นายสมศักดิ์ มีอุดมศักดิ์ ผู้อำนวยการสำนักการระบายน้ำ กทม. กล่าวกรณีผู้ใช้บริการสวนสาธารณะคลองช่องนนทรีตั้งข้อสังเกตถึงสภาพน้ำในคลองยังส่งกลิ่นเหม็นว่า กรุงเทพมหานคร มีนโยบายที่จะพัฒนาและปรับปรุงภูมิทัศน์คลองช่องนนทรีให้เป็นคลองต้นแบบ มีสภาพแวดล้อมที่ดี มีภูมิทัศน์ที่สวยงาม และปลอดภัย โดยความร่วมมือจากทุกภาคส่วน เป็นต้นแบบการจัดการเพื่อพัฒนาคลองต่าง ๆ อย่างยั่งยืน ซึ่งแผนฟื้นฟูคุณภาพน้ำในคลองช่องนนทรี จะเปลี่ยนภาพจาก "คลองน้ำเน่าเสีย" เป็น "คลองสวยน้ำใส" เมื่อสำนักการโยธาได้พัฒนาคลองช่องนนทรีแล้วเสร็จ สำนักการระบายน้ำจะปิดคลองไม่ให้น้ำเสียจากอาคาร บ้านเรือน ลงสู่คลองช่องนนทรี พร้อมรักษาค่าระดับน้ำในคลองให้คงที่ไม่มีผลกระทบต่อสวนเลียบคลอง โดยมีการหมุนเวียนน้ำในคลองช่องนนทรี โดยเปิดรับน้ำจากแม่น้ำเจ้าพระยา จากบริเวณสถานีสูบน้ำช่องนนทรี เพื่อปรับคุณภาพน้ำ และสูบระบายผ่านคลองสาทร และท่อระบายน้ำขนาดใหญ่ใต้ถนนพระราม 4เพื่อออกสู่แม่น้ำเจ้าพระยาอีกครั้ง บริเวณสถานีสูบน้ำพระราม 4 อย่างไรก็ตาม สาเหตุที่น้ำในคลองช่องนนทรีมีกลิ่นเหม็น เนื่องจากน้ำเสียในชุมชนริมคลองเสาหิน คลองมะนาว และคลองพิพัฒน์ ไหลลงสู่คลองช่องนนทรีโดยตรง ซึ่งยังไม่ได้ส่งเข้าสู่ระบบท่อรวบรวมน้ำเสียของโรงควบคุมคุณภาพน้ำช่องนนทรี รวมถึงมีตะกอนเลนสะสมอยู่ใต้ท้องคลอง หากน้ำในคลองอยู่ในระดับต่ำ เมื่อเกิดปฏิกิริยาและมีการย่อยสลายจึงส่งกลิ่นเหม็น ซึ่งในปัจจุบันสำนักการระบายน้ำอยู่ระหว่างขอจัดสรรงบประมาณ เพื่อก่อสร้างระบบท่อรวบรวมน้ำเสียรับน้ำเสียจากคลองเสาหิน คลองมะนาว และคลองพิพัฒน์ เพื่อป้องกันไม่ให้น้ำเสียไหลลงสู่คลองช่องนนทรี
ส่วนน้ำเสียที่รวมอยู่ในระบบท่อรวบรวมในพื้นที่ ซึ่งเป็นระบบท่อที่รวมทั้งน้ำฝนและน้ำเสียเข้าด้วยกัน เมื่อมีการสูบระบายน้ำฝนในช่วงที่มีน้ำท่วมขังบริเวณสถานีสูบน้ำซอยนราธิวาส 17 สถานีสูบน้ำสวนพลู และสถานีสูบน้ำถนนจันทน์ ซึ่งเดิมระบายลงสู่คลองช่องนนทรี ขณะนี้อยู่ระหว่างสำรวจออกแบบระบบระบายน้ำ โดยปรับปรุงบ่อ Combined Sewer Overflow (CSO) เป็นโครงสร้างที่ต่อเชื่อมระหว่างท่อระบายน้ำและท่อดักน้ำเสีย เพื่อรวบรวมน้ำเสียไปยังระบบบำบัดน้ำเสียและระบายน้ำเสียปนน้ำฝนส่วนเกินให้ไหลล้นลงสู่แหล่งน้ำตามธรรมชาติ โดยน้ำล้นนี้จะต้องไม่ส่งผลกระทบต่อคุณภาพน้ำในแหล่งรองรับ หรือต้องผ่านเกณฑ์มาตรฐานน้ำทิ้งให้ผันเฉพาะน้ำฝนลงในคลองช่องนนทรีเท่านั้น ส่วนน้ำเสียจากบ้านเรือนประชาชนจะไหลเข้าสู่ระบบรวบรวมน้ำเสียของโรงควบคุมคุณภาพน้ำช่องนนทรี ยกเว้นในช่วงฤดูฝน น้ำฝนที่ปนเปื้อนน้ำเสียสามารถผันลงคลองช่องนนทรีได้ เนื่องจากเจือจางแล้ว
สำหรับการขุดลอกตะกอนเลนที่สะสมใต้ท้องคลอง ในเบื้องต้นการดูด หรือขุดลอกตะกอนเลนที่เน่าเสียใต้ท้องคลอง เป็นการฟื้นฟูสภาพคลองให้มีความสะอาดก่อนที่จะถ่ายเทน้ำให้มีคุณภาพดี เพื่อเจือจางน้ำในคลอง พร้อมกับบริหารจัดการโดยนำน้ำเสียจากแหล่งกำเนิดเข้าสู่ระบบท่อรวบรวมน้ำเสียของโรงควบคุมคุณภาพน้ำช่องนนทรีทั้งหมด และไม่ให้ระบายน้ำลงสู่คลองช่องนนทรี
นายชาติชาย กุละนำพล ผู้อำนวยการเขตสาทร กทม. กล่าวถึงการอำนวยความสะดวกให้ประชาชนที่มาใช้บริการสวนสาธารณะคลองช่องนนทรีว่า สำนักงานเขตสาทร ได้ประสานขอความอนุเคราะห์ภาคเอกชนที่ตั้งอยู่ตลอดแนวถนนนราธิวาสราชนครินทร์ เพื่ออำนวยความสะดวกให้ประชาชนที่เดินทางมาใช้บริการสวนสาธารณะคลองช่องนนทรี สามารถจอดยานพาหนะได้อย่างสะดวก โดยงดเว้น หรือลดค่าบริการในการจอดยานพาหนะ ขณะเดียวกันได้จัดเจ้าหน้าที่เทศกิจอำนวยความสะดวกด้านการจราจรและความปลอดภัยในชีวิตและทรัพย์สินของประชาชนที่มาใช้บริการสวนสาธารณะคลองช่องนนทรี