การจัดการผู้อพยพถือเป็นประเด็นสำคัญระดับชาติของเยอรมนีซึ่งเป็นประเทศที่เปิดกว้างแก่ผู้ลี้ภัยมากที่สุดแห่งหนึ่งของโลก นางแองเกลา แมร์เคิล นายกรัฐมนตรีเยอรมนีคนปัจจุบันจากพรรค CDU เป็นบุคคลที่สนับสนุนนโยบายเปิดกว้างต่อผู้ลี้ภัย และไม่มีแนวคิดจำกัดจำนวนผู้ลี้ภัยที่สามารถอพยพเข้ามายังในเยอรมนี อย่างไรก็ตาม พรรคร่วมรัฐบาลของนางแมร์เคิลอย่างพรรค CSU กลับมีแนวคิดที่ต่างออกไป โดยนายฮอร์ส ซีโฮเฟอร์ ประธานพรรคและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ต้องการให้เยอรมนีออกนโยบายควบคุมการอพยพเข้าประเทศของผู้ลี้ภัย และเรียกร้องให้มีการส่งตัวผู้ลี้ภัยจำนวนหนึ่งกลับประเทศ
นอกจากความขัดแย้งภายในประเทศแล้ว นางแมร์เคิลยังต้องหาข้อตกลงร่วมกันกับประเทศสมาชิกสหภาพยุโรป (EU) ในการแบ่งเบาผู้อพยพที่หลั่งไหลเข้ามาเป็นจำนวนมาก เนื่องจากปฏิเสธไม่ได้ว่าการมีประชากรต่างถิ่นเข้ามาอาศัยอยู่ในประเทศตนเองย่อมก่อให้เกิดความไม่มั่นใจด้านความปลอดภัยและความมั่นคง รวมถึงอาจส่งผลเสียต่อเศรษฐกิจและตลาดแรงงานภายในประเทศ ด้วยเหตุนี้ นางแมร์เคิลจึงเสนอให้มีการเปิดพรมแดนสำหรับผู้อพยพ เพื่อที่ภาระส่วนใหญ่จะได้ไม่ต้องตกอยู่ที่เยอรมนี แต่แน่นอนว่าย่อมมีประเทศสมาชิก EU ที่ไม่เห็นด้วยกับนโยบายดังกล่าวนี้ ไม่ว่าจะเป็นอิตาลีที่ยังไม่สามารถแก้ไขปัญหาการเมืองภายในประเทศได้ หรือสาธารณรัฐเช็ก โปแลนด์ และฮังการี ที่ต่างปิดกั้นการเปิดรับผู้อพยพเข้าประเทศตนเอง ด้วยเหตุนี้ นางแมร์เคิลจึงจำเป็นต้องหาจุดสมดุลระหว่างผลประโยชน์ของประเทศ ซึ่งรวมถึงเสถียรภาพทางการเมืองภายในรัฐบาลผสมที่อาจได้รับผลกระทบหากเธอปฏิเสธแนวคิดจากพรรคร่วม และความสัมพันธ์ที่ดีต่อชาติสมาชิก EU ที่เป็นอู่ข้าวอู่น้ำสำคัญของเยอรมนี
อย่างไรก็ตาม เมื่อวันที่ 28 มิ.ย. ที่ผ่านมา นางแมร์เคิลได้ร่วมประชุมกับสมาชิก EU เพื่อหาทางออกเกี่ยวกับการลดจำนวนผู้ลี้ภัยภายในเยอรมนีซึ่งเป็นชนวนความขัดแย้งภายในรัฐบาลผสมเยอรมัน โดยผลการประชุมดังกล่าวชี้ว่า แมร์เคิลได้บรรลุข้อตกลงร่วมกับกรีซและสเปนในการขอส่งตัวผู้ลี้ภัยที่ลงทะเบียนก่อนหน้าไว้ในสองประเทศนี้กลับไป รวมถึงบรรลุข้อตกลงในลักษณะเดียวกันร่วมกับสาธารณรัฐเช็ก โปแลนด์ และฮังการี ที่ต่างปิดกั้นการเปิดรับผู้อพยพ เช่นเดียวกับเบลเยี่ยม สวีเดน ฝรั่งเศส โปรตุเกส เดนมาร์ก เนเธอร์แลนด์ เอสโตเนีย ลักเซมเบิร์ก ฟินแลนด์ ลัตเวีย และลิทัวเนีย นอกจากนี้ แมร์เคิลยังเสนอให้มีการตั้งศูนย์พักพิงชั่วคราวให้แก่ผู้ลี้ภัยที่กำลังอยู่ในระหว่างการจัดการ และผู้ลี้ภัยที่ไม่มีคุณสมบัติตรงตามข้อกำหนดการส่งตัวกลับประเทศที่ได้มีการลงทะเบียนต้นทาง
