นายมอร์ซีถูกตั้งข้อหาพร้อมสมาชิก 14 ลำดับแรกของกลุ่มภราดรภาพมุสลิม จากการใช้ความรุนแรงและการสังหารผู้ประท้วงนอกทำเนียบประธานาธิบดีเมื่อเดือนธันวาคม 2555
ทางการอียิปต์เตรียมพร้อมสำหรับการไต่สวนครั้งนี้ โดยวางกำลังตำรวจไว้เกือบ 20,000 ราย เพื่อจัดการกับเหตุรุนแรงที่อาจปะทุขึ้น
ในเดือนพฤศจิกายน 2555 นายมอร์ซีบังคับใช้กฎหมายเพื่อให้ตนเองครองอำนาจต ซึ่งกระตุ้นให้ฝ่ายตรงข้ามกล่าวหาว่า นายมอร์ซีบ่อนทำลายการปฏิวัติต่อต้านนายมูบารัค สำนักข่าวซินหัวรายงาน