบต่อเอสเอ็มอีแม้จะยังไม่รุนแรง เนื่องจากยังมีทุนเดิมที่สามารถนำมาหมุนเวียนและชำระหนี้ธนาคารได้ระดับหนึ่ง แต่ได้เริ่มเห็นสัญญาณว่า บางส่วนมีการชำระหนี้ล่าช้าบ้างแล้ว หากปล่อยไว้อาจส่งผลให้ขาดสภาพคล่องในการดำเนินธุรกิจ ทำให้การเดินบัญชีของลูกค้าลดลง และไม่กล้าลงทุนต่อเนื่อง เพื่อขอรอดูสถานการณ์ว่าจะคลี่คลายไปในทิศทางใด
ธนาคารกสิกรไทย มองว่า หากการชำระเงินค่าจำนำข้าวแก่เกษตรกรยืดเยื้อออกไป จะยิ่งส่งผลกระทบกับเอสเอ็มอีในกลุ่มธุรกิจดังกล่าวมากขึ้น ดังนั้นจึงได้ส่งทีมงานเข้าไปติดตามดูแลอย่างใกล้ชิด และออกโปรแกรมช่วยเหลือลูกค้าเอสเอ็มอีของธนาคาร ฯ เพื่อบรรเทาผลกระทบที่จะเกิดขึ้น ด้วยการพักชำระเงินต้น และให้ลูกค้าสามารถผ่อนชำระเฉพาะดอกเบี้ยนาน 3-6 เดือน เพื่อช่วยเพิ่มสภาพคล่องให้ลูกค้า นอกจากนี้ ธนาคาร ฯ ได้เตรียมให้วงเงินสินเชื่อเพื่อเสริมสภาพคล่องให้ลูกค้าที่เป็นผู้จำหน่ายปัจจัยการผลิตแก่ชาวนา ประกอบด้วยกลุ่มผู้ค้าปุ๋ยและเคมีภัณฑ์ทางการเกษตร กลุ่มผู้ค้าเครื่องจักรและอุปกรณ์ทางการเกษตรและกลุ่มบริการทางการเกษตร
ทั้งนี้ ธนาคารฯ มีลูกค้าที่อยู่ในกลุ่มธุรกิจเกี่ยวเนื่องกับการเกษตรที่อาจได้รับผลกระทบจากโครงการรับจำนำข้าวรวม 4,537 ราย ยอดสินเชื่อคงค้างรวม 13,683 ล้านบาท คิดเป็นร้อยละ 2.75 ของยอดสินเชื่อเอสเอ็มอีทั้งหมดของธนาคาร ซึ่งส่วนใหญ่จะอยู่ในธุรกิจค้าปุ๋ย เคมีการเกษตร และโรงสี ที่อยู่ในภาคอีสานเป็นหลัก โดยตั้งแต่เดือนตุลาคม 2556 ที่เริ่มเกิดปัญหาในโครงการรับจำนำข้าว จนถึงปัจจุบัน ธนาคารได้อนุมัติวงเงินสินเชื่อเพิ่มให้กับลูกค้าในกลุ่มธุรกิจที่เกี่ยวเนื่องกับการเกษตร รวม 1,030 ล้านบาท ซึ่งธนาคารคาดหวังว่ามาตรการในการช่วยเหลือของธนาคารในครั้งนี้ จะช่วยให้ลูกค้ามีสภาพคล่องในการดำเนินธุรกิจไปได้ระยะหนึ่ง จนกว่าปัญหาเรื่องการชำระเงินค่าจำนำข้าวจะคลี่คลาย