ภายหลังเสร็จสิ้นการประชุมร่วมกับชาติสมาชิก EU แล้ว นางแมร์เคิลได้ร่วมหารือต่อกับนายฮอร์ส ซีโฮเฟอร์ รัฐมนตรีกระทรวงมหาดไทย ซึ่งถือว่าเป็นบุคคลในรัฐบาลผสมที่มีแนวคิดตรงกันข้ามกับเธอโดยเฉพาะด้านนโยบายการเปิดรับผู้ลี้ภัยเข้าประเทศ ก่อนหน้านี้ นายซีโฮเฟอร์ได้ขู่ว่าจะลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีมหาดไทยและประธานพรรคร่วมรัฐบาล CSU ซึ่งถ้าหากเป็นเช่นนั้นแล้ว จะทำให้รัฐบาลผสมของเยอรมนีตกที่นั่งลำบาก เนื่องจากรัฐบาลจะมีคะแนนเสียงในสภาน้อยไป และจะทำให้เยอรมนีเข้าสู่สภาวะสุญญากาศทางการเมืองอีกครั้ง ซึ่งแน่นอนว่าจะไม่ก่อให้เกิดผลดีทั้งต่อเยอรมนีและ EU ทำให้การประกาศลาออกของนายซีโฮเฟอร์เปรียบเสมือนการเอาตำแหน่งของตนเองและอนาคตของรัฐบาลเยอรมันเป็นตัวประกันนั่นเอง
อย่างไรก็ตาม ความขัดแย้งระหว่างพรรค CDU ของนางแมร์เคิล และพรรค CSU ของนายซีโฮเฟอร์ได้ยุติลง(ชั่วคราว) หลังจากที่ทั้งสองสามารถบรรลุข้อตกลงร่วมกันได้ในการประชุมร่วมกันเมื่อวันที่ 2 ก.ค. ที่ผ่านมา โดยข้อตกลงฉบับใหม่นี้กำหนดให้มีการคุมเข้มผู้ลี้ภัยบริเวณชายแดนเยอรมนี-ออสเตรีย เพื่อ "ป้องกันไม่ให้ผู้ลี้ภัยที่ลงทะเบียนไว้ในประเทศอื่นเดินทางเข้าเยอรมนี" อีกทั้งจะมีการก่อตั้งศูนย์เคลื่อนย้ายเพื่อส่งตัวผู้ลี้ภัยกลับไปยังประเทศที่ลงทะเบียนขอลี้ภัยไว้เริ่มแรก โดยที่ประเทศต้นทางจำเป็นต้องยินยอมรับการส่งตัวกลับ มิเช่นนั้นผู้ลี้ภัยจะถูกส่งไปยังออสเตรียตามที่ระบุไว้ในข้อตกลงระหว่างประเทศ
ด้านนางแมร์เคิลให้สัมภาษณ์หลังการประชุมร่วมกับนายซีโฮเฟอร์ว่า "นี่เป็นการประนีประนอมภายหลังความพยายามอันยากลำบาก" และ "เป็นการรักษาสปิริตแห่งมิตรภาพใน EU รวมถึงเป็นการตัดสินใจที่เด็ดขาดในการควบคุมการอพยพ" ขณะที่นายซีโฮเฟอร์เองกล่าวว่า "ผมดีใจที่มีการบรรลุข้อตกลงครั้งนี้ สิ่งที่เกิดขึ้นหลังจากนี้คือความยั่งยืนและความเห็นพ้องที่ชัดเจนสำหรับอนาคต" พร้อมยืนยันว่า จะดำรงอยู่ในตำแหน่งรัฐมนตรีมหาดไทยและประธานพรรค CSU ต่อไป
การจัดการผู้อพยพถือเป็นเรื่องละเอียดอ่อนที่ต้องมีการพูดคุยร่วมกันจากหลายฝ่ายเพื่อหาผู้เสียสละ และนางแมร์เคิลเองถือว่าทำหน้าที่ในจุดนี้ได้ดี เพราะเนื่องจากต้องหาทางออกทางการเมืองภายในประเทศไปด้วย เหมือนที่เธอเคยกล่าวไว้ว่า "การออกมาตรการเพียงฝ่ายเดียวโดยไม่สนใจประเทศอื่นนั้นไม่ใช่สิ่งที่เยอรมนีจะทำ" ซึ่งเธอได้พิสูจน์ให้เห็นแล้วจากการประชุมร่วมกับสมาชิก EU และนายซีโฮเฟอร์ อย่างไรก็ตาม ปัญหาผู้ลี้ภัยจะยังไม่หมดไปอย่างแน่นอน เนื่องจากผู้อพยพเหล่านี้จะต้องถูกส่งไปยังประเทศอื่นๆในท้ายที่สุด จุดสำคัญที่ควรตั้งคำถามจึงอยู่ที่เพราะเหตุใดผู้คนเหล่านี้จึงต้องยอมเดินทางออกจากบ้านเกิดตนเองไปยังดินแดนใหม่ที่เต็มไปด้วยความไม่แน่นอน เพราะเหตุใดยังเกิดสงครามนับครั้งไม่ถ้วนในดินแดนอันห่างไกลที่มีการรายงานข่าวเพียงประปรายจากสื่อรายใหญ่ บางทีการกระทำ นโยบาย ไปจนถึงความโลภของชาติมหาอำนาจบางประเทศที่อ้างว่าให้การสนับสนุนด้านสิทธิมนุษยชนอาจเป็นผู้ร้ายตัวจริงที่อยู่เบื้องหลังปัญหาเหล่านี้ก็เป็นได้