ผู้ที่มีสิทธิลงคะแนนเลือกตั้งได้เดินทางมาลงคะแนนในคูหาเลือกตั้งทั้งสิ้น 478,685 แห่งทั่วประเทศอินโดนิเซีย ซึ่งมีเกาะประมาณ 17,000 เกาะ ขณะที่ชาวอินโดนีเซียที่มีสิทธิลงคะแนนเลือกตั้งนั้น มีจำนวนกว่า 190 ล้านคน จากประชาชนทั้งหมด 245 ล้านคน
แนวโน้มผลการเลือกตั้งนั้นคาดว่า จะก่อให้เกิดความไม่แน่นอนในระยะสั้นๆในอินโดนีเซีย โดยแม้ว่านายโจโค "โจโควี" วิโดโด ผู้ว่าการกรุงจาการ์ตา และอดีตนายพลปราโบโว สุเบียนโต สองผู้ลงสมัครชิงตำแหน่งประธานาธิบดี ต่างออกมาประกาศว่าตนเองได้รับชัยชนะ พร้อมกับเรียกร้องให้เลิกล้มความพยายามที่จะทำให้ผลการนับคะแนนเบี่ยงเบนไปจากความเป็นจริง แต่ผลการนับคะแนนอย่างไม่เป็นทางการจากสองสำนักดังชี้ว่า ผู้ว่าการกรุงจาการ์ตารายนี้ มีคะแนนนำเล็กน้อยเหนืออดีตนายพล
โดยจากการนับคะแนนเสียงขององค์กร Lingkaran Survei Indonesia จาก 88% ของคูหาเลือกตั้งนั้น พบว่า นายโจโค ได้คะแนนไป 53.44% ส่วนนายปราโบโว ได้รับคะแนนเสียง 46.56%
ในขณะที่ผลการนับคะแนนของอีกสำนักก็ชี้ว่า นายโจโค ได้คะแนนเสียงมากกว่าคู่แข่งเช่นกัน โดย Saiful Mujani & Research Consulting ชี้ว่า นายโจโค สามารถกวาดคะแนนเสียงไปได้ 52.92% ส่วนนายปราโบโวได้คะแนนเสียง 47.08% จากการนับคะแนนในสัดส่วน 70%