นอกจากนั้น ในปี 55 ได้มีกลุ่มบุคคลยื่นคำฟ้องต่อศาลปกครองกลางว่า ปตท.ยังแบ่งแยกทรัพย์สินให้แก่กระทรวงการคลังไม่ครบถ้วน แต่ศาลปกครองกลางไม่รับคำฟ้องดังกล่าว โดยให้ความเห็นว่าศาลปกครองสูงสุดได้เคยมีคำพิพากษาถือเป็นการสิ้นสุดแล้ว นอกจากนี้ ตามที่กล่าวอ้างว่าสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน(สตง.)ได้ระบุไว้ในรายงานการตรวจสอบการแบ่งแยกทรัพย์สินฯว่า ปตท.ยังแบ่งแยกทรัพย์สินให้แก่กระทรวงการคลังไม่ครบถ้วน แต่ข้อเท็จจริง คือ รายงานของ สตง.ได้ระบุไว้ด้วยว่าการแบ่งแยกทรัพย์สินจะครบถ้วนตามคำพิพากษาหรือไม่ ขึ้นอยู่กับคำวินิจฉัยของศาลปกครองสูงสุด ซึ่งปรากฏว่าศาลปกครองสูงสุดได้มีคำสั่งแล้วว่า ปตท. ได้ดำเนินการแบ่งแยกทรัพย์สินเป็นที่เรียบร้อยแล้ว
สำหรับประเด็น ปตท.ผูกขาดระบบท่อส่งก๊าซธรรมชาตินั้น ขอชี้แจงว่าธุรกิจท่อส่งก๊าซธรรมชาติ เป็นธุรกิจเสรีภายใต้ พ.ร.บ. การประกอบกิจการพลังงาน พ.ศ.2550 โดยผู้ที่ต้องการประกอบกิจการขนส่งก๊าซฯ สามารถยื่นขอใบอนุญาตจากคณะกรรมการกิจการพลังงาน (กกพ.) ได้โดยตรง ซึ่งปัจจุบัน มีผู้รับใบอนุญาตนอกเหนือจาก ปตท. เช่น กลุ่มบริษัท Gulf กลุ่มบริษัทอมตะ เป็นต้น แต่เนื่องจากธุรกิจท่อส่งก๊าซฯ ต้องใช้เงินลงทุนสูง มีขั้นตอนกระบวนการมากมาย และต้องใช้เวลาหลายปีกว่าจะมีรายได้จากการประกอบกิจการ จึงทำให้ในปัจจุบันมีผู้สนใจเข้ามาประกอบกิจการในธุรกิจท่อส่งก๊าซฯน้อยราย
“ปตท.ในฐานะหนึ่งในหน่วยงานรัฐวิสาหกิจ ยินดีและพร้อมที่จะปฏิบัติตามนโยบายและหลักเกณฑ์ต่างๆ ที่ภาครัฐกำหนด รวมถึงนโยบายเรื่องการเปิดใช้หรือเชื่อมต่อระบบส่งก๊าซธรรมชาติให้แก่บุคคลที่ 3 (TPA Regime)ของ กกพ.ดังนั้น ปตท.จึงได้เริ่มดำเนินการปรับโครงสร้างองค์กร ตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ 57 เป็นต้นมา เพื่อเตรียมการแยกสินทรัพย์และระบบบัญชีของระบบท่อส่งก๊าซธรรมชาติออกมาให้ชัดเจนซึ่งคาดว่าจะแล้วเสร็จในปี 58 และเตรียมการแยกกิจการท่อส่งก๊าซธรรมชาติรองรับการจัดตั้งเป็นบริษัทท่อส่งก๊าซฯ ในอนาคต"นายประเสริฐ กล่าว