เมื่อถูกถามในการแถลงข่าวเมื่อช่วงค่ำวันอังคารว่า เครื่องบินลำดังกล่าวของสายการบิน JAL ได้รับอนุญาตให้ลงจอดจากหอควบคุมการบินแล้วหรือไม่ เจ้าหน้าที่ของสายการบิน JAL ระบุว่า "เราเข้าใจว่าเครื่องบินลำดังกล่าวได้รับอนุญาตแล้ว"
แต่ JAL และกระทรวงที่ดิน โครงสร้างพื้นฐาน การขนส่ง และการท่องเที่ยวญี่ปุ่นปฏิเสธที่จะแสดงความคิดเห็นโดยตรงเกี่ยวกับการสื่อสารระหว่างเจ้าหน้าที่ควบคุมการบินและเครื่องบินทั้ง 2 ลำ โดยอ้างว่ากำลังอยู่ระหว่างการสอบสวน
ในข้อความบันทึกเสียงจากหอควบคุมการบินของสนามบินฮาเนดะที่บันทึกเอาไว้ในช่วงใกล้เกิดเหตุเฉี่ยวชนนั้น ปรากฎเสียงแนะนำให้เที่ยวบินของ JAL "นำเครื่องบินเข้ามาใกล้สนามบินต่อไป"
ด้านแอร์บัสของฝรั่งเศส ซึ่งเป็นผู้ผลิตเครื่องบินของ JAL ระบุว่าจะส่งทีมผู้เชี่ยวชาญเข้าช่วยเหลือทางการญี่ปุ่นในการสอบสวนคดีดังกล่าว