นายสิทธิพร สมคิดสรรพ์ ผู้อำนวยการสำนักการจราจรและขนส่ง (สจส.) กทม. กล่าวว่า ตามที่มีข้อสังเกตเรือในโครงการจ้างทดลองเดินเรือในคลองภาษีเจริญถูกทิ้งร้างไม่ได้ใช้งานนั้น กทม. เริ่มจัดการเดินเรือโดยสารในคลองภาษีเจริญ ตั้งแต่วันที่ 24 เม.ย. 57 โดยจ้างบริษัท กรุงเทพธนาคม จำกัด (KT) ดำเนินการเส้นทางเริ่มต้นจากท่าเรือประตูน้ำภาษีเจริญถึงท่าเรือเพชรเกษม 69 ระยะทาง 11 กิโลเมตร ให้บริการด้วยเรือดีเซลขนาด 60 ที่นั่ง โดยไม่จัดเก็บค่าโดยสาร ต่อมา กทม. ได้ทำบันทึกข้อตกลงการมอบหมายกิจการในอำนาจหน้าที่ของ กทม. (คลองภาษีเจริญ) ให้กับ KT ระยะเวลา 10 ปี เริ่มให้บริการวันที่ 17 มี.ค. 60 ถึงวันที่ 16 มี.ค. 70 โดย KT ได้จัดหาเรือมาให้บริการเป็นเรือไฟเบอร์กลาสดีเซล จำนวน 12 ลำ ขนาด 40 ที่นั่ง (เรือเป็นทรัพย์สินของ KT) อย่างไรก็ตาม KT ได้หยุดเดินเรือตั้งแต่วันที่ 1 ม.ค. 65 เนื่องจากประสบปัญหาขาดทุน ประกอบกับสำนักการระบายน้ำ (สนน.) กทม. ขอคืนพื้นที่บริเวณสวนยอดแขมที่เป็นศูนย์ซ่อมบำรุง ถังน้ำมันเชื้อเพลิง และจุดจอดเรือโดยสาร (ท่าเรือเพชรเกษม 69) เพราะต้องใช้พื้นที่ก่อสร้างอุโมงค์ระบายน้ำและปรับปรุงเขื่อนคลองทวีวัฒนา
ทั้งนี้ สจส. อยู่ระหว่างศึกษาและให้ผู้ประกอบการเดินเรือนำเสนอรูปแบบวิธีการจัดการเดินเรือในคลองต่าง ๆ ที่มีความเป็นไปได้ เนื่องจากคลองในกรุงเทพฯ มีข้อจำกัดทางกายภาพคลอง เช่น การรุกล้ำ ความสูงของสะพานข้ามคลอง ประตูระบายน้ำ รวมถึงระดับน้ำที่เหมาะสมในการเดินเรือของแต่ละคลอง โดย สจส. มีนโยบายสนับสนุนให้ภาคเอกชนมาลงทุน เพื่อลดภาระด้านงบประมาณในการส่งเสริมระบบขนส่งสาธารณะทางน้ำของ กทม. และจะเน้นการนำเรือพลังงานสะอาดมาให้บริการต่อไป