ส่วนสายการบินแบบเช่าเหมาลำสามารถทำการบินไปยังอินโดนีเซียได้เช่นกัน แต่จะมีการตรวจสอบอย่างเข้มข้นมากขึ้น โดยเฉพาะการตรวจสอบความสมควรเดินอากาศ
มาตรการดังกล่าวเป็นมาตรการเดียวกับที่ญี่ปุ่นและเกาหลีใต้ใช้กับไทย ซึ่งเป็นผลจากการที่องค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศ (ICAO) ให้ธงแดงประเทศไทยหลังพบว่าการดำเนินงานของกรมการบินพลเรือนมีข้อบกพร่องอย่างมีนัยสำคัญด้านความปลอดภัย
สำหรับสายการบินของไทยที่ทำการบินไปยังอินโดนีเซีย คือ สายการบินไทย เส้นทางกรุงเทพฯ-บาหลี 7 เที่ยวบินต่อสัปดาห์ และกรุงเทพฯ-จาการ์ต้า 10 เที่ยวบินต่อสัปดาห์ ซึ่งขณะนี้การบินไทย ไม่มีแผนจะเพิ่มเที่ยวบิน เพิ่มเส้นทางบิน หรือเปลี่ยนประเภทอากาศยาน จึงไม่มีผลกระทบใดๆ เช่นเดียวกับไทยแอร์เอเชีย และยังไม่มีเครื่องบินเช่าเหมาลำของไทยทำการบินไปยังอินโดนีเซีย
ขณะที่ หน่วยงานด้านการบินของเกาหลีใต้ยังได้เพิ่มเที่ยวบินให้กับสายการไทยแอร์เอเชียเอ็กซ์ เส้นทางกรุงเทพฯ-โซล 7 เที่ยวบินในช่วงฤดูท่องเที่ยวหรือไฮซีซั่น ในเดือนต.ค.นี้ เนื่องจากเกาหลีใต้เชื่อมั่นมาตรการแก้ไขปัญหาด้านการบินของไทย ส่วนญี่ปุ่นอยู่ระหว่างการเจราจาเพิ่มเที่ยวบินในช่วงฤดูกาลท่องเที่ยวเช่นกัน
ด้านนางปาริชาต คชรัตน์ อธิบดีกรมการบินพลเรือน กล่าวว่า อินโดนีเซียได้บังคับใช้มาตรการดังกล่าวตั้งแต่วันที่ 29 พ.ค.ที่ผ่านมา เบื้องต้นกรมฯอาจต้องหารือกับตัวแทนกระทรวงคมนาคมอินโดนีเซีย เพื่อขอให้ยกเลิกหรือผ่อนผันมาตรการดังกล่าว แต่ในขณะนี้ยังไม่มีสายการบินของไทยร้องเรียนมายังกรมฯถึงความเดือดร้อนจากมาตรการดังกล่าว