นายศรชัย โตวานิชกุล รองผู้อำนวยการสำนักงานตลาดกรุงเทพมหานคร รักษาราชการแทนผู้อำนวยการสำนักงานตลาดกรุงเทพมหานคร (สงต.) กล่าวกรณีมีข้อวิจารณ์การจัดเก็บค่าเช่าแผงค้าตลาดนัดจตุจักรโครงการ 30 ไม่นำเงินเข้าระบบและให้เช่าพื้นที่ทับซ้อน เอื้อประโยชน์เอกชนว่า จากการตรวจสอบพบว่า เอกสารที่มีผู้ร้องเรียนประเด็นดังกล่าว เป็นเอกสารภายในที่ไม่เกี่ยวข้องกับการจัดทำบัญชี แต่เป็นสรุปงบการเงินสำหรับส่งให้การรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) เพื่อขอลดค่าเช่า โดยในการปฏิบัติงานจริง เมื่องานการคลัง ตลาดนัดจตุจักรได้รับชำระเงินค่าเช่าแผงค้าแล้วจะออกใบเสร็จรับเงินให้กับผู้ค้า บันทึกบัญชีเป็นรายการ "ค่าเช่าแผงค้าโครงการ 30" และรวบรวมเงินที่ได้รับชำระในแต่ละวันเข้าบัญชีธนาคารชื่อ "สำนักงานตลาดกรุงเทพมหานคร" พร้อมจัดทำข้อมูลรายได้ประจำวันเข้าระบบส่งให้ฝ่ายการคลัง สงต. รวบรวมของทุกตลาดในสังกัด กทม. จัดทำเป็นงบการเงินในภาพรวม ในหัวข้อ "รายได้จากแผงค้า" ซึ่งแจกแจงเป็นแต่ละโครงการ ส่วนบริเวณลานเร่หอนาฬิกาจะบันทึกบัญชีรวมอยู่ในหัวข้อ "รายได้จากพื้นที่ว่าง"
อย่างไรก็ตาม มีผู้ค้าบางกลุ่มได้รับผลกระทบจากการดำเนินการอย่างจริงจังกับผู้ค้าที่ค้างชำระค่าเช่าและปล่อยเช่าช่วง หรือไม่ทำสัญญาเช่าประมาณ 1,700 ราย แต่ยังเปิดขายสินค้า ทำให้ตลาดนัดจตุจักรขาดรายได้ในส่วนนี้ จึงได้ดำเนินการฟ้องร้องต่อศาลและบอกเลิกการให้สิทธิเช่าแผงค้า
สำหรับกรณีมีข้อสังเกตตลาดนัดจตุจักรให้เช่าพื้นที่ทับซ้อน ตลาดนัดจตุจักรประกวดราคาให้สิทธิเอกชนเช่าบริหารจัดการพื้นที่ตลาดนัดกลางคืนบนถนนภายในตลาดนัดจตุจักร ค่ำวันศุกร์ เสาร์ และอาทิตย์ จึงไม่ทับซ้อน หรือใกล้กับพื้นที่โครงการ 30 ซึ่งขายเฉพาะกลางวันของวันเสาร์และอาทิตย์ และโครงการ 31 ซึ่งขายเฉพาะต้นไม้ในเวลากลางวันของวันอังคารถึงวันพฤหัสบดี ส่วนการลดค่าเช่าให้กับเอกชน เนื่องจากเอกชนจัดให้มีจำนวนแผงค้าเท่ากับจำนวนที่ตลาดนัดจตุจักรกำหนดไว้ในขอบเขตของงาน (TOR) สำหรับการคิดราคาเริ่มต้นประกวดราคาไม่ได้ เนื่องจากติดอุปสรรคในการดำเนินการ จึงได้ปรับลดค่าเช่าตามสัญญา นอกจากแผงค้าปกติแล้ว ในตลาดนัดจตุจักรยังมีพื้นที่อื่น ๆ ที่ให้เช่าอีกหลายบริเวณ ซึ่งแต่ละจุดจะกำหนดราคาค่าเช่าต่อตารางเมตร ไม่เท่ากัน ขึ้นอยู่กับวัตถุประสงค์การประกอบกิจการ ทำเลที่ตั้ง การลงทุน ขนาดพื้นที่ ความเหมาะสม ฯ มาประกอบ การพิจารณา สำหรับจุดที่เอกชนบริหารตลาดนัดกลางคืนมาเช่าพื้นที่ ได้ประมูลให้เช่าพื้นที่ แต่ยังไม่มีผู้สนใจปล่อยทิ้งว่างมานานหลายปี ซึ่งการให้เช่ากรณีนี้ทำให้ตลาดนัดจตุจักรมีรายได้เพิ่มขึ้น